著名學者朱健康Cell子刊表觀遺傳研究新文章
來自中國科學院上海生命科學研究院和普渡大學的研究人員證實，甲基化CpG結合蛋白MBD7促進DNA主動去甲基化，限制了DNA高度甲基化以及轉錄水平的基因沉默。這一重要的研究發現發表在2月12日的《分子細胞》（Molecular cell）雜志上。 任職于中科院上海生命科學研究院和普渡大學的朱健康（Jian-Kang Zhu）教授是這篇論文的通訊作者。朱教授是植物抗逆生物學領域世界級領軍人物之一，其及其領導的實驗室在植物抗旱、抗鹽與耐低溫方面的研究碩果累累，在國內外享有聲譽。是首批“千人計劃”入選者，現為美國普渡大學生物化學系和園藝及園林系杰出教授，2010年當選為美國國家科學院院士。DNA甲基化是在植物和哺乳動物中最主要的表觀遺傳修飾之一，主要發生在CpG二核苷酸序列，大約70-80%的CpG發生這種甲基化修飾。 作為基因組自然發生的共價修飾之一，DNA甲基化是植物和哺乳動物正常生長發育所必需的，它廣泛參與轉錄抑制、轉座子......閱讀全文
生化與細胞所揭示組蛋白H3K4甲基化抑制轉錄的新機制
真核生物染色質的組蛋白末端會發生多種的化學修飾（包括乙酰化和甲基化修飾等），這是真核生物細胞隨環境變化而改變基因表達譜式的重要調控方式。之前的研究發現，組蛋白H3K4甲基化分布于基因的啟動子區，對基因轉錄主要起正調控作用。然而，有研究表明H3K4甲基化對某些基因表達起到抑制作用，其
單細胞測序新技術：同時分析轉錄組和甲基化組
單細胞轉錄組和甲基化組分析已經成為了單細胞研究的強大工具。然而，在單細胞中揭示DNA甲基化與基因表達的直接關聯還比較困難。這是因為細胞之間存在較大的差異，又不能同時檢測一個細胞的轉錄組和甲基化組。加州大學范國平教授和同濟大學薛志剛教授領導團隊解決了這個問題。他們在Genome Biology雜志上發
研究揭示RNA甲基化調控Rloop形成及轉錄終止機制
R-loop是一種由RNA：DNA雜合鏈和單鏈DNA組成的特殊核酸結構，在原核和真核生物的基因組中分布廣泛且普遍存在。R-loop在很多關鍵的生物學過程中發揮重要功能，包括染色質修飾、轉錄調控、DNA損傷修復以及基因組穩定性等，但其如何被精確調控的機制尚不清楚。m6A修飾作為信使RNA上豐度最高
組蛋白甲基化修飾研究再獲突破
日前，復旦大學徐彥輝課題組在組蛋白甲基化修飾研究領域獲得新進展，相關成果發布在《分子細胞》上，該項研究得到了國家自然科學基金面上項目的資助。 組蛋白甲基化修飾是一種非常重要的表觀遺傳修飾，參與調節異染色質形成、X染色體失活、基因印記及DNA的損傷修復等多種生命過程。關于組蛋白去甲基化酶的研究是
基因組所等RNA甲基化表觀轉錄組學研究獲進展
2014年1月，中國科學院北京基因組研究所基因組變異與精準生物醫學實驗室“百人計劃”研究員楊運桂研究組，與中國科學院動物研究所“百人計劃”研究員劉峰研究組合作開展的“m6A甲基轉移酶復合物鑒定”研究，發現了WTAP(wilms'tumour 1-associating protein)
研究人員揭示超級增強子動態甲基化調控轉錄異質性
CpG DNA甲基化早在70年代就被提出是一種用來控制基因表達的DNA化學修飾，而我們對DNA甲基化在基因組不同區域的具體功能，在疾病、發育過程中所扮演的具體角色，以及控制基因表達的詳細機理，直到今天并沒有全面詳細的認知。 2019年8月15日，美國Whitehead研究所Rudolf Jae
甲基化與lncRNA：表觀遺傳學與轉錄組學研究的完美結合
2017年國自然申請的熱點什么？circRNA，lncRNA，外泌體。除了這些大家耳熟能詳的香饃饃之外，現在很多小伙伴們開始了新的玩法，通過多平臺聯用，將不同層面的東西結合起來，比如，表觀遺傳與非編碼RNA的結合，就是一個很好的例證。 研究背景 肺癌是一種常見的惡性腫瘤，特別在中國，
甲基化與lncRNA：表觀遺傳學與轉錄組學研究的完美結合
2017年國自然申請的熱點什么？circRNA，lncRNA，外泌體。除了這些大家耳熟能詳的香饃饃之外，現在很多小伙伴們開始了新的玩法，通過多平臺聯用，將不同層面的東西結合起來，比如，表觀遺傳與非編碼RNA的結合，就是一個很好的例證。研究背景肺癌是一種常見的惡性腫瘤，特別在中國，由于環境的污染，肺癌
利用ssDRIPseqRNA揭示甲基化調控Rloop形成及轉錄終止機制
R-loop是一種由RNA:DNA雜合鏈和單鏈DNA組成的特殊核酸結構，在原核和真核生物的基因組中分布廣泛且普遍存在。R-loop在很多關鍵的生物學過程中發揮重要功能，包括染色質修飾、轉錄調控、DNA損傷修復以及基因組穩定性等，但其如何被精確調控的機制尚不清楚。m6A修飾作為信使RNA上豐度最高
能控制轉錄終止的蛋白質ρ因子
能控制轉錄終止的蛋白質ρ因子(ρ factor)是一種與轉錄終止相關的蛋白質。1969年,Roberts J在T4噬菌體感染的大腸桿菌中發現了能控制轉錄終止的蛋白質,命名為ρ因子。ρ因子是由相同亞基組成的六聚體蛋白質,亞基分子量為46kD? 。ρ因子能結合RNA,又以對poly C的結合能力最強?
