300多種腫瘤晚期癌癥患者測序突變數據庫發表的啟示

　　5月8日，Nature Medicine雜志發表一篇重量級文章，紀念斯隆-凱特琳癌癥研究中心(MSKCC) 的科學家采用MSK-IMPACT方法，開展了一個大規模、前瞻性的臨床測序研究。他們對上萬名晚期癌癥患者，接近300多種腫瘤進行了基因測序，同時收集了這些腫瘤病人的臨床注釋、病理等方面的信息，并且科學家將這些數據集合放在一個網站上，全世界的研究者都可以訪問，進行數據檢索。這個網址是http://cbioportal.org/msk-impact

　　研究的通訊作者、遺傳學家Michael Berger博士說：“這項研究代表了MSKCC在臨床測序領域的一個‘高潮’，對我們來說，這前10000多名患者是一項大投資，我們通過他們建立了‘數據庫’，其中有巨大的可挖掘潛力，這前10000名患者是我們的一個里程碑。

　　MSK-IMPACT—— 更靈活、全面的新型癌癥測序技術

　　MSK-IMPACT（Integrated Mutation Profiling of Actionable Cancer Targets）是一個更加全面的癌癥測序技術。目前，常規針對癌癥的測序只在少數幾種癌癥中進行。相比之下，MSK-IMPACT適用于任何腫瘤類型，而且還能夠檢測到罕見的突變以及其他關鍵的遺傳變異。這種檢測是腫瘤精準治療的一個重要組成部分，靈活、全面的鑒定治療中的靶向基因。

　　MSK-IMPACT基于二代測序技術，它并不是對腫瘤的全基因組或蛋白編碼基因進行測序，而是以過去的癌癥研究為基礎，確定了341個重要的“癌基因”。研究人員對患者這些基因上所有的重要區域都進行了測序，可以檢測到基因上所有蛋白編碼區突變、拷貝數變化（CNAs）、啟動子突變和基因組重排。

　　本研究一萬多例腫瘤病人樣本量從高到低排列順序為非小細胞肺癌（1563）、乳腺癌（1237）、結直腸癌（978）、前列腺癌（623）、神經膠質瘤（512）、胰腺癌（490）、軟組織肉瘤（438）、膀胱癌（406）、黑色素瘤（350）、腎細胞癌（322）、食管癌（317）、生殖細胞腫瘤（268）、膽管癌（242）、甲狀腺癌（226）、卵巢癌（217）、子宮內膜癌（211）、頭頸癌（179）、未知性癌癥（160）等等。

　　啟示一：對來源多樣的標本進行高效地檢測是數據庫建設的關鍵因素

　　本次研究腫瘤類型多樣，樣本類型復雜，如何對這些不同種類的樣本進行高效地測序是一大挑戰！本次研究的建庫部分，使用 KAPA HTP 建庫試劑盒以及KAPA Hyper Prep建庫試劑盒應用到自動化平臺在Beckman Biomek FXP工作站上進行，。341個基因的雜交捕獲部分用的是NimbleGen的定制Panel，在所有類型的腫瘤樣本中NimbleGen的探針都表現出極高的捕獲效率和對不同基因區段的高一致性捕獲，為后續的測序提供了一個真實的基礎。對一些比較罕見的，突變頻率比較低的基因也體現了很好的靈敏性。

　　TP53基因是這次研究中發現的最常見的一個突變基因，41%的患者都有攜帶，尤其是高級別漿液性卵巢癌（98%），食管腺癌（89%）和小細胞肺癌（85%）患者。KRAS基因，攜帶者占所有患者的15%，有90%的胰腺癌患者和44%的結腸癌患者都攜帶它的突變。

　　高效的測序也降低了后續分析的難度

　　據了解，國內很多研究機構、企業也在建立中國人群的腫瘤突變數據庫。根據自身機構的優勢，選擇某一種或者幾種腫瘤作為重點研究的對象。數據質量是數據庫的核心，檢測腫瘤基因突變是最重要環節之一，KAPA DNA建庫試劑盒，適用性廣泛，在樣本質量參差的研究中，可以用同一工作流程應對新鮮組織、石蠟包埋組織、凍存組織、ctDNA等來源的DNA，得到可重復的結果，其文庫分子轉化率高，文庫豐富度高，重做率低，且易于自動化。

　　雖然目前國內還沒有機構發布關于數據庫建設的階段性成果，但我們相信再過一段時間就會有好消息傳來，畢竟這項研究需要時間的積累，工欲善其事，必先利其器，高效的文庫建立與捕獲雜交確保了測序的有效性同時也大大降低后續分析的難度。

　　啟示二：共享讓數據價值最大化！

　　同時，紀念斯隆凱特琳癌癥研究中心無私地公開了自己的數據，讓全球做這項研究的科研人員都可以訪問網站，自由地檢索數據，為自己的研究提供參考。這也是這項研究給予我們的另一個啟示，只有共享才能發揮數據庫的巨大潛力！