李國杰：用教育傳遞科學DNA
李國杰院士接受專訪 69歲的李國杰院士曾長期擔任中國科學院計算技術研究所所長。他的頭銜很多：中國工程院院士、發展中國家科學院院士、中科院計算所首席科學家等。不過，在他的學生的描述里，他更像一位親切的長者——這是一個“總是對教育親力親為的院士”，一個“很像家長的老師”，一個很少接受媒體采訪卻總愿意抽出時間給新入學的學生做入學教育的老師。正是這樣一位院士、一個老師，讓那些最終留在計算所繼續從事研究和教學工作的學生連連說：“我今天對學生的方式，就是曾經李老師的做法。” 11月7日，在中科院計算所，李國杰院士接受了中國青年報記者專訪。 中國科學院辦教育已經有幾十年的歷史。在其他國家，科學院帶學生的不多，看上去好像中科院的模式很獨特。事實上，我們國家的研究生制度，是中科院帶頭搞起來的、獲得國務院批準的研究生院，就是國科大的前身中科院研究生院（當時叫中國科大研究生院）。在中國研究生培養上，中科院功不可沒。 ......閱讀全文
2021年度“中國生物信息學十大進展”公布
為推動我國生物信息學的學科發展和創新研究，充分展示和宣傳我國生物信息學領域的重大研究成果，《基因組蛋白質組與生物信息學報》(Genomics, Proteomics & Bioinformatics, 簡稱GPB)組織評選了2018年度、2019年度和2020年度“中國生物信息學十大進展
安捷倫科技將生物信息學系統擴展為綜合生物學套裝
??? 2010年 11 月 15 日，北京 — 安捷倫科技公司（紐約證交所：A）今日發布了，這是廣泛使用的生物信息學軟件的擴展版，能夠對多種類型的生物學數據進行可視化和分析。目前 GeneSpring GX 11.5 是首款可同時對外顯子芯片、蛋白組學和代謝組學實驗進行解讀的軟件，該工具
生物信息學在基因芯片數據功能分析中的應用
隨著人類基因組計劃(Human Genome Project)即全部核苷酸測序的即將完成，人類基因組研究的重心逐漸進入后基因組時代(Postgenome Era)，向基因的功能及基因的多樣性傾斜。通過對個體在不同生長發育階段或不同生理狀態下大量基因表達的平行分析，研究相應基因在生物體內的功能，
生物信息學在基因芯片數據功能分析中的應用
隨著人類基因組計劃(Human Genome Project)即全部核苷酸測序的即將完成，人類基因組研究的重心逐漸進入后基因組時代(Postgenome Era)，向基因的功能及基因的多樣性傾斜。通過對個體在不同生長發育階段或不同生理狀態下大量基因表達的平行分析，研究相應基因在生物體內的功能
陳潤生院士等獲頒中國生物信息學終身成就獎
9月27日，第九屆全國生物信息學與系統生物學學術大會在上海開幕。在為期2天半的會議期間，來自全國各地的700余名專家學者代表，將圍繞“新冠病毒研究與轉化醫學信息學”“單細胞組學分析方法與應用”“人工智能與生物信息學”和“腦科學與生物信息學”等生物信息學諸多傳統與新興領域進行研討與交流。 中國科
院士專家共議：生物信息學的下一個十年
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/6/503634.shtm“十年來，數學、計算機與生命科學交叉領域發生了顯著的變化，如今伴隨著大模型、人工智能等給我們提出了巨大挑戰，也到了學科必須‘交叉’的時候，這無論對現代科學的發展，還是服務國家戰略需求，
生物信息學在人類基因組計劃中的應用
生物信息學是當前生物學領域的研究熱點，預計在未來的若干年它將變得越來越重要、越來越引起人們的重視。近期任務由于未來幾年蛋白質和核酸的測序數據將以指數方式增加，近期生物信息學將在以下幾方面迅速發展：大規模基因組測序中的信息分析大規模測序是基因組研究的最基本任務，它的每一個環節都與信息分析緊密相關。目前
《基因組蛋白質組與生物信息學報》影響因子顯著提高
在日前舉行的第四屆中國英文版科技期刊研討會上，中國科學技術信息研究所發布了《2007年版中國英文版科技期刊引證報告》。根據這一報告提供的數據，中科院北京基因組研究所主辦的《基因組蛋白質組與生物信息學報》（Genomics,? Proteomics? &? Bioinformatics，簡稱GPB）的
“生物信息學基礎信息整編”項目實施方案論證會在滬舉行
“生物信息學基礎信息整編”項目實施方案論證暨啟動會在滬舉行 6月2日，國家科技基礎性工作專項重點項目“生物信息學基礎信息整編”項目實施方案論證暨啟動會在上海生科院舉行。科技部基礎研究司司長張先恩、綜合與基礎性工作處處長沈建磊，上海市科委施強華副巡視員，中科院計劃財務局副局長
