共價藥物篩選“加速器”：ZenoTOF8600開啟高通量化學蛋白質組學新路徑

共價藥物正成為藥物研發的重要方向。化學蛋白質組學可在復雜蛋白組中識別藥物真實結合位點，評估選擇性，并為先導化合物優化提供依據。隨著化合物庫規模擴大，分析平臺需要同時兼顧靈敏度、通量和定量可靠性。

ZenoTOF 8600在本次分享中被用于評估化學蛋白質組學工作流，重點圍繞三個問題展開：無標記篩選能否獲得穩定定量結果；高通量條件下能否保持有效數據采集；共價修飾事件能否被直接觀察，而不是僅通過未修飾肽段信號下降進行間接判斷。

SCIEX ZenoTOF 8600高分辨質譜系統

無標記篩選：減少標記帶來的批次影響

化學蛋白質組學篩選常用于比較藥物處理前后半胱氨酸肽段信號變化。無標記策略減少了同位素標記和批次效應帶來的限制，更適合大規模化合物篩選場景。

基于ZenoTOF 8600的評估顯示，系統能夠在蛋白復雜基質中保持穩定的定量表現。即使樣本負載降低，肽段響應仍可保持良好的線性，說明平臺具備開展label-free化學蛋白質組學篩選的基礎能力。

更快采集：讓篩選走向高通量

篩選規模擴大后，分析速度成為關鍵。DIA采集策略結合高速液相條件，可進一步提高樣本處理效率，并保持較高比例的可定量肽段。

在靶向MRMHR工作流中，系統通過減少掃描目標范圍，提高色譜峰上的數據點覆蓋。更密集的數據點有利于峰面積計算，也為進一步提升樣本通量保留空間。

從“信號缺失”到“直接觀察”

傳統化學蛋白質組學多通過未修飾半胱氨酸肽段信號下降判斷藥物結合事件。這種模式能夠提示潛在結合位點，但本質上仍是間接證據。

共價藥物研發更需要確認藥物究竟結合在何處。若能直接觀察帶有藥物加合物的肽段，并獲得位點定位碎片，結合事件就可以被更明確地驗證。

EAD碎裂“透視鏡”：為共價修飾位點驗證提供結構證據

傳統CID碎裂容易打斷修飾基團，導致共價加合物信號減弱，修飾位點證據不足。EAD提供了不同的碎裂路徑，可保留更多與修飾相關的結構信息。

在共價藥物與目標蛋白結合的案例中，EAD能夠同時觀察未修飾肽段和修飾肽段，并提供用于定位半胱氨酸結合位點的診斷碎片。共價結合事件由此從“根據缺失信號推斷”轉向“直接觀察和確認”。

從候選篩選到機制確認

化學蛋白質組學正在從大規模篩選走向更深入的機制研究。高靈敏度檢測、高通量工作流和EAD結構解析能力結合后，ZenoTOF 8600能夠建立從候選發現到結合位點驗證的完整分析路徑。

這一能力可為共價藥物研究提供更直接的分子證據：既能支撐大規模化合物篩選，也能進一步確認藥物與靶點之間的真實相互作用，為后續優化和機制研究提供依據。