NimbleGen大麥外顯子組捕獲快速定位多節矮稈突變基因
在農業生產中，性狀相關的基因定位對于科學育種十分重要，傳統的遺傳重組定位具有指導意義和實用價值，但傳統方法周期長、耗費大。隨著二代測序的發展，DNA測序速度大大加快、成本大大降低，使得通過測序法進行的基因定位（mapping-by-sequencing）成為越來越多動植物研究的主要手段。對合適的樣本群體，在完整的基因組參考序列的條件下，結合傳統集群分離分析(BSA)和二代測序方法，可以快速定位性狀相關基因。在短短幾天內，可通過數據運算界定出基因所在區域，進一步鎖定基因。這一方法已經在擬南芥、水稻、玉米、小鼠、斑馬魚等等的基因定位中得到了應用。通常這一應用的前提需要一個高質量、較完整的參考基因組序列，包括所有基因及其他基因組序列信息。然而，在農業中的許多重要作物，如大麥、小麥等等的基因組圖譜并不完整。最近德國科學家在Genome Biology上發表文章1，介紹了通過外顯子組二代測序方法定位一個影響大麥出葉速率(leaf init......閱讀全文
NimbleGen大麥外顯子組捕獲快速定位多節矮稈突變基因
在農業生產中，性狀相關的基因定位對于科學育種十分重要，傳統的遺傳重組定位具有指導意義和實用價值，但傳統方法周期長、耗費大。隨著二代測序的發展，DNA測序速度大大加快、成本大大降低，使得通過測序法進行的基因定位（mapping-by-sequencing）成為越來越多動植物研究的主要手段。對合適的樣本
羅氏NimbleGen綜合性癌癥基因捕獲進行全面癌癥突變檢測
個人化癌癥治療是癌癥治療的發展方向與研究熱點，相關的各種分子檢測方案的發展迅猛。美國一個癌癥中心開發了一個兩步法方案用于指導藥物選擇、選擇合適的患者參加藥物臨床實驗。 這兩步檢測法包括：第一步，對少量癌癥基因的突變熱點進行測序，這些基因通常有較為明確的針對性治療方案或者靶向藥物，此作為快速的初步篩
NimbleGenSeqCap用于加拿大一4000外顯子組測序項目
最近羅氏NimbleGen的SeqCap EZ Exome產品被加拿大多倫多一醫院基因組服務中心選中，用于一個癌癥生物標記物研究。該中心將開展一項4000個外顯子組測序項目，用于發現癌癥相關的生物標記物。 第一批購買的產品還包括一臺Caliper Sciclone NGS Work
序列捕獲之新品薈萃
2009年，基因組定向捕獲工具的出現，讓外顯子組的捕獲成為可能。科學家們普遍認為外顯子組測序比全基因組測序更有優勢，特別是對罕見的單基因疾病。不僅僅是費用更低，數據的闡釋也更為簡單。因此，外顯子組測序也在2010年被《Science》雜志評為年度十大突破。 數百篇已發表的文章，也證實了外顯
萬人藥物基因組研究項目采用羅氏NimbleGen序列捕獲技術
來自美國的藥物基因組研究專家將開展一個由一萬人參加的藥物基因組項目，將參加這個的醫療記錄與他們的基因組信息進行關聯，這些信息主要包括了84個與藥物應答相關的基因情況。 為了獲得與藥物治療相關的基因信息，研究人員將利用NimbleGen序列捕獲產品，從全基因組DNA中富集這些
精準醫療，全外顯子組測序立功啦
精準醫療計劃(Precision Medicine Initiative)是美國奧巴馬總統在2015年國情咨文演講中宣布的一項新的國家項目，并稱將為建立大量志愿者服用藥物的生理和基因資料、建立個人基因組與癌癥相關突變靶標、數據標準開發與保密等工作投資共計2.15億美元。 精準醫療無疑是醫療技術
孟德爾遺傳病可用基因的突變進行病因確認
? 孟德爾遺傳病是新生兒出生缺陷的重要原因之一.對于,這些疾病的診斷通常基于兒童的病癥、表型特點進行臨床判斷,同時通過細胞、分子檢測手段確認染色體水平的結構變異或基因水平的突變進行病因確認.傳統的細胞或分子診斷方法包括核型分析、芯片分析、目標基因的一代Sanger測序等,而隨著二代測序的發展,高
外顯子組測序在孟德爾遺傳疾病分子診斷中的應用
孟德爾遺傳病是新生兒出生缺陷的重要原因之一。對于，這些疾病的診斷通常基于兒童的病癥、表型特點進行臨床判斷，同時通過細胞、分子檢測手段確認染色體水平的結構變異或基因水平的突變進行病因確認。傳統的細胞或分子診斷方法包括核型分析、芯片分析、目標基因的一代Sanger測序等，而隨著二代測序的發展，高通量
外顯子組測序在孟德爾遺傳疾病分子診斷中的應用
孟德爾遺傳病是新生兒出生缺陷的重要原因之一。對于，這些疾病的診斷通常基于兒童的病癥、表型特點進行臨床判斷，同時通過細胞、分子檢測手段確認染色體水平的結構變異或基因水平的突變進行病因確認。傳統的細胞或分子診斷方法包括核型分析、芯片分析、目標基因的一代Sanger測序等，而隨著二代測序的發展，高通量測序
靶向捕獲測序應用于多基因遺傳病銀屑病的致病基因鑒...
