P680接受能量后,由基態變為激發態(P680*),然后將電子傳遞給去鎂葉綠素(原初電子受體),P680*帶正電荷,從原初電子供體Z(反應中心D1蛋白上的一個酪氨酸側鏈)得到電子而還原;Z+再從放氧復合體上獲取電子;氧化態的放氧復合體從水中獲取電子,使水光解。
2H 2O→O2 + 4H+ + 4e-
在另一個方向上去鎂葉綠素將電子傳給D2上結合的QA,QA又迅速將電子傳給D1上的QB,還原型的質體醌從光系統Ⅱ復合體上游離下來,另一個氧化態的質體醌占據其位置形成新的QB。質體醌將電子傳給細胞色素b6/f復合體,同時將質子由基質轉移到類囊體腔。電子接著傳遞給位于類囊體腔一側的含銅蛋白質體藍素(plastocyanin, PC)中的Cu2+,再將電子傳遞到光系統Ⅱ。
P700被光能激發后釋放出來的高能電子沿著A0→ A1 →4Fe-4S的方向依次傳遞,由類囊體腔一側傳向類囊體基質一側的鐵氧還蛋白(ferredoxin,FD)。最后在鐵氧還蛋白-NADP還原酶的作用下,將電子傳給NADP+,形成NADPH。失去電子的P700從PC處獲取電子而還原
以上電子呈Z形傳遞的過程稱為非循環式光合磷酸化,當植物在缺乏NADP+時,電子在光系統內Ⅰ流動,只合成ATP,不產生NADPH,稱為循環式光合磷酸化。
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