三維基因組（HiC）技術解析
Hi-C (High-through chromosome conformation capture) 是以整個細胞核為研究對象，利用高通量測序技術，結合生物信息分析方法，研究全基因組范圍內整個染色質DNA在空間位置上的關系，獲得高分辨率的染色質調控元件相互作用圖譜。Hi-C可以與RNA-Seq、ChIP-Seq等數據進行聯合分析，從基因調控網絡和表觀遺傳網絡來闡述生物體性狀形成的相關機制。 圖1. 染色體三維結構圖 一、技術優勢 1、無需專門構建群體，單個樣本實現輔助基因組組裝； 2、精確率高，人類基因組錨定染色體精確率為98%，排序和定； 3、周期短，性價比高。 二、技術流程 1、用甲醛對細胞進行固定，使DNA與蛋白，蛋白與蛋白之間進行交聯； 2、進行酶切（如Hind III等限制性內切酶），使交聯兩側產生粘性末端； 3、末端修復，引入生物素標記，連接； 4......閱讀全文
三維基因組（HiC）技術解析
Hi-C (High-through chromosome conformation capture) 是以整個細胞核為研究對象，利用高通量測序技術，結合生物信息分析方法，研究全基因組范圍內整個染色質DNA在空間位置上的關系，獲得高分辨率的染色質調控元件相互作用圖譜。Hi-C可以與RNA-Seq
三維基因組（HiC）技術解析
Hi-C (High-through chromosome conformation capture) 是以整個細胞核為研究對象，利用高通量測序技術，結合生物信息分析方法，研究全基因組范圍內整個染色質DNA在空間位置上的關系，獲得高分辨率的染色質調控元件相互作用圖譜。Hi-C可以與RNA-Seq
三維基因組（HiC）技術解析
Hi-C (High-through chromosome conformation capture) 是以整個細胞核為研究對象，利用高通量測序技術，結合生物信息分析方法，研究全基因組范圍內整個染色質DNA在空間位置上的關系，獲得高分辨率的染色質調控元件相互作用圖譜。Hi-C可以與RNA-S
僅需10萬個細胞！“升級版”HiC技術，大大降低建庫門檻
作為遺傳物質的載體，染色體在細胞中并不是隨機分布的。近年來，越來越多的研究開始關注染色體的空間結構。大量證據表明，染色體構象與基因表達、DNA復制、DNA損傷修復以及基因組的穩定性密切相關。 Hi-C是近年發展起來的三維基因組學研究利器，由高通量測序技術（High-throughput seq
解析腫瘤HiC多組學研究策略
Hi-C (High-through chromosome conformation capture) 是以整個細胞核為研究對象，利用高通量測序技術，結合生物信息分析方法，研究全基因組范圍內整個染色質DNA在空間位置上的關系，獲得高分辨率的染色質調控元件相互作用圖譜。Hi-C可以與RNA-S
英國劍橋大學首次報道DNA真實3D結構
劍橋大學和醫學研究委員會劍橋分子生物學實驗室的研究人員通過單細胞基因組成像技術，將小鼠胚胎干細胞放大了10萬倍，得到了其不同部位DNA組合圖像。 運用單細胞Hi-C 技術（Single-cell Chromosome conformation capture），以整個細胞核為研究對象，利用高通
三次飛躍！半年攻克千個細胞HiC建庫大關！
降低建庫起始量一直都是安諾Hi-C產品的研發重點之一，2019年以來，安諾三維基因組學研發團隊披荊斬棘、堅持不懈，用半年的時間攻克了千個細胞Hi-C建庫大關，實現了降低Hi-C建庫起始量的三次飛躍，成功將Hi-C建庫起始量由500萬個細胞逐漸降低至1千個細胞，率先實現了微量細胞樣本Hi-C建庫的
北京基因組所單細胞中識別染色質類染色質拓撲的算法
基因組DNA和組蛋白以特定的形式高度折疊在細胞核中，這一高級結構即三維基因組學，對細胞核內的諸多生命活動至關重要。基于染色質構象捕獲（3C），尤其是高通量技術（Hi-C，ChIA-PET）的發展推動了三維基因組的研究，發現了包括染色質拓撲相關結構域（TAD），染色質環等一系列層次化的結構特征。近
擬南芥基因組加倍導致的三維染色質結構及基因表達調控
