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  • 發布時間:2019-09-12 18:42 原文鏈接: 以磁珠為基礎分離基因組DNA的實驗方法

               

    試劑、試劑盒

    全血 口腔涂片或樣品污染物 二硫蘇糖酵 乙醇 異丙醇 裂解緩沖液

    儀器、耗材

    自動定位器 P250 盒裝吸頭 血液基因組高產量系 96 孔收集板 BiomekFX 自動機械工作平臺 分離裝置 傳熱板 儲液器 微量吸頭 離心架筐 加熱塊 磁分離架 DNAIQ系統

    實驗步驟

    方法1:利用液體處理自動機械工作平臺從20ul全血中進行基因組DNA的高產率分離

    這個方法用于對在液體處理自動機械,如BiomekFX和Biomek2000實驗自動工作平臺(BeckmanCoulter)上安裝的96孔板內的20ul血液樣品進行處理。如果用單頭的設備對單個板進行處理,所需的時間還不到lh。

    將血液與去垢劑-促溶劑、裂解/結合緩沖液混合,既可以破壞細胞及其核膜,又可以使

    蛋白質變性。釋放出的DNA被吸附在裂解/結合緩沖液中的MagneSil顆粒表面,而粘有靶復合體的磁珠被外部磁場捕獲到樣品板孔的側面,隨后裂解液作為廢液而被去除。殘留的污染物經下面的一系列洗滌過程被去除:首先用裂解/結合緩沖液,然后用鹽洗滌液,最后用乙酵/鹽洗滌液以除去最后殘留的微董亞鐵血紅素。磁珠干燥后,在一個傳熱板上用TE緩沖液或水來洗脫DNA。

    一、材料

    1.特殊的設備

    3臺單位置的實驗用自動定位器(BeckmanCoulter)

    4套P250盒裝吸頭(BeckmanCoulter)

    4X4位置實驗用自動定位器(BeckmanCoulter)

    96孔收集板(Promega,A9161或類似產品)

    96孔吸頭洗滌自動實驗用定位器(BeckmanCoulter)

    裝有單艙和一個96孔移液器頭的BiomekFX自動機械工作平臺(BeckmanCoulter)

    深孔MagnaBot96孔磁性分離裝置(Promega)

    深孔多孔板(Marsh,AB-0932[2.2ml]和AB-0787[1.2ml]或類似產品)

    傳熱板(Promega,Z3271或類似產品).

    加熱和冷卻自動實驗用定位器(BeckmanCoulter)

    MagnaBot邊條,l/8in(lin=2.54cm)(Promega)

    回旋振蕩式自動實驗用定位器(BeckmanCoulter)

    底部為錐形的96孔儲液器(InnovativeMicroplates,S30014或類似產品)

    吸頭裝卸自動實驗用定位器(BeckmanCoulter)

    2.其他

    MagneSil血液基因組高產董系統(Promega;該系統包括乙酵洗海液、抗泡沫試劑、裂

    解緩沖液、鹽洗滌液、洗脫緩沖液和MagneSil順磁性顆粒)

    3.細胞和組織

    全血、口腔涂片或樣品污染物



    二、方法

    1.將400ul裂解緩沖液和40ulMagneSil顆粒加到200ul血樣中,利用劇烈的機械混合裂解白細胞,并使釋放出的DNA與磁性顆粒(PMP)結合。

    2.用MagnaBot磁場捕獲顆粒,棄去液體。

    3.用360ul裂解緩沖液徹底洗滌PMP。

    4.用MagnaBot磁場捕獲顆粒,棄去液體。

    5.用360ul鹽緩沖液徹底洗滌PMP。

    6.用MagnaBot磁場捕獲顆粒,棄去液體。

    7.重復步驟5和6,使鹽洗滌的總次數達到2次。

    8.用360ul乙醇洗滌緩沖液徹底洗滌PMP。

    9.用MagnaBot磁場捕獲顆粒,棄去液體。

    10.重復步驟8和9,使乙酵洗滌緩沖液洗滌的總次數達到3次。

    11.在一個加熱塊上干燥PMP以除去所有殘留的乙醇洗滌緩沖液。

    12.在80°C加熱塊上與210ul洗脫緩沖液劇烈混合以洗脫DNA。孔內溫度約為65°C。

    13.將洗脫出的DNA儲存于-20°C。

    方法2:從污染物和口腔涂片中分離基因組DNA的DNAIQ分離法

    DNAIQ分離系統利用了一種嶄新 的DNA分離方法。利用MagneSil化學可以對多種樣品中一定量的DNA進行捕獲和釋放。顆粒有一定攜帶DNA的能力,若DNA過多則只能結合一定董 的核酸(圖9-6)。因此,通常此方法用于分離約l00ngDNA的實驗,而不必考慮樣品量的大小。用 100ul 洗脫緩沖液洗脫 DNA 使其終濃度達到 lng/ul。結果由該方法分離到的 DNA 不需要進行純化后的定量。圖 9-7 給出了這個方案的流程。