轉錄因子和調節蛋白是包含關系嗎
調節蛋白是個很大的概念,其調節對象可以包括DNA、RNA以及蛋白質,而轉錄因子特指對基因轉錄水平進行調節的蛋白質,從這一角度上說,”調節蛋白“概念涵蓋轉錄因子。調節蛋白還包括:各種修飾蛋白(例如對DNA進行甲基化乙酰化修飾的蛋白、蛋白磷酸化甲基化蛋白),RNA剪接蛋白、蛋白輔助蛋白(分子伴侶)等等。
玉米轉錄因子和籽粒重要轉錄因子互作協同調控醇溶蛋白
玉米（Zea mays）原產于墨西哥和中美洲地區，是一種由古印第安人（Indians）在數千年前利用野生墨西哥類蜀黍（Euchlaenamexicana）（現存在于墨西哥和尼加拉瓜）雜交而來的品種。但是，作為一類重要的糧食作物，天然玉米籽粒在其營養價值上卻有著重要的缺陷。根據已有的文獻報道，玉米籽粒
玉米轉錄因子ZmMADS47和籽粒轉錄因子Opaque2－調控醇溶蛋白
玉米（Zea mays）原產于墨西哥和中美洲地區，是一種由古印第安人（Indians）在數千年前利用野生墨西哥類蜀黍（Euchlaenamexicana）（現存在于墨西哥和尼加拉瓜）雜交而來的品種。但是，作為一類重要的糧食作物，天然玉米籽粒在其營養價值上卻有著重要的缺陷。根據已有
組蛋白修飾與DNA甲基化之間的關系
在引起基因沉默的過程中，沉默信號(DNA甲基化、組蛋白修飾、染色質重新裝配)是如何進行的?誰先誰后?這是一個“雞和蛋”的問題，目前仍處于研究階段，還沒有定論。研究發現DNA甲基化和組蛋白乙酰化是一個相互促進、加強的過程，如許多HDAC可以和DNMTl、3a、3b相互作用；而甲基化CpG結合蛋白—
Hopx甲基化通過激活SNAIL轉錄而促進鼻咽癌細胞的遷移－一
《Nature Communications》甲基化研究揭示鼻咽癌治療新靶點研究背景在中國華南地區，鼻咽癌有較高的發病率。目前，鼻咽癌病人的治療方案主要取決于病人的TNM分期。但是，約30%的鼻咽癌病人雖然處于相同的TNM分期，采用相同的治療方案，其結果也不盡相同。表觀層面的改變對于腫瘤起始和發展，
Hopx甲基化通過激活SNAIL轉錄而促進鼻咽癌細胞的遷移－二
4、HOPX抑制鼻咽癌細胞的EMT過程在N2-Tert,，NP69 和SH cells敲低HOPX后，細胞形態發生顯著變化。SUNE1細胞系中過表達HOPX后，檢測發現ECADHERIN顯著上調。5、鼻咽癌細胞中HOPX抑制SNAIL轉錄由于EMT-TFs在EMT過程中起著重要的角色，研究者檢測了H
mRNA－顯示蛋白的純化和逆轉錄實驗
實驗材料mRNA 顯示蛋白翻譯反應產物試劑、試劑盒Oligo 纖維素Oligo（dT）結合緩沖液Oligo 洗滌緩沖液Ni-NTA 瓊脂糖NI-NTA 結合緩沖液Ni-NTA 洗脫緩沖液鮭精 DNABSADNA splintSuperscript Ⅱ 逆轉錄酶緩沖液DTT脫氧核苷三磷酸Supersc
mRNA－顯示蛋白的純化和逆轉錄實驗
? ? ? ? ? ? 實驗材料 mRNA 顯示蛋白翻譯反應產物 試劑、試劑盒 Oligo 纖維素 Oligo（dT）結合緩沖液
mRNA－顯示蛋白的純化和逆轉錄實驗
實驗材料 mRNA 顯示蛋白翻譯反應產物試劑、試劑盒 Oligo 纖維素Oligo（dT）結合緩沖液Oligo 洗滌緩沖液Ni-NTA 瓊脂糖NI-NTA 結合緩沖液Ni-NTA 洗脫緩沖液鮭精 DNABSADNA splintSuperscript Ⅱ 逆轉錄酶緩沖液DTT脫氧核苷三磷酸S
信號轉導及轉錄激活蛋白的功能
中文名稱信號轉導及轉錄激活蛋白英文名稱signal transducer and activator of transcription;STAT定 義一組含有SH2和/或SH3功能域，具有信號轉導和轉錄因子作用的DNA結合蛋白。其SH2域可與細胞因子受體的磷酸化酪氨酸結合，隨后其本身被JAK酪氨酸
