HPV病毒：看我七十二變

　　巴西圣保羅大學的研究人員發現，宮頸癌患者體內的人乳頭瘤病毒（HPV）基因組比我們想象的更加多樣化。這一成果于本月發表在《Infection, Genetics and Evolution》上，可能有助于我們理解為什么有些宮頸病變會轉為惡性。

　　人乳頭瘤病毒與浸潤性宮頸癌以及皮膚疣等良性疾病存在關聯。盡管目前已測序了180多種HPV基因組，但對同一患者體內HPV基因組多樣性的研究還很少，這主要是因為人們認為病毒的突變率低。

　　在被認為致癌的13種HPV基因型中，HPV16大約引起了全世界一半的宮頸癌病例。在這項研究中，研究人員對10名宮頸癌患者和1名非惡性尖銳濕疣患者的HPV16基因組進行了測序。

　　過去，HPV基因組的研究大多采用Sanger測序。這一次，研究人員決定采用新一代測序。他們從患者的臨床樣本中提取出DNA，并利用長片段PCR產生8 kb的擴增子，這也是HPV基因組的大小，然后利用賽默飛世爾的Ion Torrent PGM測序儀進行測序。

　　將臨床樣本與參考序列相比較，研究人員觀察到190處的變化，其中E2基因包含最多數量的變化。兩個樣本分別在L1基因和L2基因上有重復事件。

　　研究人員還利用PGM數據以及GenBank中的20個HPV16基因組，開展了系統發育分析。從這11個臨床樣本中，研究人員鑒定出三種類型的HPV：HPV16_A1、HPV16_A2和 HPV16_D。此外，這些類型與特定的腫瘤類型相關，比如A型與鱗狀細胞癌相關，而D型與腺癌相關。

　　為了分析宿主內的變化，研究人員開展了de novo組裝。他們能夠從四個樣本中產生一條連續的序列，而其余七個樣本在三至八個重疊群中。研究人員在每個基因組中發現了3-125個多態性位點。

　　接下來，研究小組計算了每個樣本的“多樣性指數”，其定義是“隨機選擇的基因組與共有基因組相同的概率”。這些樣本的中值僅為40%。

　　作者認為，多個因素可能促進了多樣性，包括先天性和適應性免疫應答。例如，APOBEC3G蛋白家族已被證明能靶定乳頭瘤病毒DNA，這可能部分解釋了HPV的多樣性。此外，E6基因中觀察到的多態性可能是免疫選擇壓力的結果。

　　他們認為，未來還需要更多研究來監控無癥狀、良性、癌變前和惡性感染時的病毒多樣性。“病灶內病毒多樣性對長期致癌可能性的影響值得密切關注，”作者寫道。