單細胞測序數據分析軟件的性能評估指標有哪些？
以下是一些用于評估單細胞測序數據分析軟件的性能指標：細胞類型分類準確性計算軟件所識別的細胞類型與已知的真實細胞類型之間的一致性，常用指標如準確率、召回率、F1 值等。聚類準確性評估軟件對細胞聚類的效果，例如通過調整蘭德系數（Adjusted Rand Index）、歸一化互信息（Normalized Mutual Information）等指標來衡量聚類結果與真實細胞分組的相似性。差異表達基因檢測的準確性對比軟件檢測到的差異表達基因與已知的或通過其他金標準方法確定的差異表達基因的重合度。數據降維的效果可以通過評估降維后數據的可視化效果，例如細胞在低維空間中的分布是否清晰地展示了不同細胞類型或狀態的分離。運行時間和內存使用記錄軟件處理給定規模數據所花費的時間和所需的內存資源，以衡量其計算效率。可擴展性考察軟件在處理大規模數據（更多細胞、更多基因）時的性能表現，是否能夠保持較好的準確性和效率。穩定性多次運行相同的分析流程，觀察結果的......閱讀全文
如何－解讀－單細胞－測序
單細胞測序是指DNA研究中涉及測序單細胞微生物相對簡單的基因組，更大更復雜的人類細胞基因組。簡介編輯細胞是生物學的基本單位，研究人員正更加努力地嘗試將它們進行單個分離、研究和比較。更大更復雜的人類細胞基因組。隨著測序成本的大幅度下降，破譯來自單細胞的30億堿基的基因組并逐個細胞比較序列正在變為現實。
單細胞生物的種類
概括 單細胞生物主要分有核和無核的單細胞。 有核的如草履蟲就是典型的有核單細胞生物。有核單細胞生物主要由細胞核、細胞質、還有細胞器。 它包括：線粒體、高爾基體、核糖體、細胞膜、這是動物型單細胞。如果是植物型單細胞比如 紅藻，就是細胞壁、細胞核、細胞質，它的細胞器就包括線粒體、高爾基體、核糖體
Nature：單細胞測序（下）
隨著技術的飛速發展，成本大大降低，使得基因組測序成為常規技術。然而，大多數的人類基因組、癌癥或其他仍然是通過從多個細胞中抽提DNA來進行測序，它所忽略的細胞間的差異對于控制基因表達、細胞行為和藥物反應卻有可能是至關重要的。 該研究小組也觀測了其他類型的乳腺癌。將腫瘤作為一個整體測序，研究小
時空分辨單細胞測序技術與其他單細胞測序技術的差異
時空分辨單細胞測序技術與其他單細胞測序技術主要在以下方面存在區別：空間信息獲取普通單細胞測序技術：通常不提供細胞在原始組織中的空間位置信息。時空分辨單細胞測序技術：能夠同時獲取細胞的基因表達等信息以及它們在組織內的空間位置。細胞間相互作用分析普通單細胞測序技術：難以直接推斷細胞間基于空間位置的相互作
時空分辨單細胞測序技術和傳統單細胞測序技術的區別
時空分辨單細胞測序技術和傳統單細胞測序技術主要有以下區別：空間信息獲取傳統單細胞測序：通常無法獲取細胞在組織中的空間位置信息，只是對分離出的單細胞進行獨立分析。時空分辨單細胞測序：能夠在測定單細胞基因表達等信息的同時，明確細胞在原始組織中的具體空間位置。細胞互作研究傳統單細胞測序：難以直觀地揭示基于
時空分辨單細胞測序技術與傳統單細胞測序技術有何不同？
時空分辨單細胞測序技術與傳統單細胞測序技術主要有以下幾個方面的不同：空間信息獲取傳統單細胞測序技術通常無法提供細胞在組織中的空間位置信息，只是對分離的單細胞進行獨立分析。時空分辨單細胞測序技術能夠在獲取單個細胞基因表達等信息的同時，明確細胞在組織中的具體位置。細胞間相互作用研究傳統技術難以直接揭示細
單細胞表觀組學：單細胞ChIPseq解碼細胞命運決定機制
在國家重點研發計劃“干細胞及轉化”重點專項（批準號：2017YFA0103402）等資助下，北京大學分子醫學研究所、北大-清華生命科學聯合中心何愛彬課題組近期突破單細胞表觀遺傳研究的瓶頸，開發了兩種具有普適性、操作簡單、風格迥異的單細胞ChIP-seq技術，可適應于不同課題研究需要，解析發育與疾
單細胞研究指南：細胞分離
多細胞生物的每個細胞都攜帶著相同的遺傳學信息。不過，近年來蓬勃發展的單細胞研究告訴我們，每一個細胞都是獨一無二的。不同類型的細胞激活特定組合的機制，即使是同類型細胞，基因表達也會出現差異。 那么，細胞之間的哪些差異有生物學意義，哪些差異來自于技術偏好呢？要獲得可靠的結果又需要研究多少細胞呢？這
