一. 雙手取出顯微鏡，持顯微鏡時，應右手握鏡臂，左手托鏡座，保持其水平位置，輕放于實驗臺上。檢查，清潔機械和光學部分，檢查有問題時，及時報告老師。
二. 低倍鏡的使用
1. 對光將低倍接物鏡轉至鏡筒下方。旋轉反光鏡使外來光線反射入反光鏡。光線較強時，多用平光鏡，較弱時用凹面鏡。若光度不夠，可提高聚光器，開大光圈。
2.
調節焦距從側面注視物鏡，轉動粗調節器（大螺旋）使鏡筒緩慢下降，直至低倍鏡面距玻片約2mm處停止，千萬不要使物鏡沖擊玻片。然后把眼睛貼近目鏡，一邊觀察視野，一邊用粗調節器緩慢地升高物鏡，視野中出現標本時，即改用細調節器（小螺旋）調節焦點，直至標本清晰為止。
三. 高倍鏡的使用
高倍鏡要在使用低倍鏡的基礎上才能使用，不能直接使用高倍鏡。一般先用低倍鏡尋找觀察目標，并將目標用標本移動器（推尺）移到視野中心，轉換高倍物鏡，調光，對焦至物象清晰后進行觀察。
四. 油鏡的使用
1. 將鏡臺放成水平位置。
2. 先用低倍鏡調清物象并移到視野中心，調節光圈和聚光器，使視野亮度加大。
3. 先滴鏡油一滴于載玻片上，然后轉換油鏡頭，從側面注視，用粗調節器小心將油鏡頭下移，使鏡頭與玻片接近并浸沒于鏡油中，應注意切勿用力過猛而損害玻片與油鏡。
4. 眼睛移視接目鏡，用粗調節器向上輕微提升鏡筒，至看到標本輪廓時，改用細調節器調至清為止。
5. 油鏡用畢，先將鏡筒提高，取下玻片，用沾有二甲苯的拭鏡紙輕輕地擦去鏡油，至擦凈為止。用油鏡觀察過的標本也應按上法及時清洗于凈。使用后應將顯微鏡放回原處。
五. 顯微鏡保養
顯微鏡是貴重實驗器材應精心愛護，實驗前后應進行保養和清潔。各部分零件不可隨意拆動。如有異常應及時報告老師。
六. 顯微鏡觀察的正確姿勢
應端坐，胸部挺直。兩眼睜開，用左眼觀察鏡下標本（有雙筒目鏡的用雙目同時觀察）。兩手皆應參與工作，一般左手調節焦距，右手移動玻片或繪圖。觀察時應精神集中，細致，按一定的順序進行觀察。