蛋白質DIA檢測原理
數據非依賴性的掃描模式(Data-independent acquisition, DIA)是近幾年來發展的一種新的質譜數據采集方式。可以對特定質量范圍內的所有母離子進行碎裂，采集所有母離子的碎片離子信息進行蛋白定性和定量。目前流行的蛋白質組學研究手段，如iTRAQ\TMT、 Label-free、SILAC采用的都是數據依賴性的掃描模式(Data-dependent acquisition, DDA)。相對于DDA， DIA 具有更好的準確性和可重復性，是蛋白質組學研究的一大重要趨勢。 下圖為 DIA 定量技術原理圖：......閱讀全文
Proteome－and－Phosphoproteome－Quantification－by－DIA－on－Orbitrap－（一）
Overview1) Purpose: Data Independent Acquisition (DIA) has been applied for large-scale protein and PTM quantification on the Thermo Scientific ?
蛋白質DIA檢測原理
數據非依賴性的掃描模式(Data-independent acquisition, DIA)是近幾年來發展的一種新的質譜數據采集方式。可以對特定質量范圍內的所有母離子進行碎裂，采集所有母離子的碎片離子信息進行蛋白定性和定量。目前流行的蛋白質組學研究手段，如iTRAQ\TMT、 Label-fr
Proteome－and－Phosphoproteome－Quantification－by－DIA－on－Orbitrap－（二）
FIGURE 2. Comparison of DDA and DIA raw data. (A) Comparison of MS1 base peak chromatograms. (B) Comparison of zoomedin chromatograms. (C) Composi
強強聯合（脂質組+DIA），IF>10（一）
脂質組學技術?相比其他組學技術，脂質組學技術發展較晚，新穎性高，僅僅只是純數據分析也可以發表在不錯的期刊上。如果希望研究得更高深入，可以往下游脂質功能或者往上游的蛋白或基因出發研究脂代謝調控機制。DIA技術 新一代、革命性的蛋白質組技術DIA,相比傳統的蛋白質組技術（shotgun，Label fr
強強聯合（脂質組+DIA），IF>10（二）
5.聚類分析為了進一步識別人群隊列中潛在的相似代謝，基于KODAMA值進行partition around medoids clustering分析，鑒定到4個cluster(A,B,C,D)。比較有意思的是，不同cluster的PEs的發生具有顯著差異，分別是Cluster A：71%，Clust
數據非依賴采集DIA－解決方案（三）
?圖 9. 三步完成 DIA 方法編輯?典型 DIA 數據如圖 10 所示，從色譜圖上看 DIA 數據與傳統 Shotgun 數據沒有明顯區別，只是每個循環的二級譜圖數量固定，因此掃描點分布均勻。?圖 10. 典型的 DIA 數據?圖 11. 四步完成 msxDIA 方法編輯?2. msxDIAOr
數據非依賴采集DIA－解決方案（五）
九、相關產品Q Exactive 系列 Orbitrap 超高分辨質譜儀（Q Exactive、Q Exactive Plus 和 Q Exactive HF）?UltiMate ? 3000 RSLCnano 納升超高效液相色譜儀?Orbitrap Fusion“三合一”系列 Orbitrap 超
數據非依賴采集DIA－解決方案（一）
一、數據非依賴采集（DIA）隨著生命科學的快速發展，蛋白質組學的關注焦點和研究趨勢已經逐漸從定性轉向定量。定量蛋白質組學是對細胞、組織乃至完整生物體的蛋白質表達量及差異進行分析，對于生物過程機理的探索和臨床診斷標志物的發現與驗證具有重要意義。基于靜電場軌道阱 Orbitrap 的數據非依賴采集（Da
數據非依賴采集DIA－解決方案（二）
二、特點與優勢?數據非依賴采集（DIA）：? 采集所有離子及碎片譜圖，不丟失任何信息，重現性好；? 數據易于追溯，即使目前的水平無法發現某些蛋白/ 化合物，未來可以回溯；? 無需優化方法，對于易降解樣品可以即刻采集，獲得數據后再深入挖掘；? 基于碎片離子（即母子離子對）定量，選擇性好，與 SRM/M
