理解染色質修飾在發育和疾病中的調控作用是非常重要的,不過這樣的研究往往會受到樣本量的限制。基于染色質免疫共沉淀的深度測序(ChIP-seq)近來在這一領域取得了一定進展,但要實現高質量的圖譜分析還面臨著不少挑戰。
浙江大學和卡內基科學研究所的研究人員開發了兩項新技術,RP-ChIP-seq(recovery via protection -ChIP-seq)和FARP-ChIP-seq(favored amplification RP-ChIP-seq)。這兩項技術只需500個細胞就能進行可靠的表觀基因組分析。這一成果發表在十一月五日的Cell Reports雜志上,文章的通訊作者是浙江大學生命科學研究院的賈俊嶺教授和卡內基科學研究所的著名華人學者鄭詣先( Yixian Zheng)教授。
研究顯示,RP-ChIP-seq可以在一個小鼠晶狀體中檢測衰老相關的表觀遺傳學改變。而FARP-ChIP-seq能夠在小鼠的長期造血干細胞(long-term HSC)、短期造血干細胞(short-term HSC)和多能前體細胞(MPP)準確地同時定位組蛋白修飾H3K4me3和H3K27me3。
在細胞分化過程中,H3K4me3/H3K27me3雙修飾的二價狀態,會變成H3K4me3或者H3K27me3單修飾狀態,進而調控基因的表達情況。這項研究表明,HSC中的造血分化基因缺乏H3K4me3/H3K27me3二價狀態。
作者簡介:
賈俊嶺 博士 浙江大學生命科學研究院教授、研究員、博士生導師。教育背景與工作經歷:12/2013-Present 教授/研究員 浙江大學生命科學研究院;10/2008-12/2013 博士后 卡耐基研究所/霍華休斯醫學研究所(巴爾的摩.美);08/2003-10/2008 博士 貝勒醫學院(休斯頓.美)獲John R. Kelsey, Jr. Award獎;09/1999-07/2002 碩士 中國預防醫學科學院.病毒學研究所 (北京);09/1993-07/1997 學士 沈陽藥科大學.微生物制藥專業
鄭詣先 教授1984年畢業于四川大學生物學系,在西南農業大學執教近3年后赴美國俄亥俄州立大學攻讀分子遺傳學博士學位,在果蠅中發現一個與微管蛋白(gamma tubulin,對細胞結構與基本功能至關重要)有關的基因(gamma tubulin in Drosophila and humans, Cell, 1991)。隨后在美國加州大學舊金山分校做博士后,師從Bruce Alberts教授(美國國家科學院院長),分離和鑒別了r-微管蛋白環形復合體(gamma tubulin ring complex,Nature,1995)。后赴美國卡耐基科學研究所任研究員至今,兼任美國約翰霍普金斯大學生物系教授。
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