DNA重組（DNA－recombination）技術：DNA序列測定2
目前應用的兩種快速序列測定技術是Sanger等（1977）提出的酶法（雙脫氧鏈終止法）和Maxam（1977）提出的化學降解法。雖然其原理大相徑庭，但這兩種方法都同樣生成相互獨立的若干組帶放射性標記的寡核苷酸，每組核苷酸都有共同的起點，卻隨機終止于一種（或多種）特定的殘基，形成一系列以某一特定核苷酸
DNA重組（DNA－recombination）技術：DNA序列測定3
2．利用末端轉移酶和α-32P-ddNTP標記DNA的3ˊ-末端 在二價陽離子存在下，末端轉移酶催化dNTP加入DNA分子的3ˊ-羥基末端，如果作為底物的核苷酸經過修飾（如ddNTP），則可以在DNA的3ˊ-OH上僅加入一個核苷酸。對于雙鏈DNA片段，亦存在DNA的兩側均被標記問題，可通過上述同
DNA重組（DNA－recombination）技術：DNA序列測定1
㈣ DNA聚合酶 如前所述，選用合適的DNA聚合酶進行測序反應也是保證測序質量的重要因素之一。常用于雙脫氧末端終止法測序的有幾種不同的酶： 1．大腸桿菌DNA聚合酶Ⅰ大片段（Klenow片段） 此酶是最早用于建立Sanger測序的酶。但通常會有兩個問題：①Klenow片段的持續合成能力較
DNA重組技術(DNA－Recombination)
一、DNA 的酶切與連接（1）酶切反應：同質粒DNA 的鑒定，只不過是質粒DNA 換為載體DNA 。若大量酶切，則成比例增加。（2）加2倍體積的預冷無水乙醇和1/10體積的3mol/l NaAc混勻，-20℃2h以上。（3）15000rpm離心15min，棄上清。（4）加入75%乙醇洗滌2次，離心棄
DNA重組（DNA－recombination）技術：DNA重組的載體3
在作為載體時，這些噬菌體有一個很大的優點，即克隆到M13mp載體的外源DNA片段（雙鏈），在子代噬菌體便成為了單鏈形式。故應用M13mp進行克隆，可方便地分離到大量含有外源DNA某一單鏈的DNA分子。這種單鏈DNA可在下列工作中作模板：①主要用作雙脫氧鏈終止法進行DNA序列測定的模板；②制備僅有一條
DNA重組（DNA－recombination）技術：DNA重組與鑒定3
當多克隆位點有外源DNA片段插入時，破壞此酶的N端閱讀框架，產生無α互補功能的N端片段，因此在帶有外源DNA片段的細菌在含有IPTG/X-gal的培養基上呈白色，見圖7-11 。如果外源DNA插入片段相當短，不破壞β-半乳糖苷酶的氨基端氨基酸序列的閱讀框，有時產生的重組體菌落不呈白色而是呈淺藍色。4
DNA重組（DNA－recombination）技術：DNA重組的載體2
二、噬菌體載體作為細菌寄生物的噬菌體，大多數具有編碼多種蛋白質的基因，能利用宿主細胞的蛋白質合成體系，進行生長和增殖。構建的噬菌體載體，以λ噬菌體、M13和粘粒最為常用。㈠ λ噬菌體載體野生型λDNA是一種基因組為4.8 kb的線性雙鏈DNA，全部序列已知，共編碼50多個基因。其中約一半基因參與
DNA重組（DNA－recombination）技術：DNA重組與鑒定2
（1）CaCl2處理以后的轉化: 當細菌處于0℃、二價陽離子（如Ca2+、Mg2+等）低滲溶液中時，細菌細胞膨脹成球形，處于感受態；此時轉化混合物中的DNA形成抗DNA酶的羥基-鈣磷酸復合物粘附于細胞表面，重組DNA在42℃短時間熱沖擊后吸附在細胞表面，在豐富培養基中生長數小時后，球狀細胞恢復原
DNA重組（DNA－recombination）技術：DNA重組與鑒定1
重組DNA是在體外用限制性內切酶，將不同來源的DNA分子進行特異地切割，獲得的目的基因或DNA片段與載體重新連接，從而組成一個新的DNA雜合分子。重組的DNA分子能夠通過一定的方式進入相應的宿主細胞，在宿主細胞中進行無性增殖，獲得大量的目的基因或DNA片段，此過程稱基因克隆。重組的DNA分子也能夠在
DNA重組（DNA－recombination）技術：DNA重組的載體1
載體（vector）是攜帶靶DNA（目的DNA）片段進入宿主細胞進行擴增和表達的運載工具。常用的載體是通過改造天然的細菌質粒、噬菌體和病毒等構建而成。目前已構建成的載體主要有質粒載體、噬菌體載體、病毒載體和人工染色體等多種類型，亦可根據其用途不同分為克隆載體和表達載體二類。載體的構建和選擇應考慮以下
組學期刊三巨頭：《基因組、蛋白質組與生物信息學報》
