PNAS最新介紹測序組裝染色體技術
你有沒有試過在不知道最終圖案的情況下玩拼圖游戲?這正是一些基因組研究人員在嘗試通過新一代DNA測序數據，拼接成染色體時所面臨的同樣問題。這些染色體能提供基因組組織和結構變異方面的信息，有助于解析進化歷史。為了能拼湊出這些染色體來，科學家們可以通過物理或者遺傳圖譜完成，但是對于許多物種而言，這種指導性的圖譜并不存在。 不過現在，一組來自美國伊利諾伊大學的研究人員開發出了一種新方法，能在沒有任何已有物理或遺傳圖譜的情況下，預測出物種染色體的相應組裝。這種方法被稱為輔助染色體組裝(reference-assisted chromosome assembly，RACA，生物通譯)，其工作原理就是比較基因組信息和雙末端序列信息。 “我們設計的這種方法靶向基因組，或者說是基因組保守性，嘗試將其進一步融入到進化背景中去，”文章的通訊作者，伊利諾斯大學生物工程系助理教授馬健(Jian Ma，音譯)解釋道，“這樣就能分析出......閱讀全文
科學團隊研究組裝無患子染色體級別高質量基因組
近日，中國林業科學研究院亞熱帶林業研究所林木種質資源研究團隊在《經濟作物和產品》（Industrial Crops & Products）上發表了研究論文。該研究組裝了無患子的染色體級別高質量基因組，分析挖掘了油脂合成候選基因，開發驗證了一套特異分子標記，為無患子基因組學研究和種質遺傳改良及鑒定評價
Cell：染色體水平油松基因組組裝和甲基化研究取得進展
近期，北京林業大學生物科學與技術學院聯合安諾優達在國際知名期刊Cell（IF：41.582）在線發表了題為“The Chinese pine genome and methylome unveil key features of conifer evolution”的研究文章，研究者對油松進行了
PacBio構建目前最高質量的植物基因組參考序列
來自中科院遺傳與發育生物學研究所，四川農業大學的研究人員發表了題為“Sequencing and de novo assembly of a near complete indica rice genome”的文章，對一個秈稻基因組蜀恢498（R498）進行PacBio單分子測序，結合遺傳圖譜和
簡述全基因組測序的技術路線
全基因組測序的技術路線：提取基因組DNA，然后隨機打斷，電泳回收所需長度的DNA片段（0.2~5Kb），加上接頭, 進行DNA簇（Cluster）制備，最后利用Paired-End（Solexa）或者Mate-Pair（SOLiD）的方法對插入片段進行測序。然后對測得的序列組裝成Contig，通
一個與人類癌癥等疾病相關的區域竟然被科學家忽視15年
15年前，科學家宣布，人類基因組圖譜繪制完成。但我很遺憾地告訴各位，這不是事實。 如果你曾被誤導，那是因為長期以來，很多科學家自身也忽視了人類DNA中最后幾個未組裝的區域，它們主要由看起來不像基因的短回文重復序列組成。 “這片巨大的空白仍然存在。”加州大學圣克魯茲分校的基因組研究員卡
Nature：借助第三代測序韓國發表最連續人類基因組
國立首爾大學醫學院的研究人員和美國被譽為“測序黑馬”的公司——10x Genomics聯合運用去年新發售的GemCodeTM測序平臺以及第三代測序PacBio單分子實時測序平臺在本期的Nature上發表了一項新的研究，對一名韓國人的基因組（AK1）進行從頭組裝和單倍體型定相信息分析。這是迄今為止
我國學者采用混合組裝策略和軟件技術大幅降低測序深度
近日，中國科學院昆明動物研究所張亞平院士和馬占山研究員領導的團隊發布了以“10x Genomics測序”輔助“三代測序”的混合組裝策略和軟件技術。研究人員采用美國加州大學Jain等人2018年發表在 Nature Biotechnology（doi: 10.1038/nbt.4060.）的人類基
中國科學家國際上首次完成仿刺參基因組測序組裝
近日，記者從中國科學院海洋研究所獲悉，我國科學家正式完成仿刺參基因組測序和組裝，這在國際上尚屬首次。該研究成果對刺參生物學和遺傳育種研究具有重要科學意義，對我國刺參產業發展將產生重要推動作用。 據了解，該項研究得到了國家科技部973 、863計劃，國家基金委，中國科學院和山東省科技廳、青島市