單細胞分析重大突破
生物學家對單個細胞的行為而不是對整個細胞群體的行為越來越感興趣。在一項新的研究中，來自瑞士聯邦理工學院（ETH）的研究人員開發出一種新方法可能引發單細胞分析變革。這一技術利用世界上zui小的注射器來對單個細胞的內含物進行取樣以便進行分子分析。相關研究結果發表在2016年7月14日那期Cell期刊上，
單細胞mRNA差異顯示實驗
實驗方法原理 ##流程圖試劑、試劑盒 溶液和緩沖液儀器、耗材 水浴槽PCR熱循環儀微量離心機塑料制品和濾器實驗步驟 一、RNA 的分離收集對照組和實驗組細胞，放入含 45ul2 mmol/L DTT 的 1.5 ml 微量離心管中。95℃ 水浴熱解 2 min。每管加入以下物質：37℃ 溫育 30
單細胞生物的科技應用
單細胞分析 單細胞分析是分析化學、生物學和醫學多學科相互滲透發展形成的跨學科前沿領域。單細胞分析的各種方法，包括毛細管電泳、微流控芯片、多種光學顯微鏡（熒光顯微鏡、聚焦熒光顯微鏡、全內反射熒光顯微鏡、多光子熒光顯微鏡、熒光相關顯微鏡、近場掃描光學顯微鏡等）、掃描電化學顯微鏡、質譜成像、原子力顯
單細胞mRNA差異顯示實驗
目前有幾種方法可以顯示生理刺激下組織樣本中未知基因的表達水平變化。然而, 很多組織內的細胞又存在形態和功能上的異質性，因此常常需要從單個細胞水平研究基因表達的差異。現在，我們介紹一種新方法，它常規用來在單細胞水平考察未知基因的差異性表達。現代神經科學研究技術作者：U.Windhorst?&?H. J
單細胞生物的相關介紹
單細胞生物指的是身體只有一個細胞，在生物圈中還有肉眼很難看見的生物。 生物可以根據構成的細胞數目分為單細胞生物（Protozoa）和多細胞生物（Metazoa）。單細胞生物只由單個細胞組成，而且經常會聚集成為細胞集落。單細胞生物個體微小，全部生命活動在一個細胞內完成，一般生活在水中。 第一個
單細胞生物的生產特性
單細胞蛋白質生產周期短。單細胞生物繁殖特別快，世代周轉迅速。如酵母菌在良好條件下每接種100千克，1天即可獲得2500千克酵母，其生長繁殖速度約為大豆的1300倍，為動物生長的2000倍。所以，這類飼料生長速度快，世代周轉迅速。 生產單細胞蛋白質飼料產品的原料多為烴類及其衍生物、天然氣、石油加
單細胞分選效率的分析
引言在單克隆細胞培養時，手動有限稀釋法是最經典的分離單細胞手段之一。這種方式分離單細胞，每個孔中落進去的細胞數目符合泊松分布。依靠單細胞分選儀器分離單細胞的效率，無論從分選能力還是重復性都要明顯優于手動的有限稀釋方法。測定一款設備分選效率的標準方法，是用熒光校準微球來分選檢驗。實驗方法Namocel
單細胞分離儀最新應用
隨著人們對環境研究的不斷深入，研究人員逐漸將目光轉向藻類的單細胞層面：有些需要對藻類進行單細胞級別的分析（如藻類單細胞測序等），也有需要對單細胞藻類進行培養。這樣就面臨一個棘手的問題，那就是如何獲取藻類的單個細胞。通常實驗室里的方式，是在顯微鏡下用毛細管吸取。這種方式比較直觀，對哪個細胞感興趣就挑哪
新型單細胞活性分析技術
近日，一項刊登在國際雜志Nature Biotechnology上的研究論文中，來自加利福尼亞大學的研究人員通過運用一種分析單一細胞基因活性的先進技術，鑒別出了人類大腦腦細胞的特性，該研究揭示，如今進行大規模的細胞調查分析比過去我們所認為的要更加高效，而且廉價。 研究者Arnold
單細胞凝膠電泳介紹
單細胞凝膠電泳（single-cell gel eiectrophoresis，SCGE）又稱慧星試驗（comet assay）是一項較新的電泳方法。自1978年被Rydcbert B.等人成功地用于檢驗DNA單鏈斷裂以來，經過不斷的改進，已成為一種快速、靈敏、簡便的檢測DNA損傷的方法，廣泛地應用
單細胞鋪板的原理介紹
單細胞鋪板是將一個孔加入少量無血清培養基，晃動浸潤整個孔底，然后用移液槍吸至第二孔，同樣方法浸潤孔底，其它孔依此類推，這樣整個孔底都是濕潤的，細胞懸液會平鋪在整個孔底。 加細胞懸液的時候可以避免加在中間中間細胞多，而加在周邊晃勻后周邊細胞多中間少的現象，細胞分散較均勻，注意加完細胞懸液后要放工作臺
