“10,000個癌癥基因組計劃”宣告完成

　　旨在繪制出1萬個腫瘤基因組景觀圖譜的美國重大科研項目——“癌癥基因組圖集”（The Cancer Genome Atlas，TCGA）計劃已正式宣告結束。這一于2006年啟動，耗資1億美元的研究項目現在是國際腫瘤基因組協作組(International Cancer Genome Consortium, ICGC)研究計劃最大的組成部分，來自16個國家的科學家們相互協作已發現了近1000萬個癌癥相關突變。

　　現在最大的問題是下一步要做什么。一些研究人員希望繼續將焦點放在測序上；另一些研究人員則更愿意擴展他們的研究工作，來探索發現的一些突變影響癌癥形成與發展的機制。

　　這項計劃的早期倡導者、冷泉港實驗室負責人Bruce Stillman說：“TCGA應該告竣并宣布取得勝利。但總是會有一些新的突變被發現與某種特定的癌癥相關。問題是：成本收益比率如何？”

　　這一最初預期三年的計劃，延長了5年多的時間。2009年，它獲得了來自美國國立衛生研究院追加的1億美元以及來自聯邦刺激基金的1.75億美元資金資助。這一計劃一開始便面對著重重困難。在當時，測序技術只適用于快速冷凍的新鮮組織。病理學家對大多數的臨床活組織標本都是采用石蠟包埋及染色方法進行檢測。美國國家癌癥研究所（NCI）辦公室主任Louis Staudt說，尋找及購買新鮮組織樣本成為這一項目最大的經費支出。

　　數據的復雜性也是一個問題。盡管有一些“驅動突變”被視作為有可能是癌癥形成的貢獻者，大多數的突變形成了令人困惑的遺傳異常大雜燴，腫瘤之間少有共同點。對靶向這些驅動突變的藥物進行測試很快揭示出了另一個問題：癌癥往往會通過激活不同的基因來繞過治療阻斷的細胞過程，由此很快產生耐藥。

　　約翰霍普金斯大學癌癥遺傳學家Bert Vogelstein說，盡管存在這些困難，TCGA仍使得癌癥研究的幾乎各個方面都得以受益。這些數據提供了一些新的方法進行腫瘤分類，并指出了從前未知的一些藥物靶點和致癌物。某些研究人員認為測序仍然可以提供許多的東西。2014年1月，針對來自21種癌癥的突變數據進行統計分析的一項里程碑研究表明，測序有潛力找到一些臨床上有用的突變。

　　12月2日，Staudt宣布在TCGA完成后，美國國家癌癥研究所將繼續集中測序三種癌癥：卵巢癌、大腸癌和肺腺癌的腫瘤。并計劃在評估完這一額外研究工作的成果之后，再決定是否增加更多的癌癥。

　　擴大范圍

　　而這一次，這些研究將會整合患者健康、治療史以及對治療反應等詳細的相關臨床信息。由于研究人員現在可以利用石蠟包埋的樣品，他們可以挖掘來自以往一些臨床實驗的數據，并研究某些突變影響患者預后以及對治療反應的機制。Staudt說，美國國家癌癥研究所將發起號召，建議采用TCGA建立的一些方法和分析流程來測序某些臨床實驗中取得的樣本。

　　加拿大安大略癌癥研究所所長Tom Hudson說，國際腫瘤基因組協作組的其他人士，預計會在二月發布第二波項目的早期計劃，有可能會采取相似的做法。幾個國家中迫切希望能夠控制住醫療保健費用的政府資助者已普遍接受，集中力量尋找使得腫瘤對治療產生反應的序列。“癌癥治療非常的昂貴。我們的當務之急是要知道哪些患者將對一種昂貴的藥物產生反應。”

　　美國國家癌癥研究所還支持建立一個數據儲存庫，不僅收集來自它自身研究項目的數據，還可匯集來自國際研究工作的數據。Staudt說，其目的是為讓更廣泛的研究人員能夠存取數據及獲得一些分析工具。目前，癌癥基因組學數據占據大約20千萬億字節（petabytes），其太過龐大及難于處理，只有一些具有卓越計算能力的研究機構能夠訪問它們。即便這樣，只是下載它們都需要四個月的時間。

　　Staudt承認，無法指望聯邦刺激資金來推動這些計劃，但更廉價的測序以及能夠利用生物銀行活組織標本將降低成本。他說：“基因組學是我們大多數癌癥研究工作的中心。現在我們可以更直接的方式來提出一些問題。”