我國發布首個柑桔全基因組變異數據庫
近日，《園藝研究》（Horticulture Research）在線發表了中國農業科學院柑桔研究所構建完成的柑桔全基因組變異數據庫CitGVD（http://citgvd.cric.cn/home），這是第一個園藝類作物全基因組變異數據庫。 柑桔是全世界最重要的商業水果作物之一。當前，柑桔類物種的大量基因組重測序數據涌現，可被用來評估種質遺傳關系和開發分子標記，以期服務于柑桔分子育種和全基因組選擇輔助育種。為方便訪問、利用和分享這些數據，國家柑桔品種改良中心研究員陳善春團隊開發了一個基于Web的數據庫，即柑桔基因組變異數據庫。 據悉，這是第一個針對柑桔且專用于全基因組變異數據和分析的專業數據庫，其中變異數據包括單核苷酸多態性（SNP）和插入缺失（INDEL）。CitGVD V1.0包含了來自內部測序項目和公共資源的346個種質的1493258964個高質量基因組變異位點和84個表型數據。 CitGVD集成了基因組變異位......閱讀全文
我國發布首個柑桔全基因組變異數據庫
近日，《園藝研究》（Horticulture Research）在線發表了中國農業科學院柑桔研究所構建完成的柑桔全基因組變異數據庫CitGVD（http://citgvd.cric.cn/home），這是第一個園藝類作物全基因組變異數據庫。 柑桔是全世界最重要的商業水果作物之一。當前，柑桔類物
研究人員發布全基因組單核苷酸變異數據庫
10月22日，國際學術期刊Genome Biology 以PGG.SNV： understanding the evolutionary and medical implications of human single nucleotide variations in diverse popul
全基因組測序確定腦瘤的基因變異
日前，圣猶達兒童研究醫院（St. Jude Children's Research Hospital）的研究人員在新研究中鑒別出了一種兒童腦瘤亞型一半以上患者的致病性突變。此外他們還證實這些腫瘤對已經在研發中的一些藥物敏感。這項研究論文刊登在了近期出版的《自然-遺傳學》（Nature Genet
北京基因組所構建完成質體基因組結構變異數據庫
多相催化是實現高效定向化學轉化的關鍵技術，其中的一個重要基礎科學問題是如何通過精確設計和調控催化活性位結構及所在環境，從而強化其定向催化功能并創造新型高效催化劑。近日，中國科學技術大學熊宇杰教授課題組和江俊教授課題組繼在電催化體系中提出表面極化概念后,再次通過與黃偉新教授課題組合作，證實界面極化
全基因組研究識別出飲酒吸煙相關變異
根據《自然》近日發表的遺傳學研究，在一項涉及近340萬人的多血統全基因組關聯研究（GWAS）中，發現了近4000個與吸煙和飲酒行為相關的遺傳變異。這些發現對這類復雜行為的潛在遺傳影響提供了見解。 吸煙和飲酒是多種疾病和紊亂的主要風險因素，雖然它們也受文化背景、公共健康政策等環境因素影響，有顯著證
黃瓜變異組研究奠定全基因組設計育種基礎
中國農業科學院蔬菜花卉研究所領導的國際黃瓜變異組研究團隊，對115個黃瓜品系進行深度重測序，構建了包含360多萬個位點的全基因組遺傳變異圖譜，為全面了解黃瓜進化及多樣性提供了新思路，并為全基因組設計育種打下了基礎。相關成果10月20日在線發表于《自然·遺傳學》雜志。 據國際黃瓜基因組計劃首
全基因組測序可識別癌癥相關變異－有助預防護理
美國德州大學(UT)西南醫學中心研究人員證明，全基因組測序可識別病人患遺傳性癌癥的風險，有望改善癌癥的預防、診斷和護理。這項研究首次用全基因組測序評估了258個癌癥病人的基因組，提高了診斷出有癌變傾向的基因變異的能力。相關論文在線發表于最近的《E生物醫學》雜志上。 “全基因組測序是一種新的基因
PNAS:外顯子變異檢測——全基因組測序比全外顯子測序更強大
目前，全外顯子測序和全基因組測序技術在遺傳分析和發現導致疾病發生的潛在基因突變方面應用越來越廣泛，隨著測序技術的不斷迭代更新，越來越成熟，昂貴的價格會逐漸降低，那么在排除價格因素之后，全外顯子測序和全基因組測序在檢測外顯子突變方面究竟誰更加強大呢？來自美國的科學家對這一問題進行了相關研究，其研究
新研究構建出小麥屬全基因組遺傳變異圖譜
