上海藥物所蛋白質折疊計算模擬研究取得進展
在生物體系中，蛋白質通過折疊成特定的三維結構發揮功能。這種折疊過程可能受到不同因素的影響，如配體結合、聚合狀態等。充分理解蛋白質折疊過程對于藥物分子設計、蛋白質突變所導致致病機理的預測、深入了解細胞功能以及進化都至關重要。大規模計算機模擬有潛力從原子水平捕捉整個蛋白系統的動態過程，但是對于現在的計算條件而言，要達到生物相關的時間模擬尺度仍是一個非常大的挑戰。 近年來，馬爾科夫狀態模型（Markov State Model，MSM）方法在蛋白質折疊研究方面得到了廣泛應用。馬爾科夫模型方法的優勢在于它能夠從很多短的模擬中獲取長時動力學特征，可以不需要事先定義反應坐標，從而避免了對整個動力學性質的簡化或者偏差。中國科學院上海藥物研究所蔣華良課題組發展了基于統計分析的自適應取樣方法，通過把這些短的、局部有交叉的軌跡聯系起來，構建一個蛋白構象轉換的全局模型。該方法可以有效地提高所建模型的效率和精確度。與傳統方法相比，這種馬......閱讀全文
上海藥物所蛋白質折疊計算模擬研究取得進展
在生物體系中，蛋白質通過折疊成特定的三維結構發揮功能。這種折疊過程可能受到不同因素的影響，如配體結合、聚合狀態等。充分理解蛋白質折疊過程對于藥物分子設計、蛋白質突變所導致致病機理的預測、深入了解細胞功能以及進化都至關重要。大規模計算機模擬有潛力從原子水平捕捉整個蛋白系統的動態過程，但是
簡述突觸核蛋白錯誤折疊
研究發現α-突觸核蛋白正常、錯誤折疊及其寡聚化之間存在動態平衡，當這種平衡被打破后原纖維迅速聚集成大分子、不溶性的細纖維；α-突觸核蛋白在不同的影響因素下會表現出許多種形態，包括舒展態、溶解前球型態、α-螺旋態（膜結合），β-片層態、二聚體態、寡聚體態、以及不可溶的無定型態和纖維態；α-突觸核蛋
蛋白質折疊的過程
主要結構蛋白質的主要結構及其線性氨基酸序列決定了其天然構象。特定氨基酸殘基及其在多肽鏈中的位置是決定因素，蛋白質的某些部分緊密折疊在一起并形成其三維構象。氨基酸組成不如序列重要。然而，折疊的基本事實仍然是，每種蛋白質的氨基酸序列都包含指定天然結構和達到該狀態的途徑的信息。這并不是說幾乎相同的氨基酸序
什么是蛋白質折疊？
蛋白質折疊是物理過程，通過該蛋白鏈獲得其天然?的三維結構中，構象即通常生物功能，以迅速和可再現的方式。這是一個物理過程，多肽從一個隨機的線圈中折疊成其特征和功能性三維結構。當從mRNA序列翻譯成氨基酸的線性鏈時，每種蛋白質都以未折疊的多肽或無規卷曲的形式存在。該多肽缺乏任何穩定的（持久的）三維結構。
利用小分子極性光切割測定G四重折疊結構的構象
動物所利用小分子極性光切割footprinting測定G-四重折疊結構的構象 基因組中可以形成G-四重折疊結構的序列分布非常廣泛，這些結構對諸如癌基因表達的影響使得其成為藥物治療的可能靶點。研究生理條件下基因組雙鏈DNA中的G-四重折疊結構的結構對尋找和設計靶向藥物具有非常重要的指導意
蛋白質折疊的主要結構
蛋白質的主要結構及其線性氨基酸序列決定了其天然構象。特定氨基酸殘基及其在多肽鏈中的位置是決定因素，蛋白質的某些部分緊密折疊在一起并形成其三維構象。氨基酸組成不如序列重要。然而，折疊的基本事實仍然是，每種蛋白質的氨基酸序列都包含指定天然結構和達到該狀態的途徑的信息。這并不是說幾乎相同的氨基酸序列總是相
PNAS：藥物伴侶修正蛋白錯誤折疊
Oregon Health & Science大學的研究人員在小鼠中展示了一項革命性的新技術，該技術將有望治療蛋白錯誤折疊所引起的多種人類疾病，例如囊性纖維化、白內障和阿爾茨海默癥等。文章發表在美國國家科學院院刊PNAS雜志上。 基因突變會使蛋白分子發生錯誤折疊，這些蛋白仍然保有功能，
蛋白質在缺氧時折疊
蛋白質通常由成百上千個獨立的部分組成，即氨基酸。它們像鏈條上的鏈環一樣連接在一起。然而，蛋白質分子不能像長絲一樣來回擺動。因此，每一件作品在創作過程中都以自己獨特的方式折疊起來。對于從細胞外釋放或運輸到細胞內儲存的蛋白質，這種折疊發生在細胞的一個特定位置:內質網(ER)。這里，在蛋白質折疊過程中相互
PNAS：新探針量化細胞內折疊和錯誤折疊蛋白水平