PacBio發布目前最連續的二倍體人類基因組組裝
圖片來源于網絡 Pacific Biosciences公司本周一宣布，它已經產生了到目前為止最連續的單個人二倍體人類基因組組裝，表示遺傳自父母雙方的46條染色體的DNA序列近乎完整。 此次使用的樣本來自一名波多黎各的女性，她參與了之前的群體遺傳學研究，如千人基因組計劃。基因組測序在PacBio的
我國科學家發布海帶高質量染色體水平參考基因組
近日，中國科學院海洋研究所海藻種質庫團隊在大型海藻基因組學研究方面取得重要突破，成功構建了海帶的高質量染色體水平參考基因組。該成果發表在國際期刊《科學數據》。這是該團隊在海洋經濟藻類基因組研究領域取得的又一重要成果，為海帶的遺傳改良和基因組學研究提供了關鍵資源。海帶孤雌生殖孢子體基因組組裝 海洋
科學家構建出目前最高質量的植物基因組參考序列
隨著PacBio單分子實時（SMRT）測序技術的發展，利用它已能夠獨立完成高質量基因組草圖的組裝。然而，這些草圖序列中仍然存在多種錯誤，比如序列中會包含有很多嵌合體（即不同位置的序列連接到了一起）或是組裝質量比較差的區域等，特別是重復序列區域有的沒有組裝出來，有的組裝出來多個序列，而且這些錯誤通
華大基因、中科院Nature子刊發表新成果
OpGen公司今日宣布，通過利用ARGUS? Whole Genome Mapping System技術結合新一代測序技術(NGS)，生成了首個家山羊(domestic goat)的高質量參考基因組。這一研究是由深圳華大基因研究院和中科院昆明動物研究所領導，相關成果發表在《自然生物技術》
華大發布“676”高精度基因組標準及解決方案
6月15日，在歐洲人類遺傳學大會(ESHG 2019)上，全球基因組學領導機構華大集團發布了基于華大智造自主測序技術DNBSEQTM和stFLR的“高清”組裝基因組解決方案及標準。在大會現場，華大集團高級副總裁、華大智造首席科學官Rade Drmanac博士向在場嘉賓闡述了華大定義“高清”基因組
我國科學家開發高質量基因組組裝軟件
11月25日，中國科學院遺傳與發育生物學研究所梁承志研究組開發的高質量基因組組裝軟件HERA在《自然-通訊》在線發表（Nature Communications，DOI：10.1038/s41467-019-13355-3）。論文題目為Assembly of chromosome-scale c
我國學者研究的高質量基因組組裝軟件在Nature子刊發表！
中國科學院遺傳與發育生物學研究所梁承志研究組開發的高質量基因組組裝軟件HERA在《自然-通訊》在線發表（Nature Communications，DOI:10.1038/s41467-019-13355-3）。論文題目為Assembly of chromosome-scale contigs
HiFi測序助力第一個完整的人類基因組序列
讀這篇文章，你無疑會感到有些似曾相識的感覺。畢竟，人類基因組參考在2000年、2001年和2003年都被宣布“完成”。 但是從那時起，任何使用過參考資料的科學家都知道，從來沒有一個完整的人類基因組測序。直到現在。 HiFi測序助力第一個完整的人類基因組序列 端粒到端粒(T2T)聯盟是一
青島農大等團隊完成海灣扇貝兩個亞種基因組測序和組裝
日前，青島農業大學在扇貝育種研究方面再次取得重要進展，海洋科學與工程學院教授王春德課題組與合作單位成功完成海灣扇貝北部亞種和南部亞種基因組測序和分析，相關研究成果在線發表于《自然》旗下開源期刊Scientific Data。 此前，王春德課題組已完成紫扇貝基因組測序和組裝，紫扇貝和海灣扇貝兩個
研究揭示染色體結構維持復合物Smc5/6的組裝及調控機制
6月18日，中國科學院上海免疫與感染研究所王嵐峰研究組聯合復旦大學陳振國課題組、美國紀念斯隆-凱特琳癌癥中心趙曉嵐課題組，在《自然-結構與分子生物學》（Nature Structural & Molecular Biology）上發表了題為Cryo-EM structures of Smc5/6 i
中科院科學家在染色體組裝新機制方面取得新進展
細胞核是真核細胞最為核心的結構。然而就在這個小小的結構中包含了一個細胞分裂、生長最為重要的遺傳物質--DNA。這些DNA是如何反復折疊，在形成高度聚集染色質的同時還能夠確保基因表達調控因子能夠與DNA進行正常的相互作用？這一問題一直都困擾著科學家。 最近，中科院生物物理所的周政課題組在國際期刊