小麥是人類歷史上最成功的作物之一，它起源于新月沃地一個狹小的核心區域，一萬年間，從地區性的野生植物迅速轉變成為全球種植面積最廣的作物之一，在多種多樣的環境下為人類提供大量的碳水化合物和蛋白質。然而，小麥對自然環境和人類糧食需求兩方面同時適應的遺傳機制尚不清楚，理解小麥適應性進化對氣候變化條件下小
北京本起疫情病例病毒全基因組測序完成，均系Delta變異
2021年11月10日我市接報1例在京存在活動軌跡的外省協查病例后，立即響應、迅速行動、嚴格落實各項防控措施、堅決阻斷病毒傳播鏈條。 截至11月11日24時，全市共發現7例與外省協查病例存在關聯的新冠病毒感染者，其中朝陽區2例、海淀區5例。目前北京市疾控中心實驗室已完成5例確診病例病毒全基因組
北京林大等完成世界首張梅花全基因組變異圖譜
北京林業大學教授張啟翔領銜的國家花卉工程技術研究中心與青島華大基因研究院、深圳華大生命科學研究院及美國賓夕法尼亞州立大學等單位合作，完成了首個梅花全基因組重測序研究，構建了世界首張梅花全基因組變異圖譜。該成果對梅花重要觀賞性狀的遺傳解析具有里程碑的作用。既為其分子標記輔助育種研究提供了重要的理論
中國學者解析甜瓜全基因組變異圖譜及進化機制
近日，Nature Genetics線發表了中國農科院與其它機構合作完成的兩篇重量級文章，文章分別構建了甜瓜全基因組變異圖譜和解析了西瓜果實品質性狀進化分子機制。 鑒于該兩項研究的重要性，Nature Genetics雜志還同期發表了題為“Sweet genes in melon and w
農科院研究揭示水稻全基因組功能單倍型自然變異特征
近日，中國農業科學院作物科學研究所（以下簡稱作科所）水稻分子設計技術與應用創新團隊構建了一個全基因組基因功能單倍型（gcHap）數據集，全面揭示了亞洲栽培稻基因功能單倍型自然變異特征，提出亞洲栽培稻多起源（馴化）假說，并開發了適用于功能單倍型數據全基因組關聯分析和全基因組預測的軟件包“HAPS”
llumina向ClinVar數據庫貢獻人類遺傳變異
近日，來自圣地亞哥的消息– Illumina公司（納斯達克股票代碼：ILMN）宣布，它已向美國國家生物技術信息中心（NCBI）主辦的公共數據庫ClinVar貢獻了超過95,000個人類遺傳變異（信息）。Illumina所貢獻的信息包括從致病變異到良性變異在內的各種類別的變異，這些變異是在Illu
Lancet子刊最新全基因組分析－額顳葉變性與遺傳變異有關
FTLD患者皆存在TAR-DNA結合蛋白43（TDP-43，一種調節轉錄的核蛋白）的異常磷酸化，GRN基因突變是FTLD的常見遺傳因素，但不同患者發病年齡和臨床表現存在差異，因此，近日有研究人員通過全基因組關聯分析對FTLD患者GRN突變外的的遺傳因子進行了考察。 研究人員發現TMEM106B
OPGEN全基因組圖譜應用系列——鞭蟲全基因組測序
鞭蟲是一種常見的土壤傳播寄生蟲，地理分布廣，感染率高，寄生于人體盲腸，導致人體慢性感染，對人類危害巨大。鞭蟲的全基因組測序研究由著名的桑格研究院（Wellcome Trust Sanger Institute）完成，發表在世界頂級期刊《Nature Genetics》上。該研究通過對2種不同
《自然》發表人類遺傳變異體大型數據庫gnomAD
英國《自然》雜志及其子刊27日在線發表了基因組聚集數據庫（gnomAD）團隊的系列研究論文，介紹了研究人員對這個大型數據庫的多方面分析，其結果有助人們深入認識人類基因功能，提升對罕見和常見遺傳病的理解。 基因組聚集數據庫(gnomAD)是一個大規模的人類遺傳變異體數據庫，匯集了來自不同人群的外
基因組所完成開發RiceWiki數據庫
近日，中國科學院北京基因組研究所章張研究員課題組與北京理工大學、中國林業科學研究院及華中農業大學合作開發完成RiceWiki數據庫。該數據庫是基于維基百科的水稻基因信息平臺，是可編輯且內容公開的公眾注釋系統。研究成果在Nucleic Acids Research雜志發表。 水稻是人類重
北京基因組所發布表觀基因組數據庫MethBank－3.0
中國科學院北京基因組研究所生命與健康大數據中心發布表觀基因組數據庫MethBank 3.0，并將其成果以MethBank 3.0: a database of DNA methylomes across a variety of species為題，在線發表在Nucleic Acids Rese