數據非依賴采集DIA－解決方案（四）
Skyline 軟件Skyline 軟件是華盛頓大學 MacCoss 教授實驗室開發的目標蛋白質組學分析軟件（https://skyline.gs.washington.edu），是 DIA/SWATH 數據處理的權威工具，由于功能全面、性能強大而受到普遍認可，是目前使用最廣泛的 DIA/S
常見的質譜掃描模式丨DDA－－DIA
Data Dependent Acquisition DDA 1 之前已經提到，DDA可以同時獲得被測代謝物的一級質譜和碎片信息，母離子的篩選主要依靠研究者預先設定的條件，如信噪比，同位素分布，離子強度，選擇top-n等等。該方法由于采用了較窄的m/z（通常為~1Da）窗口進行篩選目標離子減
Nature介紹2015值得關注的質譜技術：DIA策略
2014年末，《Nature Methods》雜志將年度技術授予了激光層照熒光顯微技術（Light-sheet fluorescence microscopy）。同時，雜志也介紹了2015年值得關注的技術，包括非編碼RNA、新一代CRISPR、DIA質譜以及微小晶體的結構等。 傳統的
Thermo－Fisher－Scientific和Biognosys推出非相關數據采集（DIA）
分析測試百科網訊 在2017年6月4日-8日舉行的ASMS 2017上，世界科學服務領先供應商賽默飛世爾科技公司宣布與下一代蛋白質組學領導者Biognosys AG達成共同營銷協議，為數據庫的創建和數據處理研究，通過組合使用Orbitrap質譜儀和Spectronaut Pulsar軟件，為非相
定量蛋白數>1000個！血液樣本DIA技術“質”的提升
傳統的蛋白質組技術，如iTRAQ、TMT或者label-free等，采用的是DDA（data-dependent acquisition，數據依賴采集）數據采集方式，其策略是對響應最高的部分母離子進行二級采集。而新一代的蛋白質組學技術DIA（Data Independent Acquisitio
布魯克發布PaSER重磅更新，強大新算法支持diaPASEF
布魯克PaSER? 2022軟件加入TIMS DIA-NN模塊，具有處理dia-PASEF?數據的能力 創新的TIMScore算法支持dda-PASEF數據和dia-PASEF庫，與TIMS DIA-NN相結合，僅需35分鐘梯度即可從200ng K562裂解液中鑒定約9000種蛋白質組 TI
SCIEX發布全新數據非依賴性采集技術—Zeno－SWATH－DIA
弗雷明翰市，美國馬薩諸塞州——作為生命科學分析技術創新者，SCIEX在2022年美國質譜年會(ASMS) 期間正式發布Zeno??SWATH??數據非依賴性采集(Zeno SWATH DIA)技術，標志著其在生物標志物發現及轉化應用中又向前邁進了重要一步。 Zeno SWATH DIA實現了高保真
最新高分文章套路－|－強強聯合（脂質組+DIA），IF>10
脂質組學技術 相比其他組學技術，脂質組學技術發展較晚，新穎性高，僅僅只是純數據分析也可以發表在不錯的期刊上。如果希望研究得更高深入，可以往下游脂質功能或者往上游的蛋白或基因出發研究脂代謝調控機制。 【純組學數據分析發文】 PNAS | 脂質組學揭示病毒感染引起的脂代謝異常及
最新高分文章套路－|－強強聯合（脂質組+DIA），IF>10
脂質組學技術 相比其他組學技術，脂質組學技術發展較晚，新穎性高，僅僅只是純數據分析也可以發表在不錯的期刊上。如果希望研究得更高深入，可以往下游脂質功能或者往上游的蛋白或基因出發研究脂代謝調控機制。 【純組學數據分析發文】 PNAS | 脂質組學揭示病毒感染引起的脂代謝異常及
一小時DDA鑒定DIA定量4000個Hela蛋白（一）
引言數據非依賴性的掃描模式（data-independent acquisition, DIA）是近幾年來發展的一種新的質譜數據采集方式[1]。它的理念是用二級碎片離子進行蛋白相對/絕對定量。 DIA 掃描模式中，超高分辨質譜對特定質量范圍內的所有母離子進行碎裂，采集所有母離子的碎片離子，并
一小時DDA鑒定DIA定量4000個Hela蛋白（二）