靶向捕獲測序應用于多基因遺傳病銀屑病的致病基因鑒定銀屑病，俗稱干癬，是一種常見的具有特征性皮損的慢性易于復發的炎癥性皮膚病，被認為是是遺傳因素與環境因素等多種因素相互作用的多基因遺傳病。 在以往對多基因遺傳病的發病機理探索中，研究者們通過正常與疾病對照樣本的基于SNP芯片的全基因組GWAS實驗，尋找
靶向捕獲讓ctDNA無處遁形
循環腫瘤DNA（ctDNA）是一類具備廣泛應用前景的腫瘤標志物，可用于腫瘤發展及預后狀態的無創測定。現有的ctDNA檢測方法要根據每位癌癥患者的情況來制定繁瑣的檢測步驟，且敏感度低，難以適用于廣泛的臨床應用。近期在Nature Medicine上發表的一篇文章中1，研究人員介紹了一種全新的ctDNA
Nature公布大麥基因組圖譜
大麥是世界上最重要的糧食作物之一，17日Nature公布了目前為止最完善的大麥基因組測序圖譜。這項由美國農業部主導的大工程，在德國、日本、芬蘭、澳大利亞、英國、美國和中國科學家們的共同努力下，歷經六年終于取得了重大進展。大麥基因組圖譜將成為人們提高大麥產量、增強大麥抗蟲抗病能力、增加大麥營養價值
Science：外顯子組測序讓“生命密碼”解讀更容易
??????? 簡單來說，外顯子組就是遺傳代碼中蛋白質編碼的組分，占整個基因組的1%-2%。測序儀每跑一次僅能讀取一定數量的堿基，但通過測序外顯子組，研究人員能更快地生成更多的堿基。與全基因組相比，它也可以用更低的成本做出更好的分辨率。 位于荷蘭內梅亨的拉德伯德大學醫學中心轉譯基因組學教授 J
高通量測序技術的應用
測序技術推進科學研究的發展。隨著第二代測序技術的迅猛發展，科學界也開始越來越多地應用第二代測序技術來解決生物學問題。比如在基因組水平上對還沒有參考序列的物種進行重頭測序(de novosequencing)，獲得該物種的參考序列，為后續研究和分子育種奠定基礎；對有參考序列的物種，進行全基因組重測
外顯子捕獲與擴增
? ? ? ? ? ? 實驗材料 大腸桿菌菌株 HB101 質粒 pSPL3 COS-7 細胞 載體 pBluescriptⅡ 大腸桿菌 DH5α
高通量測序的技術應用的介紹
測序技術推進科學研究的發展。隨著第二代測序技術的迅猛發展，科學界也開始越來越多地應用第二代測序技術來解決生物學問題。比如在基因組水平上對還沒有參考序列的物種進行從頭測序（de novosequencing），獲得該物種的參考序列，為后續研究和分子育種奠定基礎；對有參考序列的物種，進行全基因組重測
關于高通量測序的技術應用介紹
測序技術推進科學研究的發展。隨著第二代測序技術的迅猛發展，科學界也開始越來越多地應用第二代測序技術來解決生物學問題。比如在基因組水平上對還沒有參考序列的物種進行從頭測序（de novo sequencing），獲得該物種的參考序列，為后續研究和分子育種奠定基礎；對有參考序列的物種，進行全基因組重
外顯子捕獲的操作步驟
(1)基因組DNA經“霰彈法”切成小片段后，克隆在位于“外顯子捕獲序列”下游的克隆位點上。(2)將這些重組載體匯總后感染反轉錄病毒的專宿包裝細胞系(ecotropicretroviral packaging cell line)——ψ2細胞系。ψ2細胞提供蛋白質產物使載體(自身不能合成病毒蛋白質)成
外顯子捕獲與擴增2
階段 3:mRNA 的提取材料緩沖液與溶液按合適比例稀釋貯存液。DEPC 處理水乙醇NaCl(5mol/L)酚酚：氯仿無二價陽離子的磷酸緩沖液（PBS)SDS(5%m/V)TMK 緩沖液10 mmol/LTris-HCl(pH7.5)10 mmol/LKCl1 mmol/LMgCl2Triton X
外顯子捕獲的操作步驟
(1)基因組DNA經“霰彈法”切成小片段后，克隆在位于“外顯子捕獲序列”下游的克隆位點上。(2)將這些重組載體匯總后感染反轉錄病毒的專宿包裝細胞系(ecotropicretroviral packaging cell line)——ψ2細胞系。ψ2細胞提供蛋白質產物使載體(自身不能合成病毒蛋白質)成