單細胞mRNA差異顯示實驗
? ? ? ? ? ? 實驗方法原理 ##流程圖 試劑、試劑盒 溶液和緩沖液 儀器、耗材
單細胞蛋白的營養特性
單細胞蛋白質飼料由于原料及生產工藝不同，其營養成分組成變化較大，一般風干制品含粗蛋白質在50%以上。因為這類蛋白質是由多個獨立生存的單細胞構成，所以富含多種酶系。動物對其消化率高。例如，豬對啤酒酵母的消化率可達92%，對木糖酵母的消化率可達88%。必需氨基酸組成和利用率與優質豆餅相似。單細胞生物
單細胞蛋白的生產特性
單細胞蛋白質生產周期短。單細胞生物繁殖特別快，世代周轉迅速。如酵母菌在良好條件下每接種100千克，1天即可獲得2500千克酵母，其生長繁殖速度約為大豆的1300倍，為動物生長的2000倍。所以，這類飼料生長速度快，世代周轉迅速。 生產單細胞蛋白質飼料產品的原料多為烴類及其衍生物、天然氣、石油加
單細胞動物的進化過程
當生命進化到真核細胞以后，便有了動物和植物之分。最早的動物叫原生動物，是最低等的一類動物，它的個體是由一個細胞構成的。僅管如此，“麻雀雖小卻五臟俱全”，這是一個完整的生命活動體，擁有作為一個動物應具備的主要生活機能，如新陳代謝、刺激感應、運動和繁殖等，它的體內有了原始的分化，各具一定功能，形成了
單細胞生物也具有“智慧”
雖然"智慧"是一種十分復雜難以定義的概念，我們卻都明白具備一個大腦是生物具有智慧的生理前提。但是對于單細胞生物來講，它們是否也存在智慧呢？ 如果我們堅信智慧來源于大腦，那么答案就是否定的。不過，最近一項研究表明情況比我們想象的要復雜，研究者們發現"無腦"的單細胞生物也具有學習的能力。 正如科
單細胞測序的臨床應用
近期精準醫學的進展集中在發展基于基因組學的診斷和治療。這些方法通常包括從患者的組織樣本中生成DNA或RNA序列信息，并分析它以確定可用于診斷、預后或通知臨床管理的特定特征。‘bulk’一詞指的是從大量細胞中集體生成基因組數據的方法，或者在無細胞DNA的情況下，來自許多細胞的基因組材料。因此，這些基因
單細胞生物的主要影響
單細胞生物雖然個體微小，但是與人類的生活有著密切的關系。多數單細胞生物是浮游生物的組成部分，是魚類的天然餌料。草履蟲對污水凈化有一定的作用，據統計，一只草履蟲每小時大約能形成60個食物泡，每個食物泡中大約含有30個細菌，因此，一只草履蟲每天大約能吞食43000個細菌。但是單細胞生物也有對人類有害
單細胞測序基準數據集對單細胞分析方法的發展有哪些影響？
單細胞測序基準數據集對單細胞分析方法的發展具有多方面的重要影響：促進方法的比較和評估為不同的單細胞分析方法提供了共同的測試平臺，使得研究人員能夠客觀地比較各種方法的性能，從而篩選出更優的方法。推動方法的改進和優化當新的分析方法在基準數據集上表現不佳時，能夠促使開發者反思和改進算法，以提高準確性和可靠
多功能單細胞顯微操作系統FluidFM－BOT在單細胞力學實驗...
多功能單細胞顯微操作系統FluidFM BOT在單細胞力學實驗中的創新應用瑞士Cytosurge公司的多功能單細胞顯微操作系統FluidFM BOT，是將原子力系統、微流控系統、納米位移臺系統合為一體的單細胞操作系統，能夠在單細胞水平上為研究者提供很大的便利，可應用于單細胞力譜、單細胞質譜、單細
解讀單細胞RNAseq技術
多年來，跟蹤一個單細胞的轉錄組，超出了我們的能力。但是現在，時代已經變了，新的單細胞RNA-seq方法，可以分析大量的細胞及它們的命運。 我們都參加過大型生日派對：在擁擠的房間里，與許多人聊天、吃飯和慶祝。但是，試想你并不知道壽星是誰，只是像一個局外者看待這個派對。你可能會覺得整個事件看起來與
！單細胞測序的”CPU－2.0”時代
對單個人類細胞的基因組進行準確的變異檢測和大范圍單倍體型分析一直以來都是測序領域的巔峰挑戰。單細胞測序使我們能在更高的分辨率下研究生命的機制。一方面，在像癌癥這樣的組織樣本中存在大量具有不同基因組類型的單個細胞,因此需要分析單細胞水平基因組而不是大量細胞的平均值；另一方面，對于非常珍貴的細胞樣品