根除Hp可使大多數Hp相關性潰瘍患者完全達到治療目的。國際已對Hp相關性潰瘍的處理達成共識，即不論潰瘍初發或復發，不論活動或靜止，不論有無并發癥史，均應抗Hp治療。
1、根除Hp的治療方案 由于大多數抗菌藥物在腸內低pH環境中活性降低和不能穿透粘液層到達細菌，因此Hp感染不易根除。迄今為止，尚無單一藥物能有效根除Hp，因而發展了將抑制胃酸分泌藥、抗菌藥物或起協同作用的膠體鉍劑聯合應用的治療方案。根除Hp的治療方案大體上可分為質子泵抑制劑（PPI）為基礎和膠體鉍劑為基礎的兩大類。一種PPI或一種膠體鉍劑加上克拉霉素（甲紅霉素）、阿司匹林（或四環素）、甲硝唑（或替硝唑）3種抗菌藥物中的2種，組成三聯療法。Hp菌株對甲硝唑耐藥率正在迅速上升。呋喃唑酮抗Hp作用強，Hp不易產生耐藥性，可用呋喃唑酮替代甲硝唑，劑量為200mg/d，分兩次服。可用H2RA替代PPI，以降低費用，但療效亦有所降低。初次治療失敗者，可用PPI、膠體鉍劑合并兩種抗菌藥物的四聯療法。
2、根除Hp治療結束后是否需繼續抗潰瘍治療 對此尚未統一。治療方案療效高而潰瘍面積又不很大時，單一抗Hp治療1－2周就可使活動性潰瘍有效愈合。若根除Hp方案療效稍低、潰瘍面積較大、抗Hp治療結束時患者癥狀未緩解或近期有出血等并發癥史，應考慮在抗Hp治療結束后繼續用抑制胃酸分泌藥治療2－4周。
3、抗Hp治療后復查 抗Hp治療后，確定Hp是否根除的試驗應在治療完成后不少于4周時進行。接受高效抗Hp方案（根除率≥90％）治療的大多數DU患者無必要進行證實Hp根除的試驗。難治性潰瘍或有并發癥史的DU，應確立Hp是否根除。因GU有潛在惡變的危險，原則上應在治療后適當時間作胃鏡和Hp復查。對經過適當治療仍有頑固消化不良癥狀的患者，亦應確立Hp是否根除。