外顯子捕獲與擴增1
本方案以哺乳動物穿梭載體 pSPL3 為例，描述了外顯子擴增的方法，內容分為以下五個階段。階段 1: 文庫的構建; 階段 2: 電穿孔法將文庫轉染 COS-7 細胞; 階段 3:mRNA 的提取; 階段 4: 反轉錄 PCR; 階段 5: 克隆分析。本實驗來源于分子克隆實驗指南（第三版）上冊，作者：
外顯子捕獲與擴增（一）
實驗材料 大腸桿菌菌株 HB101 質粒 pSPL3COS-7 細胞載體 pBluescriptⅡ大腸桿菌 DH5α試劑、試劑盒 pSPL3 多克隆位點圖譜限制性內切核酸酶PvuⅡT4DNA 連接酶LB 瓊脂平板黏粒載體TESOC 培養基瓊脂糖凝膠LB 肉湯培養基PBS胰酶-EDTA 溶液D
外顯子捕獲與擴增（三）
凝膠瓊脂糖凝膠（1.5%m/V), 用 TBE 配制核酸與寡核苷酸寡核苷酸引物 [20 mmol/L,TE(pH8.0) 配制]分別提取自轉染有對照載體和重組載體的 COS-7 細胞的 RNA(階段 3)。培養基含 50ug/ml 氨芐青霉素的 LB 瓊脂平板專用設備自動微量加樣器所用的加樣器尖頭微
外顯子捕獲與擴增（二）
材料緩沖液與溶液按合適比例稀釋貯存液。無二價陽離子的磷酸緩沖液（PBS）酶及緩沖液胰酶-EDTA 溶液核酸與寡核苷酸DNA用于轉染的質粒 DNA 制備見本方案階段 1, 步驟 10~12。用作對照的質粒載體（步驟 3)培養基含 10% 熱滅活胎牛血清的 Dulbecco's modified
關于外顯子捕獲的簡介
外顯子捕獲(exon trapping) 是構建一種載體，從其插入片段中識別和回收外顯子序列，從而克隆目的基因。捕獲外顯子的載體pETV—SD是一種反轉錄病毒穿梭載體，即可在不同種生物中如大腸桿菌和酵母，細菌和哺乳動物細胞等進行復制的載體。因為凡是有內含子和外顯子的基因在轉錄后都要經過RNA剪接
Nature：ALS背后的遺傳改變
一項發表在《Nature》上的新研究進一步提供證據，說明細胞骨架通路的改變可能會刺激肌萎縮性脊髓側索硬化癥(ALS)。這項研究是由馬薩諸塞大學的研究人員領導的，他們利用外顯子組測序來尋找家族性ALS背后的遺傳改變。 肌萎縮性脊髓側索硬化癥又稱路格瑞氏癥(Lou Gehrig's dis
羅氏定制捕獲芯片用于白血病亞型分子標記發現
近期在新英格蘭雜志上發表的一篇文章1對這類白血病的分子機制進行的深入研究。作者對27例慢性中性粒細胞白血病以及非典型CML骨髓或血液樣本進行了部分基因定向高深度測序，分析基因突變的情況，發現一個基因CSF3R的突變在這個類群病人中尤其常見。 許多白血病的致病機制尚不清楚，其中慢性中性粒細胞
羅氏推出序列捕獲新產品
羅氏公司近日宣布推出多款SeqCap EZ Library目標富集新產品。SeqCap EZ Library這種方法可在新一代測序之前實現整個外顯子組或定制區域的富集。這些新產品旨在加強基礎和臨床研究中的遺傳變異發現和檢測，而出色的捕獲效率也能將測序費用降至最低。它們經過優化，適用于各種新一
新方法準確檢測Lynch綜合征相關突變
貝勒醫學院等機構的研究人員近日開發出一種更準確的方法，檢測PMS2基因中的突變。這個基因的突變與遺傳性非息肉結腸直腸癌（Lynch綜合征）和Turcot綜合征相關。研究結果在線發表于《the Journal of Molecular Diagnostics》上。 為了提高PMS2基因突變檢測的
新一代超高通量基因組測序系統－GS－FLX開創科研無限新...
新一代超高通量基因組測序系統 GS FLX開創科研無限新可能GS FLX系統是由羅氏454生命科學公司推出的目前應用最廣的超高通量基因組測序系統，研究人員利用高準確性、長讀長的GS FLX系統快速的獲得高質量的生物數據，取得科研突破性進展。自GS系統問世以來，于世界頂級雜志共發表250余篇高質量