北京基因組所發布表觀基因組數據庫MethBank－3.0
中國科學院北京基因組研究所生命與健康大數據中心發布表觀基因組數據庫MethBank 3.0，并將其成果以MethBank 3.0: a database of DNA methylomes across a variety of species為題，在線發表在Nucleic Acids Rese
研究構建藏族人群全基因組水平的適應性遺傳變異圖譜
8月7日，《國家科學評論》（National Science Review）在線發表了中國科學院上海營養與健康研究所——馬普計算生物學研究所徐書華團隊的研究成果“Prioritizing natural selection signals from the deep-sequencing gen
俄開發出了新冠病毒變異國家數據庫
俄羅斯聯邦消費者權益保護和公益監督局網站消息，該局流行病中央研究所根據政府關于創建統一疫情信息分析中心的指示，開發出了新冠病毒變異國家數據庫。 消息說，該數據庫將加快抗擊新冠病毒的進程，因為到目前為止，俄羅斯有關新冠病毒變異的信息是零散的。根據俄政府關于創建統一疫情信息分析中心的指示，流行病中
虎尾海馬全基因組破譯
中科院南海海洋研究所、德國康斯坦茨大學、華大基因和新加坡A*STAR研究院聯合破譯了虎尾海馬的全基因組。有關研究成果日前以封面文章的形式發表在《自然》雜志上。 海馬隸屬于海龍科。與其他硬骨魚不同，海馬呈現高度特殊的形態，例如頭部前方具有管狀長嘴，無腹鰭和尾鰭，尾端卷曲，全身覆蓋硬骨骼，沒有鱗片
人類全基因組測序計劃
全基因組測序是對未知基因組序列的物種進行個體的基因組測序。 1986年， Renato Dulbecco是Z早提出人類基因組測序的科學家之一。他認為如果能夠知道所有人類基因的序列，對癌癥的研究將會很有幫助。美國能源部（DOE）與美國國家衛生研究院（NIH），分別在1986年與1987年加入人類基
全基因組擴增技術介紹
研究人員通常會在下游分析中遭遇DNA樣本量有限或不足的問題。QIAGEN的全基因組擴增技術通過以包括單細胞在內的小量樣本或珍貴樣本擴增獲得基因組DNA，解決此類難題。REPLI-g?Kit能夠準確地復制原始DNA樣本，不會造成偏差，擴增后的DNA可以直接應用于廣泛的遺傳學分析。什么是全基因組擴增(w
全球藥典草藥基因組數據庫已上線
近期，中國中醫科學院中藥研究所團隊建立了全球藥典基因組數據庫(GPGD)。該數據庫是全球首個針對藥典收載草藥物種的大型基因組學數據庫。相關研究成果發表在《Science China-Life Sciences》雜志，標題為“Global Pharmacopoeia Genome Database
科學家搭建草莓基因組數據庫
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2021/3/454861.shtm 草莓為薔薇科草莓屬，因芳香多汁、營養豐富受到喜愛，在全國各地均可種植。栽培草莓為異源多倍體，基因組復雜，雜合度高。 2019年，《自然—遺傳學》發表了利用三代測序數據組裝的高
全國HIV毒株的基因變異和流行特征數據庫建立
為查清我國目前艾滋病病毒HIV-1亞型的種類和變化、新重組病毒的類型及其在人群中的傳播特點，并利用其研究成果解決我國HIV防治工作中遇到的實際問題，以中國疾病預防控制中心性病艾滋病預防控制中心牽頭，在全國各省疾病預防控制中心的積極配合下開展了我國HIV毒株的基因變異和流行特征研究。該項目日前獲得20
研究發布大豆多維組學數據庫SoyOmics
大豆（Glycine max (L.) Merr.）是重要的糧油作物之一，其產量提升、品質改進關乎全球人口的需求和利益。高通量測序技術的發展促使大豆組學研究不斷深入。實現大豆多維組學數據的整合分析，將會為大豆遺傳育種提供有力支持。 近日，中國科學院遺傳與發育生物學研究所田志喜團隊聯合北京基因組
葉綠體和線粒體基因組變異檢測獲突破
近日，《公共科學圖書館―綜合》發表了中國農業科學院油料作物研究所博士后曾長立與合作導師伍曉明研究建立的能高通量檢測葉綠體和線粒體基因組遺傳變異的新方法。 據曾長立介紹，葉綠體和線粒體基因組作為植物細胞質基因組，對光合作用、呼吸作用等重要生命過程具有重要意義。 研究葉綠體和線粒體基因組