眾所周知,在不同的情況下,在不同的組織中,基因表達的水平也不同。如今,研究人員可利用多種技術來追蹤基因表達水平的差異,如定量 PCR、芯片或測序。《Genome Technology》雜志這一次請來了幾位科學家,讓他們分享一下應如何選擇這些技術。此外,研究人員也談到了解決質量控制和數據分析的問題,以及如何驗證基因表達研究的發現。 Q1:您如何評估哪種方法(芯片、定量PCR或測序)最適合基因表達研究? Gary Hardiman(加州大學圣地亞哥分校) 答案在很大程度上取決于研究的目的。傳統的qPCR最適合于少量目標和大量樣品。芯片和RNA-seq最適合于整體的轉錄譜分析。芯片和RNA-seq之間的選擇在于成本、數據處理的輕松程度以及檢測靈敏度。 芯片實驗的優勢在于它們很快,相對廉價,且數據存儲和處理較為輕松。在很短的時間內可生成兩個樣品之間差異表達基因的列表,并用于指導通路、基因本體、網絡/互......閱讀全文
DNA,RNA和蛋白質是三種重要的生物大分子,是生命現象的分子基礎。基因組DNA中的基因通過轉錄為mRNA并進一步翻譯為蛋白質,很多種類的蛋白質在最終發揮功能時又經歷磷酸化、糖基化、酶原激活等翻譯后修飾。DNA的遺傳信息決定生命的主要性狀,而mRNA在信息傳遞中起很重要的作用。其它兩大類RNA,rR
摘要:基因芯片技術是90年代中期以來快速發展起來的分子生物學高新技術,是各學科交叉綜合的嶄新科學。其原理是采用光導原位合成或顯微印刷等方法,將大量DNA探針片段有序地固化予支持物的表面,然后與已標記的生物樣品中DNA分子雜交,再對雜交信號進行檢測分析,就可得出該樣品的遺傳信息。基因芯片技術目前國
簡介:什么是PCR芯片?實時定量PCR是檢測基因表達zui靈敏,zui可靠的方法。通過在試驗過程中,實時監測熒光染料的信號變化,反映樣品中的基因拷貝數。實時定量PCR線性范圍廣(能達到5個數量級),因此可以檢測同一樣品中表達量極低的基因和表達量很高的基因。但是,由于實時定量PCR需要制備
摘要:基因芯片技術是90年代中期以來快速發展起來的分子生物學高新技術,是各學科交叉綜合的嶄新科學。其原理是采用光導原位合成或顯微印刷等方法,將大量DNA探針片段有序地固化予支持物的表面,然后與已標記的生物樣品中DNA分子雜交,再對雜交信號進行檢測分析,就可得出該樣品的遺傳信息。基因芯片技術目前國內
生物芯片技術是隨著"人類基因組計劃"(human genome project, HGP)的進展而發展起來的,它是90年代中期以來影響最深遠的重大科技進展之一,它融微電子學、生物學、物理學、化學、計算機科學為一體的高度交叉的新技術,具有重大的基礎研究價值,又具有
基因芯片 技術的誕生為生物技術工作人員打開了一道科研的便利之門,曾被評為1998年年度十大科技進展之一。本文對基因芯片的實驗原理、技術基礎、分類、用途、操作主要環節等內容做詳細的介紹。 1.基本原理和技術基礎 基因芯片以DNA雜交 為基本原理,基于A和T、G和C的
核酸分子雜交技術由于核酸分子雜交的高度特異性及檢測方法的靈敏性,它已成為分子生物學中最常用的基本技術,被廣泛應用于基因克隆的篩選,酶切圖譜的制作,基因序列的定量和定性分析及基因突變的檢測等。其基本原理是具有一定同源性的原條核酸單鏈在一定的條件下(適宜的溫室度及離子強度等)可按堿基互補原成雙鏈。雜交的
3 生物芯片在毒理學研究中的應用 對藥物進行毒性評價,是藥物篩選過程中十分重要的一個環節。現在毒理學家多采用鼠為模型通過動物實驗來確定藥物的潛在毒性。這些方法需要使用大劑量的藥物,花上幾年時間,花費巨大。 DNA芯片技術可將藥物毒性與基因表達特征聯系起來,通過基因表達分析便可確定藥物毒性,