6月11日，《核酸研究》（Nucleic Acids Research）雜志在線發表了中國科學院分子植物科學卓越創新中心/植物生理生態研究所植物分子遺傳國家重點實驗室方玉達研究組題為The effects of Arabidopsis genome duplication on the chro
Nature子刊：癌癥基因組三維結構和拷貝數變異關系
來自北京大學生命科學學院，清華-北大生命科學聯合中心等處的研究人員發表了題為“3D genome of multiple myeloma reveals spatial genome disorganization associated with copy number variations”的
首個棉花纖維高清動態3D基因組結構圖譜建成
近日，華中農業大學棉花遺傳改良團隊首次構建了棉花纖維的高分辨率三維基因組結構圖譜，揭示了亞基因組協作調控異源四倍體棉花纖維發育的拓撲結構基礎，對棉花功能基因組研究具有重要推動作用。棉花纖維是純凈的植物單細胞類型，該研究為解析其他植物單細胞分化的轉錄調控機制提供了參考。相關研究成果在線發表于國際
Nature－Genetics：多種技術解析草莓基因組
近日，美國密歇根州立大學和加州大學戴維斯分校的研究人員組裝出近乎完整的栽培草莓基因組，并揭示了這種復雜的異源多倍體的起源和進化過程。 一轉眼又到了草莓上市的季節。這種小巧可愛的果實有著酸甜可口的味道，可搭配出各種各樣的美妙滋味。不過，對于草莓的基因組，你又了解多少？ 世界各地廣泛種植的鳳梨草
我國學者利用SMRT、HiC等技術破解大豆Gmax_ZH13基因組
大豆是重要的糧食經濟作物，為人類提供了主要的油料和蛋白資源。大豆起源于中國，古稱“菽”，約在5000年前由其野生種馴化而來，隨后廣泛傳播于世界各地。大豆在引種和改良過程中產生了遺傳瓶頸效應，使來自不同主產區的大豆品種間具有顯著的遺傳變異。目前，我們廣泛采用的大豆參考基因組來源于美國品種“Will
雜交豬單倍型分辨率三維基因組特征成功解析
我國是世界第一養豬大國，2023年出欄生豬7.27億頭，占全球總量54.89%。生豬在國計民生、糧食安全和社會穩定中具有重要地位和作用。篩選并鑒定影響豬重要經濟性狀的關鍵基因組變異，挖掘育種靶點，創新性運用到實際育種中，能有效加速優質高產豬新品種（系）的培育進程。因此，系統鑒定豬基因組中的調控元件并
研究開發出新型植物三維表型解析技術
近日，沈陽農業大學苗騰課題組研發出虛擬可變點云數據驅動的植物三維表型解析技術，相關成果發表在ISPRS Journal of Photogrammetry and Remote Sensing雜志上。 植物三維表型解析技術通過整合光學傳感器和人工智能技術方法，可高通量采集用于表征植物三維結構性
研究開發出新型植物三維表型解析技術
近日，沈陽農業大學苗騰課題組研發出虛擬可變點云數據驅動的植物三維表型解析技術，相關成果發表在ISPRS Journal of Photogrammetry and Remote Sensing雜志上。植物三維表型解析技術通過整合光學傳感器和人工智能技術方法，可高通量采集用于表征植物三維結構性狀的點云
超高分辨直接觀測基因表達的染色質時空調控
生命科學的一個基本問題是在個體發育中，單個細胞如何分化成各種類型的組織細胞。這個過程高度依賴于基因表達的精確時空調控，而這種細胞特異基因表達與染色質的調控密切相關。比如，不同的順式調控原件增強子能夠在不同細胞中選擇性地激活目標基因。每個基因經常由分布在千堿基(kb)甚至兆堿基(Mb)以外的多個增
高通量解析骨質疏松非編碼易感變異被揭示
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/2/517668.shtm西安交通大學生命科學與技術學院楊鐵林教授團隊開發了一個增強子調控網絡打分方法，鑒定了33個顯著富集的轉錄因子，并發現這些轉錄因子顯著富集到轉錄激活和骨代謝相關分子通路。近日該研究成果發
研究揭示擬南芥基因組加倍導致的三維染色質結構
6月11日，《核酸研究》（Nucleic Acids Research）雜志在線發表了中國科學院分子植物科學卓越創新中心/植物生理生態研究所植物分子遺傳國家重點實驗室方玉達研究組題為The effects of Arabidopsis genome duplication on the chro
基因組的三維結構