啟動子與轉錄因子/基因表達調控蛋白
目的基因的表達調控生命活動豐富多彩、千變萬化。但是萬變不離其宗，不管如何變化都圍繞著中心法則展開。核酸作為遺傳物質指導蛋白質的表達，表達產生的一些特殊蛋白（如轉錄因子、調控蛋白）反過來又對DNA指導合成蛋白質的過程進行調控。對基因表達調控的研究一直是生物學研究熱點，涉及到生命活動的各個過程，也是各類
關于基因轉錄的蛋白質的分類介紹
真核生物在轉錄時往往需要多種蛋白質因子的協助。一種蛋白質是不是轉錄機構的一部分往往是通過體外系統看它是否是轉錄起始所必須的。一般可將這些轉錄所需的蛋白質分為三大類： (1)RNA聚合酶的亞基，它們是轉錄必須的，但并不對某一啟動子有特異性。 (2)某些轉錄因子能與RNA聚合酶結合形成起始復合物
蛋白質DNA相互作用的甲基化和尿嘧啶干擾分析法—甲基化
實驗方法原理在甲基化干擾實驗中，探針通過將鳥嘌呤N-7及腺嘌呤N-3位用硫酸二甲酯 (DMS)進行甲基化而產生。這些甲基化的堿基可被哌啶特異性切割。實驗材料含有蛋白質結合位點的DNA片段試劑、試劑盒TE 緩沖液 pH 7.5 ?8.0硫酸二甲酯（DMS)DMS反應緩沖液DMS終止緩沖液10 mg m
兩篇PNAS：蛋白納米孔檢測DNA甲基化
兩個獨立的研究團隊利用通道蛋白實現納米孔測序，成功鑒別了5-甲基胞嘧啶和5-羥甲基胞嘧啶。這兩篇文章發表在同一期的美國國家科學院院刊PNAS雜志上。 基因組所蘊含的編碼信息，包括DNA序列和核苷酸修飾兩個部分。其中，動態的DNA甲基化模式，是基因表達的重要調控者，與細胞分化、胚胎發育和癌癥
關于組蛋白修飾的形式介紹
在哺乳動物基因組中，組蛋白則可以有很多修飾形式.。一個核小體由兩個H2A，兩個H2B，兩個H3，兩個H4組成的八聚體和147bp纏繞在外面的DNA組成. 組成核小體的組蛋白的核心部分狀態大致是均一的，游離在外的N-端則可以受到各種各樣的修飾，包括組蛋白末端的乙酰化，甲基化，磷酸化，泛素化，ADP
甲基化的甲基化的功能
甲基化是蛋白質和核酸的一種重要的修飾，調節基因的表達和關閉，與癌癥、衰老、老年癡呆等許多疾病密切相關，是表觀遺傳學的重要研究內容之一。 最常見的甲基化修飾有DNA甲基化和組蛋白甲基化。DNA甲基化能關閉某些基因的活性，去甲基化則誘導了基因的重新活化和表達。DNA甲基化能引起染色質結構、DNA構象、D
信號轉導及轉錄激活蛋白的功能介紹
中文名稱信號轉導及轉錄激活蛋白英文名稱signal transducer and activator of transcription;STAT定 義一組含有SH2和/或SH3功能域，具有信號轉導和轉錄因子作用的DNA結合蛋白。其SH2域可與細胞因子受體的磷酸化酪氨酸結合，隨后其本身被JAK酪氨酸
信號轉導及轉錄激活蛋白的功能特點
中文名稱信號轉導及轉錄激活蛋白英文名稱signal transducer and activator of transcription;STAT定 義一組含有SH2和/或SH3功能域，具有信號轉導和轉錄因子作用的DNA結合蛋白。其SH2域可與細胞因子受體的磷酸化酪氨酸結合，隨后其本身被JAK酪氨酸
抑制細菌轉錄終止檢測技術篩選RNA結合蛋白實驗
實驗方法原理 一種通過篩選重組 cDNA 文庫研究多肽與 RNA 相互作用的細菌抗轉錄終止檢測系統。實驗材料 N-表達質粒E.coil N567 感受態細菌試劑、試劑盒 儲存液緩沖液儀器、耗材 蛋白胨培養基蛋白胨平板N-表達質粒組合文庫培養板實驗步驟 ―、材料與設備1. 通過比較 β-半乳糖苷酶表達
抑制細菌轉錄終止檢測技術篩選RNA結合蛋白實驗
? ? ? ? ? ? 實驗方法原理 一種通過篩選重組 cDNA 文庫研究多肽與 RNA 相互作用的細菌抗轉錄終止檢測系統。 實驗材料 N-表達質粒 E.coi