3,染色,將膠板移至染色液中,搖床震蕩30分鐘。
4,凝膠洗滌,將染色后的膠板,放入超純水中2-3秒后,迅速取出并豎起控水,隨后把膠板放入預冷的顯影液中(用量為總量的1/2),充分震蕩,當第一批條帶后,把膠板移入預冷的另一半顯影液中,震蕩,直至全部條帶出現。
注意:從放入水到放入顯影液中,之間時間不超過5-10秒。
5,終止顯影,在顯影液中直接加入等體積的固定/終止溶液(第一步操作時用過的),停止顯影反應并固定影象。
6,洗滌凝膠,在超純水中洗滌凝膠2次,每次2分鐘。
7,膠板干燥,將顯影后的膠板置于室溫下,自然干燥。
8,干燥后的膠片可以永久保存,或進行拍照或進行EDF膠片拷貝。
(五)EDF膠片拷貝
EDF膠片拷貝能增強條帶的顯色強度
1:在暗室中將干燥后的膠板置于光源上(膠面向上)
2:裁一條EDF膠片,進行曝光時間的確定
3:在紅燈下,找到EDF膠片上有缺刻的一角,然后把EDF放于膠上,有缺刻的位置為左上角.在EDF上再放一干凈的玻璃板。
4:根據以確定的曝光時間,對EDF曝光。
5:顯影 在Kodax GBX顯影液中顯影1-5分鐘
6:水洗1分鐘
7:在Kodax GBX中定影3分鐘
8:水洗1分鐘.
9:烤干。
注意:
1:
鯊魚齒插入深度不能過深,否則可上樣量少,也不能過淺,否則易造成點樣槽滲漏,一般插入深度以0.5毫米為好。2:一定要進行預電泳,其作用為提高膠的溫度,防止DNA單鏈間的膠連3:上樣前應用1毫升槍吸打上樣孔,吸取樣品應盡量不把上層礦物油帶入,加樣動作要快,以防止擴散。4:本實驗所有部分尤其是(三),(四)、(五)三部分操作中一定要戴手套。
附錄1:未知模板的用量
[200bp(PCR產物) 16ng]
[3000-5000bp(超螺旋質粒DNA4μg]
[48000bp(λ或粘粒DNA 1μg]
2:測序反應中所用聚合酶的特性
酶 持續合成能力bp 聚合速率bp/秒
Klenow片段 15-20 45
AMV 未測 5
測序酶 2000 300
Taq酶 >7600 35-100
3:引物設計要求
1):堿基組成應勻稱,G+C含量為40-55%,長度為18聚。如G+C含量在此值外,則長度應為18+n/2,對于AT豐富區,n=50-(G+C)%;對于GC豐富區,n=(G+C)%-50。2),引物中不應含二重對稱區,以防止形成發夾或頸環結構。3):引物純度至少要到電泳級
4:各種溶液組成
5:ddNTP與dNTP的組成比例
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