魏文勝、劉小樂攜手發表CRISPR新成果
CRISPRCCas9篩選已被廣泛用于分析編碼基因功能，但是，用這種方法對非編碼元件進行高通量篩選，是更具挑戰性的，因為非編碼區域中單次切割所引起的缺失，不可能產生一次功能性的基因敲除。因此，非常需要一種高通量的方法，來產生非編碼DNA的缺失。10月31日在《Nature Biotechnology》雜志發表的一項研究中，來自北京大學、哈佛大學T.H. Chan公共衛生學院Dana-Farber癌癥研究所、寧波大學、MIT-哈佛Broad研究所等處的研究人員，報道了一種高通量的基因組刪除策略，基于一個慢病毒配對引導RNA（pgRNA）文庫，來篩選功能性的長編碼RNAs（lncRNAs）。北京大學生命科學學院的魏文勝（Wensheng Wei）研究員和哈佛大學T.H. Chan公共衛生學院的劉小樂（Xiaole Shirley Liu）教授，是本文共同通訊作者。魏文勝研究員帶領的課題組，致力于基因組編輯、疾病與感染方面的科學研究。......閱讀全文
魏文勝、劉小樂攜手發表CRISPR新成果
CRISPRCCas9篩選已被廣泛用于分析編碼基因功能，但是，用這種方法對非編碼元件進行高通量篩選，是更具挑戰性的，因為非編碼區域中單次切割所引起的缺失，不可能產生一次功能性的基因敲除。因此，非常需要一種高通量的方法，來產生非編碼DNA的缺失。10月31日在《Nature Biotechnology
Nature－Biotechnology：魏文勝、劉小樂攜手發表CRISPR新成果
CRISPR–Cas9篩選已被廣泛用于分析編碼基因功能，但是，用這種方法對非編碼元件進行高通量篩選，是更具挑戰性的，因為非編碼區域中單次切割所引起的缺失，不可能產生一次功能性的基因敲除。因此，非常需要一種高通量的方法，來產生非編碼DNA的缺失。10月31日在《Nature Biotechnolo
長鏈非編碼RNAs介導的表觀遺傳調控基礎
近日，中國科學院昆明動物研究所李家立、胡新天和鄭永唐課題組與中國科學技術大學生命科學學院汪香婷課題組、武漢生命之美生物科技公司合作，揭示了長鏈非編碼RNAs在靈長類大腦發育和老化過程中表達動態變化和作用。該研究成果以Annotation and cluster analysis of spati
揭示基因“無用”序列穩定染色質三維結構及細胞穩態機制
人類基因組中的非編碼序列在多種生物學過程中發揮著至關重要的作用，如非編碼RNA、啟動子、增強子和轉座子等。作為在基因組中占比約98%的非編碼區域，仍有大量是功能未知的，這些曾被認為是基因組中“垃圾”的區域，已被逐漸證實存在重要功能。基因組的三維結構會影響基因的轉錄調控或其他細胞生命活動，然而，除
CRISPR新成果：－針對長鏈非編碼RNA的完全敲除高通量篩選
之前的方法在效率、質量（假陽性、假陰性）上各有欠缺：比如CRISPRi的方法只能實現基因表達抑制而不是完全敲除，CRISPRa的方法只能上調基因表達，無法對基因不可或缺的作用實施篩選評估。大片段刪除的策略由于步驟的繁瑣，也限制了其在更大規模上得到應用。 作為強大的基因編輯工具，CRISPR/C
紅斑狼瘡遺傳暗物質生物學功能獲揭示
上海交通大學醫學院附屬仁濟醫院風濕病學研究所教授沈南團隊通過研究整合表觀遺傳學、3D基因組學及CRISPR技術，闡明了在狼瘡發病關鍵通路中起重要調控作用的非編碼RNA在特定免疫細胞亞群中異常表達的分子遺傳學機制，為今后系統鑒定大量SLE非編碼遺傳因子的生物學功能及發展細胞特異性干預手段提供了新的研究
學者揭示阿爾茲海默癥的遺傳新機制
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/9/509442.shtm阿爾茲海默癥（AD）是常見的神經退行性疾病。遺傳學研究發現了數千個與阿爾茲海默癥風險相關的遺傳位點。然而由于發病機制復雜以及大部分跟阿爾茲海默癥風險關聯位點存在于基因組非編碼區的順式調
黃國寧：表觀遺傳學“照亮”胚胎篩選“暗箱”
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/3/519073.shtm當輔助生殖技術照亮大量不孕不育患者“迷途之路”時，真實的研究數據依然提醒人們生殖醫學的道路漫長。據2021年《柳葉刀》相關研究統計，當前全球輔助生殖（試管嬰兒）的活產率不足30%。如何