近年來GPB的中國風封面 馮麗妃攝 從編委到現任執行副主編，美國費城兒童醫院和賓夕法尼亞大學教授邢毅與《基因組蛋白質組與生物信息學報》（Genomics, Proteomics & Bioinformatics，以下簡稱GPB）期刊結緣已近10年。前些年，該刊編輯部不時找他約稿子，以解“缺米之炊”
近物所電離輻射敏感區域研究獲進展
Nature新子刊Scientific Reports于近日在線發表了中國科學院近代物理研究所輻射醫學研究室科研人員在電離輻射引起的線粒體DNA非隨機性損傷的研究成果。研究人員通過分子生物學手段全面解析了電離輻射對線粒體DNA全序列所造成的區域性損傷，發現這種損傷存在非隨機性。隨
DNA合成（DNA－synthesis－）技術介紹
蛋白質概念提出：DNA多肽合成（DNA synthesis ）：按照預定核苷酸的順序，將脫氧核苷酸逐個進行人工連接合成DNA鏈的方法。目前多是采用固相合成法，即是在多聚體支持物上從3′端延伸核苷酸，可自動化操作。)目前，oligo DNA合成一般都采用固相亞磷酰胺三酯法合成DNA片段，此方法具有高效
DNA－指紋的概念高變區DNA與DNA指紋
人的衛星DNA?或稱隨體DNA?是由一些短的DNA 片段（10bp 左右）多次重復所構成的。重復片段的組成和拷貝數在不同的個體及基因組的不同位置上不一樣。提取不同個體的基因組DNA 后，用其切點能識別序列為4 個堿基而又不切割該重復片段的限制性內切酶在重復片段的兩側切割基因組DNA ，然后將樣品進行
天津工生所等開發出基于蛋白質乙酰化位點的生物信息工具
乙酰化(Acetylation)又稱乙酰基化或乙酰化作用，是指將一個乙酰官能基團加入到一個有機化合物中的化學反應。在生命體中，蛋白質乙酰化作為一種非常重要的蛋白質翻譯后修飾存在，它調控著細胞凋亡、DNA-蛋白質相互作用、DNA復制和修復、DNA轉錄活性及蛋白質穩定性等多種重要的生命過程。 中國
DNA－Immunoprecipitation－for－the－Determination－of－DNABinding－Specificity
Andrea J. Gossett ?and? Jason D. Lieb1 Department of Biology, University of North Carolina at Chapel Hill, Chapel Hill, NC 27599, USA 1Correspond
“垃圾DNA”或是編碼DNA的“保鏢”
"垃圾DNA"的概念源自上世紀70年代，用來形容基因組中不是編碼蛋白質的DNA序列，在學術上被稱為非編碼DNA序列。 非編碼DNA"開關說"究竟是個啥？ 科學家們發現，人類基因組中包含多達400萬個基因開關和功能調節因子，它們的載體便是"垃圾DNA"。這強烈地沖擊了"DNA序列=生物性
DNA－Fingerprinting,－DNA－Barcoding,－and－Next－Generation－Sequencing－...
DNA fingerprinting of plants has become an invaluable tool in forensic, scientific, and industrial laboratories all over the world. PCR has become
“垃圾DNA”或是編碼DNA的“衛士”
“垃圾DNA”的概念是在上世紀70年代提出來的，用來形容那些基因組中不是編碼蛋白質的DNA序列，而在學術上被稱為非編碼DNA序列。 由于當時的科學家普遍認為有生物學意義的蛋白質才是決定生物性狀的關鍵，而且也沒有一種好的理論和技術手段來解釋這些“垃圾”存在的原因，于是“垃圾DNA”這一觀念便形
DNA重組（DNA－recombination）技術：工具酶
一、限制性內切酶限制性內切酶（restriction endonucleases，RE）是其中最重要的工具酶之一。它是一類核酸水解酶，能識別和切割雙鏈DNA分子中的特定核苷酸序列。（一）命名原則限制性內切酶大多從細菌中發現，根據來源進行命名，限制酶的第一個字母（大寫，斜體）為宿主菌的屬名，第二、第三
DNA連接酶(DNA－ligase)介紹
DNA連接酶是1967年在三個實驗室同時發現的。它是一種封閉DNA鏈上缺口酶，借助ATP或NAD水解提供的能量催化DNA鏈的5'-PO4與另一DNA鏈的3'-OH生成磷酸二酯鍵。但這兩條鏈必須是與同一條互補鏈配對結合的(T4DNA連接酶除外)，而且必須是兩條緊鄰DNA鏈才能被DNA