液相芯片,也稱為微球體懸浮芯片(suspension array,liquid chip),是基于xMAP(flexible Multi Analyte Profiling)技術的新型生物芯片技術平臺,它是在不同熒光編碼的微球上進行抗原 抗體、酶 底物、配體 受體的結合
液相芯片,也稱為微球體懸浮芯片(suspension array,liquid chip),是基于xMAP(flexible MultiAnalyte Profiling)技術的新型生物芯片技術平臺,它是在不同熒光編碼的微球上進行抗原抗體、酶底物、配體
三、生物芯片技術研究應用點滴 人類基因組計劃推動了各種生物基因組測序工作的進展,越來越多的生物全基因組序列被測定并公布,可是這才是解讀“天書”的開始。掌握了基因組序列,卻不知道基因序列背后所隱藏的秘密——即基因組的功能,就不能真正理解“天書”更
實驗材料:小麥 試劑、試劑盒:β-巰基乙醇 &nb
基因芯片技術及其研究現狀和應用前景生物芯片技術是隨著“人類基因組計劃”(human genome project,HGP)的進展而發展起來的,它是90年代中期以來影響最深遠的重大科技進展之一,它融微電子學、生物學、物理學、化學、計算機科學為一體的高度交叉的新技術,具有重大的基礎研究價值,又具
基因是指攜帶有遺傳信息的DNA序列,是控制性狀的基本遺傳單位,一段具有功能性的DNA序列。基因通過指導蛋白質的合成來表達自己所攜帶的遺傳信息,從而控制生物個體的性狀表現。人類約有兩萬至兩萬五千個基因。廣義上的基因檢測指通過血液、組織或細胞分泌物,對染色體、DNA分子進行檢測的一系列技術。目前在醫療領
3.9 芯片數據介紹對簡單的實質等同性實驗來說,一個比較轉基因系與對照之間基因表達的散點圖就已足夠了。文獻 [ 5 ] 中參與兩個實驗的樣品都標注在圖15. 2中。結果用 GeneSpring 軟件包顯示,繪制了每組比較小麥系之間每個基因成對的平均強度,并突出顯示少數感興趣的基因(統計上顯著差異表達
基因組(genome)包含的遺傳信息經轉錄產生mRNA,一個細胞在特定生理或病理狀態下表達的所有種類的mRNA稱為轉錄子組(transcriptome)。很顯然,不同細胞在不同生理或病理狀態下轉錄子組包含的mRNA的種類不盡相同。mRNA經翻譯產生蛋白質,一個細胞在特定生理或病理狀態下表達的所有種類
基因組(genome)包含的遺傳信息經轉錄產生mRNA,一個細胞在特定生理或病理狀態下表達的所有種類的mRNA稱為轉錄子組(transcriptome)。很顯然,不同細胞在不同生理或病理狀態下轉錄子組包含的mRNA的種類不盡相同。mRNA經翻譯產生蛋白質,一個細胞在特定生理或病理狀態下表達的所有種類
3.9 芯片數據介紹對簡單的實質等同性實驗來說,一個比較轉基因系與對照之間基因表達的散點圖就已足夠了。文獻 [ 5 ] 中參與兩個實驗的樣品都標注在圖15. 2中。結果用 GeneSpring 軟件包顯示,繪制了每組比較小麥系之間每個基因成對的平均強度,并突出顯示少數感興趣的基因(統計上顯著
一、基于分子雜交的分子診斷技術 上世紀60年代至80年代是分子雜交技術發展最為迅猛的20年,由于當時尚無法對樣本中靶基因進行人為擴增,人們只能通過已知基因序列的探針對靶序列進行捕獲檢測。其中液相和固相雜交基礎理論、探針固定包被技術與cDNA探針人工合成的出現,為基于分子雜交的體外診斷方法進行了