    一、材料

    1.緩沖液、溶液和試劑

    二硫蘇糖酵(DTT),lmol/L

    乙醇,95%?100%

    異丙醇

    裂解緩沖液

    確定使用裂解緩沖液的總量(表9-3)。毎100ul裂解緩沖液(隨DNAIQ系統一起提供)中加入1ul 1moL/L的DTT,顛倒數次使其混合,標記已加有DTT并注明日期。裂解緩沖液在室溫下儲存不得超過1個月。



    2. 特殊設備

    抗氣溶膠的微量吸頭

    DNAIQ 離心架筐(Promega,V1221)

    加熱塊

    MagneSphere 技術磁分離架(Promega)

    微量離心管,1.5 ml 圓錐形(Promega,V1231)

    3. 其他

    DNAIQ 系統(Promega; 該系統包括樹脂、裂解緩沖液、2X 洗滌緩沖液和洗脫緩沖液)

    微量離心管,1.5 ml(Promega,V1231)

    二、方法

    1. 將樣品(見表 9-3) 置于 1.5 ml 微量離心管中。切記:推薦用量的樹脂可捕獲 DNA 的最大量約為 l00ng。

    2. 加適量備好的裂解緩沖液,不同樣品需用不同體積的裂解緩沖液,參見表 9-3 的第 2欄(裂解緩沖液 1) 以確定適合的用量。蓋上管蓋,將試管置于 95°C 加熱塊上放 30 min。對于小污斑,替代方法是將受污染材料置于一個裝有 1.5 ml 微量離心管的 DNAIQ 離心柱內,并向柱內加入 100?150ul 裂解緩沖液。小心蓋上管蓋,95°C 加熱 30 min#如果使用圖 9-7 中所示的微量離心管和離心柱,那么絕大部分的緩沖液將會留在離心管內,繼續進行第 4 步。若樣品所需裂解緩沖液的體積超過150ul, 不宜使用該方法。

    3. 從加熱塊上移去試管,將裂解緩沖液和樣品轉移到 1.5 ml 微量圓錐形離心管內的離心柱中。為得到最大量的污染物應將裂解緩沖液與受污染的基質一起離心,這一點很重要。

    4. 在室溫下以最大轉速離心 2 min, 移去離心柱。

    5. 高速渦旋振蕩樹脂儲存瓶 l0s 使其徹底混合,將 7ul 樹脂加到 DNA 溶液中,加樹脂時要保持重懸狀態以獲得相同的結果。

    6. 高速渦旋振蕩樣品/裂解緩沖液/樹脂混合物 3s,室溫下保溫 5 min。

    7. 高速渦旋振蕩試管 2s, 將其置于磁架上將會立刻出現分離現象。

    8. 小心移棄所有溶液,切勿破壞管側面上的樹脂。

    9. 加入 100ul 裂解緩沖液,從磁架上移開試管,高速渦旋振蕩 2s。

    10. 將試管重新放置到磁架上,移棄全部裂解緩沖液。

    11. 加入 100ul1X 洗滌緩沖液,從磁架上移開試管,高速渦旋振蕩 2s。

    12. 將試管重新放置到磁架上,移棄全部洗滌緩沖液。

    13. 重復步驟 11 和 12 兩次,以使總洗滌次數達到 3 次,最后一次洗滌后要移棄所有溶液。

    14. 打開試管蓋,在磁架上風干樹脂 5 min。

    15. 加入 l00ul 洗脫緩沖液。

    16. 蓋上管蓋,高速渦旋振蕩試管 2s, 將試管置于 65°C 5 min。

    17. 從加熱塊上移開試管,高速渦旋振蕩 2s 后,立即將試管置于磁架上。

    18. 將溶液轉移到新容器內,DNA 的濃度約為 1ng/ul,可以直接用于擴增反應。DNA 溶液可在 4°C短期儲存,或在-20°C 或-70°C 長期儲存。

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