Genome－Research丨lncRNA在精子發生過程中的關鍵作用
Genome Research丨lncRNA在精子發生過程中發揮重要作用 一直被很多科學家認為是真核生物基因組進化中“垃圾”信息的非編碼RNA（ncRNA），既不編碼蛋白質，又缺乏生物學功能的遺傳學證據，近幾年得到了“平反”，越來越多的研究表明ncRNA 在劑量補償效應(Dosage co
解讀重要表觀調控因子：保護端粒的非編碼RNAs
在2008年，西班牙國家癌癥研究中心（CNIO）的Maria A. Blasco博士領導的端粒和端粒酶研究組是世上首個發現TERRAs的團隊。這是一段非編碼端粒RNAs，屬于染色質端粒的一部分。從那時起，該團隊就致力于研究這些序列有什么作用。 最近他們在《Nature Communicatio
基因編輯進展梳理－Part－II－基于CRISPRCas9的技術應用篇(三)
上一期為大家介紹了過去一年里CRISPR技術在動物造模及單堿基技術方面取得的重大突破。本期繼續為大家從功能基因組篩選、細胞譜系示蹤及疾病診斷方面談談CRISPR-Cas系統的技術運用。一、大規模基因功能的篩選盡管測序和基因組編輯技術取得了重大進展，但是解析復雜的基因型-表型關系仍然是數量遺傳學的一個
北大魏文勝最新發表CRISPR綜述
探索基因及其表達的蛋白在特定生理、病理、發育等過程中所起的作用一直是生命科學領域研究的重要內容。盡管利用RNA干擾鑒 定高等生物基因功能的技術已經普及，但是這種方法經常伴隨脫靶現象；而且由于只能部分抑制基因表達，往往不足以造成表型變化從而影響對其基因型的判斷。近 幾年基因編輯技術的出現，使得對單
高通量細胞遷移篩選
細胞遷移是一個活的生物生長和維持生命過程中不可缺少的的關鍵過程。為了完成相應的功能，體內的細胞經常會以特定的方向遷移到特定的位置。遷移是一個循環的過程，細胞向前端伸出突觸，縮回其尾端。動物組織中的細胞發生遷移主要是為了響應特定的外部信號。細胞遷移對于胚胎發育、傷口愈合、分化以及免疫應答等都是非常重要
藥物高通量篩選技術
藥物高通量篩選技術簡單介紹一下關于藥物高通量篩選技術的知識。一.概念高通量篩選(High throughputscreening，HTS)技術是指以分子水平和細胞水平的實驗方法為基礎，以微板形式作為實驗工具載體，以自動化操作系統執行試驗過程，以靈敏快速的檢測儀器采集實驗結果數據，以計算機對實驗數
高通量解析骨質疏松非編碼易感變異被揭示
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/2/517668.shtm西安交通大學生命科學與技術學院楊鐵林教授團隊開發了一個增強子調控網絡打分方法，鑒定了33個顯著富集的轉錄因子，并發現這些轉錄因子顯著富集到轉錄激活和骨代謝相關分子通路。近日該研究成果發
表觀基因組學研究指南（一）
今年九月，對于基因組研究者們來說是一個具有紀念意義的月份，因為美國人類基因組研究院(NHGRI)資助的ENCODE項目在Nature，Genome Biology，Genome Research等雜志上公布了三十多份論文，還有在Science，Cell，以及the Journal of Bi
第四屆非編碼RNA和表觀遺傳學研究經驗交流會完美落幕
第四屆非編碼RNA和表觀遺傳學研究經驗交流會于6月10至6月11日于廣州翡翠皇冠假日酒店翡翠宴會A廳隆重召開，本屆大會由中國科學院廣州生物醫藥與健康研究院、中國生化與分子生物學會核糖核酸專業委員會、中國科學院青年創新促進會廣州分會，以及南方醫科大學藥學院主辦，廣州市銳博生物科技有限公司承辦 非
什么是表觀遺傳？
表觀遺傳學是研究基因的核苷酸序列不發生改變的情況下，基因表達的可遺傳的變化的一門遺傳學分支學科。表觀遺傳的現象很多，已知的有DNA甲基化（DNA methylation），基因組印記（genomic imprinting），母體效應（maternal effects），基因沉默（gene silen
ncRNA在精子發生過程中的關鍵作用研究
Genome Research丨lncRNA在精子發生過程中發揮重要作用一直被很多科學家認為是真核生物基因組進化中“垃圾”信息的非編碼RNA（ncRNA），既不編碼蛋白質，又缺乏生物學功能的遺傳學證據，近幾年得到了“平反”，越來越多的研究表明ncRNA 在劑量補償效應(Dosage comp
