中國科學家Nature子刊發布藏羚羊基因組草圖

　　來自青海大學、深圳華大基因研究院和中科院昆明動物研究所等處的研究人員成功繪制出了藏羚羊(Tibetan antelope)的基因組序列草圖，揭示出了高原適應的遺傳機制。相關論文“Draft genome sequence of the Tibetan antelope”發表在5月14日的《自然通訊》(Nature Communications)雜志上。

　　青海大學的格日力(Ri-Li Ge)教授，中科院昆明動物研究所的張亞平(Ya-Ping Zhang)院士和深圳華大基因研究所的汪建(Jian Wang)教授共同領導了這一研究。

　　藏羚羊是生活在海拔4,000–5,000米青藏高原上的一種大型地域性偶蹄動物。這一棲息地氧分壓(PO2)低，具有高水平的紫外線輻射。非當地生物，例如人類到達這樣的高海拔地區，有可能會罹患上危及生命的急性高山病。與之相反，藏羚羊在高原上生存了數百萬代，在這樣的低氧環境下可以數小時奔跑 ，速度達到80公里/小時。這些觀測結果表明，藏羚羊一定進化了一些特殊的機制，來適應這種極端惡劣的棲息地環境，而當前對于這種適應的遺傳基礎還并不是很了解。測序藏羚羊基因組無疑有助于發現高原適應的潛在分子機制。

　　在這篇新文章中，研究人員利用新一代、大規模平行測序技術Illumina Genome Analyser，生成并裝配出了藏羚羊的基因組草圖，并利用它來分析了高原適應潛在的遺傳基礎。研究人員將其與牛、人類、小鼠、大鼠、黑猩猩、獼猴、馬和狗等其他的平原生活哺乳動物進行比較，發現藏羚羊基因組顯示適應性進化信號，與能量代謝和氧輸送相關的基因發生了基因家族擴增。沿著裝配藏羚羊基因組雜合SNPs的模式與大熊貓相似，表明了在過去數十年里人類狩獵導致藏羚羊種群遇到了瓶頸。

　　進一步，研究人員將藏羚羊基因組與美國高原鼠兔(pika)基因組進行比較，研究高原生活的潛在遺傳基礎。研究結果顯示，兩個物種與DNA修復和ATPase生成相關的基因顯示正選擇信號。與缺氧相關的基因似乎經歷了趨同進化。

　　新研究為我們提供了一份重要的藏羚羊基因組草圖，確定了與DNA修復、ATPase功能、血管發生和缺氧相關的正選擇機制，揭示了藏羚羊與鼠兔響應缺氧的基因平行/趨同進化。這些研究發現有可能為我們確定了物種適應惡劣高原環境的常見遺傳機制。

　　此外，在同日發表于《Nature Communications》雜志上的另一項新研究中，來自中科院昆明動物研究所的張亞平院士組、和北京基因組研究所的吳仲義研究小組的研究人員發現，人和狗的數組基因，其中包括與飲食和消化、神經學過程和疾病相關的基因，在數千年的時間里一直在平行進化。這種平行進化有可能是受到人類和狗共享環境的驅動。從而為我們書寫了關于狗的馴化故事的一個新章節。