美國Scripps研究所（TSRI）的科學家發明了一種小分子折疊探針，可在不同條件下量化細胞內正常折疊的功能性蛋白，以及疾病相關的錯誤折疊目的蛋白。 科學家們長期以來都需要更好的工具在細胞內進行這種測量，因為蛋白質錯誤折疊是組織損傷的一個主要原因。以過多蛋白錯誤折疊為特征的疾病，折磨著全球
簡述蛋白質折疊的生長模型
根據這種模型,肽鏈中的某一區域可以形成“折疊晶核”,以它們為核心,整個肽鏈繼續折疊進而獲得天然構象。所謂“晶核”實際上是由一些特殊的氨基酸殘基形成的類似于天然態相互作用的網絡結構,這些殘基間不是以非特異的疏水作用維系的,而是由特異的相互作用使這些殘基形成了緊密堆積。晶核的形成是折疊起始階段限速步
Cell：瓦解錯誤折疊蛋白的新武器
蛋白質發生錯誤折疊，導致變形的蛋白無法執行正常功能，是諸如肌萎縮側索硬化癥(ALS)、阿爾茨海默氏癥、帕金森病等腦病形成的關鍵。當前，還沒有辦法來逆轉蛋白質錯誤折疊 來自賓夕法尼亞大學Perelman醫學院的生物化學和生物物理學副教授James Shorter博士，現在找到了一種可能的
展望蛋白質折疊的未來前景
包涵體復性 ▲利用DNA重組技術可以將外源基因導入宿主細胞。但重組基因的表達產物往往形成無活性的、不溶解的包涵體。折疊機制的闡明對包涵體的復性會有重要幫助。 蛋白質 ▲DNA重組和多肽合成技術的發展使我們能夠按照自己的意愿設計較長的多肽鏈。但由于我們無法了解這一多肽將折疊為何種構象,從而無
關于蛋白質折疊的研究概況
在生物體內,生物信息的流動可以分為兩個部分：第一部分是存儲于DNA序列中的遺傳信息通過轉錄和翻譯傳入蛋白質的一級序列中,這是一維信息之間的傳遞,三聯子密碼介導了這一傳遞過程；第二部分是肽鏈經過疏水塌縮、空間盤曲、側鏈聚集等折疊過程形成蛋白質的天然構象,同時獲得生物活性,從而將生命信息表達出來；而
四半胱氨酸探測β折疊蛋白結構
（封面圖片：科學家發現四半胱氨酸單位可以作為β折疊蛋白的結構探測器使用。封面圖為FIAsH標記的大腸桿菌細胞熒光顯微圖，圖中的紫色部分為細胞視黃醇結合蛋白，半胱氨酸用黃色小球表示。） ? 監控蛋白會在各種復雜的環境中發生蛋白折疊，如細胞內部，而當存在結構敏感的光譜信號的時候，以上折疊過程就將
繪制蛋白折疊過渡狀態的能級圖譜
Rice大學物理學家最近獲得了一種研究蛋白折疊詳細過程的新途徑，可用于探測折疊過程需要多少能量，在蛋白折疊科學領域有廣泛的應用性。由于發現阿爾茨海莫氏癥、帕金森氏癥等疾病與蛋白的錯誤折疊有重要相關性，因此蛋白折疊科學在過去的十年中積累了大量數據。這一成果將刊登于最新一期《Physical Revie
關于蛋白質折疊的基本介紹
蛋白質折疊（Protein folding）是蛋白質獲得其功能性結構和構象的過程。通過這一物理過程,蛋白質從無規則卷曲折疊成特定的功能性三維結構。在從mRNA序列翻譯成線性的肽鏈時,蛋白質都是以去折疊多肽或無規則卷曲的形式存在。 結構決定功能,僅僅知道基因組序列并不能使我們充分了解蛋白質的功能
蛋白質的新生肽鏈的折疊
近年來，對蛋白質的新生肽鏈在體內的折疊研究已成為一個熱點，發現了許多幫助肽鏈折疊的蛋白質，其中有些有利于二硫鍵的交換和配對(二硫鍵異構酶)與脯氨酰參與的肽鍵的異構化(肽基脯氨酰異構酶)，還有一大類被稱為蛋白質伴侶。后者的主要特點是能和疏水性的肽段結合，一方面避免肽鏈因疏水作用而聚集，另一方面幫助新生
蛋白質折疊的細胞密碼破解
人們通常認為，疾病是由異物（細菌或病毒）入侵人體引起的，但影響人類的數百種疾病，其實是由細胞蛋白質生成錯誤引起的。美國馬薩諸塞大學阿默斯特分校領導的團隊最近利用尖端技術，破解了基于碳水化合物的代碼，該代碼控制某些蛋白質的正常形狀，而正常的蛋白質形狀才能使人體保持健康。研究發表在最新一期《分子細胞
蛋白質折疊的驅動力
折疊是一種自發過程，主要由疏水相互作用，分子內氫鍵的形成，范德華力引導，并且與構象熵相反。折疊的過程通常始于共翻譯，使N末端的蛋白質的開始而折疊C-末端的蛋白質的部分仍然被合成由核糖體; 但是，蛋白質分子在生物合成過程中或之后可能會自發折疊。這些大分子可能被視為“自身折疊”，其過程還取決于溶劑（水或