分子診斷技術是指以DNA和RNA為診斷材料,用分子生物學技術通過檢測基因的存在、缺陷或表達異常,從而對人體狀態和疾病作出診斷的技術。其基本原理是檢測DNA或RNA的結構是否變化、量的多少及表達功能是否異常,以確定受檢者有無基因水平的異常變化,對疾病的預防、預測、診斷、治療和預后具有重要意義。通俗
一、 概述: 生物芯片這一名詞最早是在80年代初提出的,主要指分子電子器件。美國海軍實驗室研究員Carter 等試圖把有機功能分子或生物活性分子進行組裝,想構建微功能單元,實現信息的獲取、貯存、處理和傳輸等功能。用以研制仿生信息處理系統和生物
實驗概要 生物芯片這一名詞最早是在80年代初提出的,主要指分子電子器件。美國海軍實驗室研究員Carter 等試圖把有機功能分子或生物活性分子進行組裝,想構建微功能單元,實現信息的獲取、貯存、處理和傳輸等功能。用以研制仿生信
分子診斷技術是指以DNA和RNA為診斷材料,用分子生物學技術通過檢測基因的存在、缺陷或表達異常,從而對人體狀態和疾病作出診斷的技術。其基本原理是檢測DNA或RNA的結構是否變化、量的多少及表達功能是否異常,以確定受檢者有無基因水平的異常變化,對疾病的預防、預測、診斷、治療和預后具有重要意義。通俗
DNA微陣列技術的發展[1]帶來了基因表達研究方法上的一場革命。傳統的Northern blots或RT-PCR方法只能逐一地研究單個基因的表達,而DNA微陣列技術可以同時例行檢測成千上萬個基因表達水平的變化,在微芯片上置入寡核苷酸探針或相應于mRNA序列的cDNA,與細胞cDNA或cRNA進行雜交
基因組編輯技術CRISPR/Cas9被《科學》雜志列為2013年年度十大科技進展之一,受到人們的高度重視。CRISPR是規律間隔性成簇短回文重復序列的簡稱,Cas是CRISPR相關蛋白的簡稱。CRISPR/Cas最初是在細菌體內發現的,是細菌用來識別和摧毀抗噬菌體和其他病原體入侵的防御系統。圖片
生物芯片,又稱蛋白芯片或基因芯片,它們起源于DNA雜交探針技術與半導體工業技術相結合的結晶。生物芯片技術是近幾年才發展起來的高通量檢測技術,它利用微電子、微機械、物理化學技術、計算機技術在固體芯片表面構建的微流體分析單元和系統,將生命科學研究中不連續的分析過程(如樣品制備、化學反應和分析檢測)連續化
現代分子生物學和免疫學的進展加深了我們對許多疾病的了解,并且導致了免疫新策略的產生,免疫學檢測方法可分為體液免疫和細胞免疫測定。本文盤點了與免疫學有關的分子生物學實驗技術匯總。 一、GST pull-down實驗 GST是指谷胱甘肽巰基轉移酶,GST pull-down實驗是一個行之有效的驗
3 轉基因植株外源基因表達情況的檢測與鑒定盡管在mRNA水平也能一定程度地研究外源基因的表達,但存在mRNA在細胞質中被特異性地降解等情況,mRNA與表達蛋白質的相關性不高(相關系數低于0.5),基因表達的中間產物mRNA水平的研究并不能取代基因最終表達產物的研究。轉基因植株外源基因表達
檢測自身免疫抗體的蛋白質芯片技術 自身免疫性疾病是由異常免疫反應引起的慢性退行性或炎癥性疾病。不同的自身免疫性疾病對機體的影響各有不同。例如,在多發性硬化癥中,自身免疫反應的侵害對象是中樞神經系統,而在克羅恩病中則是腸道。此外,同種疾病對不同個體的組織和器官的影響程度不盡相同。 此類
以前只要提到基因表達分析,人們就會想到熒光定量PCR;只要提到高通量基因表達分析,人們會首先想到基因芯片。雖然熒光定量PCR儀幾乎每個實驗室都有,但是做芯片就不一定每個實驗室都具備這個條件了。那么只有一臺熒光定量PCR儀是否也能進行高通量的基因表達譜分析呢?QIAGEN 推出的RT2 Profile