科學家有望破解占比98％的人類基因組暗物質的奧秘
2003年研究人員完成了人類基因組計劃項目，共對人類基因組中所有30億個堿基對進行了測序，很多人認為我們機體的DNA是一本開放的百科全書，但一個令人困惑的問題很快也會出現，盡管科學家們對這本書進行了翻譯，但僅僅只是解釋了其中很少一部分內容。 機體中有高達98%的DNA并不會編碼產生蛋白質，很多
什么是高通量篩選技術
以分子水平和細胞水平的實驗方法為基礎，以微板形式作為實驗工具載體，以自動化操作系統執行試驗過程，以靈敏快速的檢測儀器采集實驗結果數據，以計算機分析處理實驗數據，在同一時間檢測數以千萬的樣品，并以得到的相應數據庫支持運轉的技術體系。高通量篩選技術具有微量、快速、靈敏和準確等特點。簡言之就是可以通過一次
高通量篩選有哪些種類？
該技術使用較低劑量，在短時間內完成對大量化合物的生物活性篩選，由于具有微量化，快速，高效等特點，被國內外多數醫藥研究機構廣泛采用。國外許多大型農藥公司亦將這種技術用于新農藥的篩選。高通量篩選和組合化學（combinatorialchemistry）、自動化操作系統等技術的有機結合，可以縮短新農藥創制
什么是高通量篩選技術
官方的定義是：高通量篩選技術是指以分子水平和細胞水平的實驗方法為基礎，以微板形式作為實驗工具載體，以自動化操作系統執行試驗過程，以靈敏快速的檢測儀器采集實驗結果數據，以計算機分析處理實驗數據，在同一時間檢測數以千萬的樣品，并以得到的相應數據庫支持運轉的技術體系。簡單來說，就是用機器來替代人工，高效的
高通量藥物篩選的簡介
1. 化合物樣品庫化合物樣品主要有人工合成和從天然產物中分離純化兩個來源。其中,人工合成又可常規化學合成和組合化學合成兩種方法。2.自動化的操作系統自動化操作系統利用計算機通過操作軟件控制整個實驗過程。操作軟件采用實物圖像代表實驗用具，簡潔明了的圖示代表機器的動作。自動化操作系統的工作能力取決于系統
高通量篩選技術的簡介
高通量篩選(High throughput screening，HTS)技術是指以分子水平和細胞水平的實驗方法為基礎，以微板形式作為實驗工具載體，以自動化操作系統執行試驗過程，以靈敏快速的檢測儀器采集實驗結果數據，以計算機分析處理實驗數據，在同一時間檢測數以千萬的樣品，并以得到的相應數據庫支持運
高通量篩選技術簡要綜述
藥物高通量篩選（HTS）技術，是發現創新藥物的重要技術手段之一，已受到藥學同行的極大關注。現將近年來藥物高通量篩選技術的研究進展做一綜述。 發展中的高通量篩選技術 高通量篩選的組合模式近年來，由于自動化技術特別是機器人的應用，在新藥研究中出現了高通量篩選技術，該技術將化學、基因組研究、生物信
高通量篩選神經毒性實驗
優點：完全自動化的圖像獲取與分析 ?快速得到每個細胞的多表型參數 ?實時監測活細胞的毒性，可持續幾分鐘至幾天 神經系統對許多毒性化合物以及自然環境中生成的有害物質非常敏感。在疾病發生過程中，神經毒性可以對大腦或者外周神經系統造成短暫或持續性的損傷，例如脊髓損傷，中風，創傷性腦損傷等。同時這種神經毒性
高通量篩選的特點簡介
高通量篩選時每天要對數以千萬的樣品進行檢測，工作枯燥，步驟單一，操作人員容易疲勞、出錯。自動化操作系統由計算機及其操作軟件、自動化加樣設備、溫孵離心設備和堆棧4個部分組成。自動化操作系統代替人工操作顯然有諸多優勢，它利用計算機通過操作軟件控制整個實驗過程，編程過程簡潔明了。
第五屆全國生物信息學大會召開
第五屆全國生物信息學與系統生物學學術大會日前在哈爾濱召開，來自海內外的600余位生物信息學專家、學者出席會議。與會專家以“高通量時代的生物信息學與系統生物學”為主題，分別就利用基因組信息學分類細菌的新方法、細菌基因組組織形式、系統生物學在醫學發展中的應用和研究策略以及基因組非編碼
任兵教授利用CRISPR發現新型增強子
人類基因組只有不到2%編碼蛋白質，因此解析非編碼DNA的功能是一個很大的挑戰。科學家們已經通過分析DNA甲基化、染色質修飾、核酸酶敏感性、轉錄因子結合，在人類基因組中預測了數百萬個調控序列，但只有少數序列在天然條件下得到證實。 加州大學的研究團隊為此開發了基于CRISPR/Cas9的高通量篩選