Skyline 中嵌入的 mProphet 軟件會根據同一肽段的多個子離子峰的 feature 進行打分。 Feature 包括子離子共流出峰形、保留時間偏差、 dotp 值、信噪比等。為了區分假陽性的子離子峰， mProphet 可以建立 decoy 庫，也可以將打分排名第二的肽段作為decoy，
一小時－DDA－鑒定－DIA－定量－4000－個－Hela－蛋白（一）
引言數據非依賴性的掃描模式（data-independent acquisition, DIA）是近幾年來發展的一種新的質譜數據采集方式[1]。它的理念是用二級碎片離子進行蛋白相對/絕對定量。DIA 掃描模式中，超高分辨質譜對特定質量范圍內的所有母離子進行碎裂，采集所有母離子的碎片離子，并快
一小時－DDA－鑒定－DIA－定量－4000－個－Hela－蛋白（二）
500 ng Hela 細胞裂解液用相同的色譜柱，相同的色譜梯度，將 QE HF 切換至 DIA 掃描模式進行 3 次 DIA 數據采集。在一次掃描循環中，目標母離子質核比范圍 400–1000，四極桿的隔離窗口為 12 Da，包含 50 次 MS/MS 掃描。每一張 MS/MS 譜圖中
DIA年會：以病患為中心新藥研發與審評有哪些現實與挑戰
5月22日，DIA開幕式上，沈陽藥科大學藥品監管科學研究所所長、禮來亞洲基金風險合伙人蘇嶺作為大會論壇主持人，他的開場白相當特別。他向參會的嘉賓展示著一個精美的手繪瓶，只見手繪瓶上畫著一個微笑的女孩享受著陽光和美好的生活，而這一手繪出自一位多發性成骨不全的罕見病患者。 “這個世界上有很多和他一
Orbitrap－Exploris－480－DIA短梯度鑒定酒精性肝病生物標志物
以患者和/或家屬回憶和口述的飲酒史作為兩種疾病鑒別的主要依據, 得非常不可靠和牽強 非酒精性脂肪性肝病 (nonalcoholic fatty liver disease, NAFLD) 診斷要點 無飲酒史或飲酒折合乙醇量男性每周2有助于診斷； 肝臟B超或CT檢查有典型表現； 排除嗜肝
動態顆粒成像技術創新獎－島津iSpect－DIA10申報ANTOP獎
面朝大海，春暖花開，希望如期而至的不止春天，還有疫情過后平平安安的你! 如今，2020 ANTOP獎申報窗口已全面開啟，多家科學儀器企業競相參與申報，這里將為您介紹ANTOP獎項“打榜”產品。島津動態圖像分析系統 iSpect DIA-10 DIA-10動態顆粒圖像分析儀可用于顆粒形狀，粒度以
DIA蛋白質組檢測補體系統異常與精神疾病的關系
Less is more：DIA技術，2table+1figure，得一篇12分的Molecular Psychiatry文章Nature旗下的Molecular Psychiatry（IF=11.64）是精神疾病領域的top期刊。在19年1月發表了一篇題為“Complement pathway
DIA蛋白質組檢測補體系統異常與精神疾病的關系
Less is more：DIA技術，2table+1figure，得一篇12分的Molecular Psychiatry文章 Nature旗下的Molecular Psychiatry（IF=11.64）是精神疾病領域的top期刊。 在19年1月發表了一篇題為“Complement
創新數據非依賴性采集用于復雜基質目標蛋白質...（二）
肽段納流液相分離的出峰時間一般在30 s 以上,因此在合適的循環時間內,3 種DIA 方法可以根據樣本復雜程度靈活調節質量范圍、分辨率、選擇窗口等參數,達到最佳分析效果。例如,分析分子量較大的肽段時,質量范圍可以調整為m / z 400 ~1200 或更寬。??圖1 基于Q-qIT-OT 的
創新數據非依賴性采集用于復雜基質目標蛋白質...（三）
對10 條肽段的分析結果匯總(表1),結果表明,3 種DIA 方法在fg ~ pg 數量級肽段范圍內均顯示出良好的線性、重現性和靈敏度。3 種方法的最低定量限均達到amol 級,其中肽段GEEMEEMVQSAR在DIA 中最低定量限達14 amol,超越了常規SRM 和PRM 的定量水平。比
定量蛋白質組學質譜采集技術進展（三）
然而PRM 的分析通量不如SRM。PRM 能同時監測最多10 ~15 個母離子,而SRM 能同時監測上百個離子對,因為高分辨質譜的有效掃描速度通常只有10 ~15 Hz,遠慢于SRM 的有效掃描速度。但是這一問題正逐步得到解決,多重累積(Multiplexing, MSX)技術的發展和使用有