一個高質量的黃連染色體規模的基因組組裝和注釋
黃連 (Coptis chinensis Franch.) 是毛茛科的一員，代表了一個重要的早期分叉雙子葉植物譜系，具有多種藥用價值。 2021年6月2日，湖北省食品藥品監督檢驗研究院聶晶，華中農業大學王學奎，中國中醫科學院陳士林及湖北中醫藥大學Liu Yifei（湖北中醫藥大學為第一單位）共
研究揭示染色體結構維持復合物Smc5/6的組裝及調控機制
6月18日，中國科學院上海免疫與感染研究所王嵐峰研究組聯合復旦大學陳振國課題組、美國紀念斯隆-凱特琳癌癥中心趙曉嵐課題組，在《自然-結構與分子生物學》（Nature Structural & Molecular Biology）上發表了題為Cryo-EM structures of Smc5/6
作物基因組學研究進展（二）
⑵小麥基因組研究小麥是全球最重要的糧食作物之一，小麥的穩產和增產對我國乃至全世界糧食安全的影響舉足輕重。近年來由于全球氣候變化、環境變化的影響，小麥生產面臨嚴峻的挑戰，對于小麥的育種和品種改良工作提出了新的要求。普通小麥（Ｔｒｉｔｉｃｕｍ ａｅｓｔｉｖｕｍ Ｌ．）是３個不同亞基因組形成的異源
無缺口組裝！水稻完整參考基因組發布
近日，中國農業科學院深圳農業基因組研究所聯合海南崖州灣實驗室、中國水稻研究所、中國農科院作物科學研究所和揚州大學等多個單位發布完整的水稻參考基因組，實現了全基因組所有染色體端粒到端粒無缺口組裝，為水稻育種研究提供了新的有力工具和重要大數據基礎。相關研究成果發表在《分子植物》（Molecular
我國科學家公布世界首個藏羚染色體水平高質量基因組
14日，記者從中國科學院西北高原生物研究所獲悉，該研究所張同作研究員聯合青海大學魏青副教授等團隊，成功組裝了藏羚染色體級別的基因組，首次獲得藏羚染色體水平的高質量基因組和注釋信息，為藏羚的適應進化遺傳機制、保護遺傳學研究及進一步探索物種遷徙行為的遺傳機制提供了重要基因組資源。相關結果發表在《自然》旗
PCR－組裝反應
試劑、試劑盒氯化鎂Rockstart 緩沖液three-reaction 主混合液瓊脂糖凝膠儀器、耗材PCR 儀PCR 管實驗步驟一、材料1. 緩沖液、溶液和試劑氯化鎂,35 mmol/LRockstart 緩沖液（http://klentaq.com)three-reaction 主混合液82ul
PCR－組裝反應
試劑、試劑盒 氯化鎂Rockstart 緩沖液three-reaction 主混合液瓊脂糖凝膠儀器、耗材 PCR 儀 PCR 管實驗步驟 一、材料1. 緩沖液、溶液和試劑氯化鎂,35 mmol/LRockstart 緩沖液（http://klentaq.com)three-reaction 主混合液
PCR－組裝反應
? ? ? ? ? ? 試劑、試劑盒 氯化鎂 Rockstart 緩沖液 three-reaction 主混合液 瓊脂糖凝膠 儀器、耗材
中醫科學院中藥所等完成菊花基因組測序
近日，中國中醫科學院中藥研究所和安利植物研發中心宣布，利用納米孔測序技術突破復雜基因組測序，該團隊在世界首次完成了菊屬植物菊花的全基因組測序，并完成了重要的藥用菊花品種——杭白菊的全長轉錄組遺傳信息發掘。相關研究成果和基因組數據已在中國中醫科學院中藥研究所官網及安利植物研發中心學術研究網站公布，
中國科學家開發出高質量基因組組裝軟件
高質量基因組序列對于研究一個物種基因組的結構、功能、進化、基因定位和克隆等都至關重要。目前單分子測序技術的發展，已使得構建高質量基因組草圖越來越容易。然而，這些草圖序列仍然存在著由于組裝序列碎片化而導致的多種錯誤，比如不完整的基因序列、排列到染色體上之后的片段遺漏、排列順序錯誤和方向錯誤等。這些
解析四倍體攸茶（Camellia－meiocarpa－Hu）單倍型基因組
在植物的奇妙世界里，油茶作為重要的木本食用油料植物，有著超 2300 年的栽培歷史，其用途廣泛，在全球糧食危機的大背景下愈發受到關注。攸茶（Camellia meiocarpa?Hu）是其中一員，它葉茂花大果豐，極具農業利用潛力。然而，四倍體攸茶的染色體水平基因組數據匱乏，且多倍體油茶物種高質量基因