關于蛋白質折疊的意義介紹
蛋白質折疊機制的闡明將揭示生命體內的第二套遺傳密碼,這是它的理論意義。蛋白質折疊的研究,比較狹義的定義就是研究蛋白質特定三維空間結構形成的規律、穩定性和與其生物活性的關系。在概念上有熱力學的問題和動力學的問題；蛋白質在體外折疊和在細胞內折疊的問題；有理論研究和實驗研究的問題。這里最根本的科學問題
關于蛋白質折疊病的介紹
蛋白質分子的氨基酸序列不發生改變,只是其結構或者說構象有所改變也能引起疾病,稱為“構象病”,或稱“折疊病”。 瘋牛病由Prion蛋白質的感染引起,這種蛋白質也可以感染人而引起神經系統疾病。在正常機體中,Prion是正常神經活動所需要的蛋白質,而致病Prion與正常Prion的一級結構完全相同,
未正確折疊蛋白介導的細胞凋亡
在真核生物體內，為正確折疊蛋白反應(unfolded protein response，UPR)是細胞對抗內質網應激的一種重要的自我保護機制。當細胞中出現長時間或高強度的UPR時，三種內質網上的跨膜蛋白PERK、IREI、ATF6在發揮修復作用的同時，也可以同時啟動由ERS介導的三種細胞凋亡途徑。P
蛋白質三級機構（空間結構）預測－從頭預測法
H-P模型是基于三種簡化的，即蛋白質中各個氨基酸殘基的α碳原子都位于二維網格或三維網格的格點上，疏水作用是蛋白折疊中唯一的重要因素，同時通過計算疏水殘基接觸的數目代替構象的能量計算。雖然這樣的處理非常簡單，但是，通過H-P模型的計算分析，能夠發現蛋白質折疊的一些機制。如果在蛋白質模型中取消氨基酸定位
構象異構體的分子鏈構象
晶體中的高分子鏈構象晶體中的分子鏈構象有螺旋形構象、平面鋸齒形構象等。1、兩個原子或基團之間距離小于范德華半徑之和時，將產生排斥作用。2、分子鏈在晶體中的構象，取決于分子鏈上所帶基團的相互排斥或吸引作用的情況。3、有規立構高分子鏈在形成晶體時，在條件許可下總是盡量形成時能最低的構象形式。4、基本結構
包涵體蛋白溶解后的重折疊實驗
實驗步驟 一、常規操作方案 下面這個典型流程對許多蛋白質都有很好的效果。本 操 作 方 案 是 根 據 N g u y e n 等(1993)首先開發的方案改編而成，并用于冷泉港蛋白質純化與鑒定課程的不溶性重組蛋白純化部分（Bu
蛋白質折疊的分子伴侶的介紹
1978 年,Laskey 在進行組蛋白和DNA 在體外生理離子強度實驗時發現,必須要有一種細胞核內的酸性蛋白———核質素(nucleoplasmin) 存在時,二者才能組裝成核小體,否則就發生沉淀。據此Laskey 稱它為“分子伴侶”。分子伴侶是指能夠結合和穩定另外一種蛋白質的不穩定構象,并能
概述蛋白質復性的折疊機制
為了有的放矢地開發輔助蛋白質復性的技術，研究工作者紛紛開展了對蛋白質折疊機制的探討。有兩種不同的假設：一種假設認為，肽鏈中的局部肽段先形成一些構象單元，如α螺旋、β折疊、β轉角等二級結構，然后再由二級結構單元的組合、排列，形成蛋白質三級結構；另一種假設認為，首先是由肽鏈內部的疏水相互作用導致一個
包涵體蛋白溶解后的重折疊實驗
實驗步驟一、常規操作方案下面這個典型流程對許多蛋白質都有很好的效果。本 操 作 方 案 是 根 據 N g u y e n 等(1993)首先開發的方案改編而成，并用于冷泉港蛋白質純化與鑒定課程的不溶性重組蛋白純化部分（Burgess and K n u t h ， 1996)。其他類似的流程也可能
PNAS：揭開跨膜蛋白折疊的神秘面紗
最近，美國萊斯大學的科學家們，以研究球狀蛋白質的相同方法，成功地分析了跨膜蛋白折疊。 萊斯大學理論生物學家Peter Wolynes及其研究小組，應用他的能量全景圖理論（energy landscape theory）來預測很難觀察的蛋白質，因為它們主要在細胞膜內生存和起作用。他表示，該方法可
蛋白質折疊的框架模型的介紹
框架模型[4] 假設蛋白質的局部構象依賴于局部的氨基酸序列。在多肽鏈折疊過程的起始階段,先迅速形成不穩定的二級結構單元； 稱為“flickering cluster”,隨后這些二級結構靠近接觸,從而形成穩定的二級結構框架；最后,二級結構框架相互拼接,肽鏈逐漸緊縮,形成了蛋白質的三級結構。這個模型