人類機體中充滿了能夠幫助消化食物和對抗疾病的細菌,但由于飲食、居住地、愛好甚至病史的不同,兩個人的體內可能會存在不同種類的細菌。長期以來科學家們一直在研究尋找哪種細菌與人類疾病有關,以及哪些細菌能幫助機體抵御疾病發生,研究人員對人類機體微生物組進行比較研究后得出的結論往往并不一致,因為他們分析的是不同的群體或者并未對足夠的樣本進行分析。
研究者Susan Holmes認為,找出哪些差異與疾病有關或人與人之間差異的方法可以歸結為統計學分析和重復性研究。最近在華盛頓舉辦的美國科學促進協會研討會上,研究者Holmes討論了在分析微生物組數據時所面臨的挑戰,她認為,科學家們應該公開他們的研究是如何進行的,并通過重新審視過去的數據來確保研究結果的準確性。

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微生物組變化的最大來源是人與人之間的差異,如果當我們在尋找因果關系的話,這或許就是個問題,“因果關系”對于研究人員而言或許是一個危險的字眼,這意味著細菌群落或許會引發某些疾病。人與人之間的差異對于經常旅行的人、吃過各種不同食物的人來說是巨大的,飲食、歷史、基因和文化等因素都是造成人與人之間差異的原因,但這往往會造成臨床上研究的困難程度。
當研究人員試驗時,他們往往會根據人們的性別、社會地位、年齡來對其進行匹配,但不可能匹配所有東西,比如其旅行的歷史、飲食習慣和家庭環境等。研究者可以利用動物模型來證明,同時也能夠進行縱向研究,比如跟蹤同一個病人一段時間,然后改變其飲食并給予抗生素,如果對同一個病人進行攝動研究,該病人就是自己的控制者,這就已經是朝著正確方向邁出的第一步。
當然了,因果關系很難證明,因為所有因素都存在一定的變化,比如免疫系統、遺傳因素、細菌等,其組成了一個很復雜的系統,就好像是一個被線纏繞的球以及一根你想要抽出的線一樣,這就是一個爛攤子,當我們試圖抽出一根線時才會發現所有東西都纏繞在一起。
未來研究者希望能夠深入研究揭示宿主機體免疫系統所扮演的關鍵角色,在動物研究中,其免疫系統與人類機體不同,因此研究人員就必須仔細進行臨床試驗以確定在受控條件下宿主機體的免疫系統與微生物群落之間重要的相互關系。有些研究人員非常擅長研究機體免疫系統的功能,而有些研究人員卻擅長研究機體的微生物組,卻很少有研究人員會同時深入研究免疫系統和微生物組這兩個系統,這些交叉學科的研究人員希望能同時對上述兩個領域進行更為深入的研究取得一些研究新發現。
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