摘要： 闡明染色質復雜結構的技術有染色質構象捕獲(chromatin conformation capture, 3C)及更高通量的衍生技術4C、5C，這些提供了長距離的染色質相互作用，但不能擴展到整個染色質相互反應組。在2009年末，兩種新方法的迸發，有望繪出全基因組范圍的相互作用圖譜。
解析腫瘤HiC多組學研究策略，IF≥10+文章不是夢！
Hi-C (High-through chromosome conformation capture) 是以整個細胞核為研究對象，利用高通量測序技術，結合生物信息分析方法，研究全基因組范圍內整個染色質DNA在空間位置上的關系，獲得高分辨率的染色質調控元件相互作用圖譜。Hi-C可以與RNA-Se
兩篇Nature技術文章介紹基因組組織
【摘要】近期兩項最新的研究報道了染色體構象捕獲領域的技術進展，第一篇文章描述了一種高分辨率4C-seq 新型工作流程和計算通道，第二篇則報告一種新策略，能同時消除Hi-C數據中多個背景來源。 染色體構象捕獲（3C）技術正在改變我們對于基因組空間組織構架的理解。然而目前推測染色質相互作用，卻
Nature：哺乳動物著床前胚胎染色體三維結構重編程
2017年7月13日，清華大學-北京大學生命科學聯合中心頡偉研究組在《自然》雜志（Nature）上發表了題為《哺乳動物早期胚胎發育過程中染色體三維結構的親本特異重編程》（Allelic reprogramming of 3D chromatin architecture during earl
【技術解析】GPU如何實現三維渲染及非圖形計算？（二）
視圖（Viewport，或者視口）變換 現在的實時渲染場景中包含的對象（模型）可以有很多個，但是只有被攝像機（或者說觀察者，也即是設定的視角覆蓋）的區域才會被渲染。這個攝像機在世界空間里有一個用來擺放的位置和面向的方向。 為了實現接下來的投影、裁剪處理，攝像機和模型都需要進行視圖
【技術解析】GPU如何實現三維渲染及非圖形計算？（三）
通常和色彩一起存放于色彩緩存的阿爾法通道（Alpha Channel）包含了每個像素的相對不透明值，開發人員可以在進行深度測試之前對到來的片元先執行名為阿爾法測試（Alpha Test）的操作。如果片元的 alpha 值測試（一般是等于、大于等簡單的操作）為“假”，那么這個像
【技術解析】GPU如何實現三維渲染及非圖形計算？（一）
謎一樣的GPU 手機，現在已經是人手一部甚至兩部了，餐廳酒吧、地鐵巴士、馬路街邊隨處可見的低頭族大家早就見慣不怪，在飯桌上如果你發現沒有人低頭看手機的話反而會懷疑自己是不是到了外星球。 吸引人們對手機目不轉睛的自然是它顯示的內容， 相對于個人電腦剛剛問世時候只能呈現有限的文字以及低分
揭示基因“無用”序列穩定染色質三維結構及細胞穩態機制
人類基因組中的非編碼序列在多種生物學過程中發揮著至關重要的作用，如非編碼RNA、啟動子、增強子和轉座子等。作為在基因組中占比約98%的非編碼區域，仍有大量是功能未知的，這些曾被認為是基因組中“垃圾”的區域，已被逐漸證實存在重要功能。基因組的三維結構會影響基因的轉錄調控或其他細胞生命活動，然而，除
當下最流行的表觀遺傳研究檢測技術是什么？看看這里……
11月17日Cell雜志SnapShot專欄介紹了表觀遺傳研究的檢測方法，這四種方法包括：亞硫酸氫鈉測序法（bisulfite sequencing）、染色質免疫沉淀測序技術（chromatin immunoprecipiation sequencing）、開放染色質測定（determinati
秈粳稻耐高溫差異染色質三維結構機制被揭示
近日，中國農業科學院生物技術研究所谷曉峰團隊和合作者在BMC Biology上發表論文。該項研究首次揭示了秈稻和粳稻染色質三維空間結構在高溫脅迫下發生重組的動態變化，為深入研究水稻響應環境脅迫信號的表觀遺傳精準調控機制和設計改良提供了新途徑。 真核生物染色質三維空間結構在基因轉錄調控和控制多
Nature：重磅！揭示嗅覺系統識別一萬億種氣味之謎
人鼻子能夠區分一萬億種不同的氣味---這一非凡的壯舉需要鼻子中的1000萬個專門的神經元和400多個專用基因。但是，長期以來，科學家們并不清楚這些基因和神經元如何精確地齊心協力來發現特定的氣味。這在很大程度上是因為每個神經元內部的基因活性---在這1000萬個神經元中，每個神經元僅選擇激活這數百