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單細胞基因組學和宏基因組學是開創性的技術，可幫助研究人員評估環境微生物群落的結構和功能。現在應用這些技術的項目越來越多，但是，仍缺乏一種高通量過程來檢查所組裝的基因組序列，從而阻礙了這些技術的廣泛應用。目前，去除已上傳到公共數據庫的微生物基因組中的污染序列，還是一個手動和耗時的過程，為了去除污染序列，就需要有關它們的信息。 為了解決這個障礙，來自美國能源部聯合基因組研究所（DOE JGI）原核生物超級項目（Prokaryotic Super Program）的一個研究團隊，首次開發了一種計算機程序，可快速、自動地去除基因組草圖中的污染序列。他們開發的這種工具稱為ProDeGe (Protocol for Decontamination of Genomes)，發表在六月九日的Nature旗下子刊《The ISME Journal》。 該研究小組表示，ProDeGe適用于任何類型的基因組序列，在這項研究中，研究人員使用18......閱讀全文
摘要：農作物基因組學研究的發展，對于有效利用現代分子生物學手段進行物種的遺傳改良發揮了重要作用。隨著測序技術的發展，已經實現對重要農作物，如水稻、小麥、玉米、大豆、油菜、棉花、蔬菜等作物基因組的測序或重測序，在此基礎上完成對控制重要農藝性狀基因的克隆和鑒定。本文綜述了２０１７年度主要農作物基因組
實驗概要植物生物學研究數據庫實驗步驟http://bioinf.scri.sari.ac.uk/cgi-bin/plant_snorna/home 英國 Top 植物種的snoRNA基因數據庫。 綜合 http://bioinformatics.psb.ugent.be/webt
宏基因組學技術(Metagenomic approaches)正快速拓寬我們對微生物代謝能力(microbial metabolic potential)的認識。 長期以來，對微生物(microorganism)功能開展的研究主要依賴的都是以在實驗室里培養的單一物種(individua
NCBI站點地圖---其他基因組數據介紹：1、 小鼠基因組 1) 小鼠基因組資源向導 ：把從各個中心來的各種小鼠相關的資源整合在一起，包括序列，圖譜，和克隆信息以及指向小鼠種系和突變資源的指針。 2) 小鼠基因組測序：小鼠基因組計劃的測序進展，HTG序列contigs（可以用大小和染色體號來瀏覽）由
⑵小麥基因組研究小麥是全球最重要的糧食作物之一，小麥的穩產和增產對我國乃至全世界糧食安全的影響舉足輕重。近年來由于全球氣候變化、環境變化的影響，小麥生產面臨嚴峻的挑戰，對于小麥的育種和品種改良工作提出了新的要求。普通小麥（Ｔｒｉｔｉｃｕｍ ａｅｓｔｉｖｕｍ Ｌ．）是３個不同亞基因組形成的異源
近日，牡蠣基因組計劃（Oyster Genome Project，OGP）項目組宣布，歷時兩年的牡蠣基因組序列圖譜終于繪制完成。這是世界上第一張養殖貝類的全基因組序列圖譜，標志著基于短序列的高雜合度基因組拼接和組裝技術獲得了重大突破。據悉，目前的基因組圖譜已達到國際領先的基因組圖
6 基因組信息6.1 數據庫6.1.1 Entrez GenomeEntrez Genome數據庫收錄了850多種微生物、3100多種病毒以及1600多種真核生物細胞器的完整基因組數據以及將近50種動物、綠色植物和真菌的700多條染色體信息，總共收錄有6200多條序列，其中有882條是去年新增的序列
GenBank數據庫功能為一、提交獲取的基因序列；二、查找已知基因的序列生物學特性信息，例如編碼區，科學命名等。那么Genebank ID 和Gene cluster ID又是什么呢？ GenBank數據庫起源 GenBank數據庫是1982年由美國國立生物技術信息中心(NCBI)建
高通量測序(High-throughput sequencing)，又稱“下一代”測序(Next-generation sequencing)，是近年來在測序技術發展史中具有革命性改變的新突破，能一次并行對幾十萬到幾百萬條DNA分子同時測序，因此能對物種的轉錄組和基因組進行比以往較細致全貌的
相關專題隨著ncbi 數據庫各種資源的涌現，NCBI已經成為科研工作者必不可少的資料查找，數據分析的工具。那么NCBI數據如何使用，新手入門一步一步教你認識和使用NCBI數據庫。一 綜合數據庫NCBI數據庫集美國國立生物技術信息中心(National Center for Biotechnology
基因組數據共享將生物醫學研究推向快車道，但向公共領域發布的現有數據指南一方面承認免費和無條件使用數據的重要性，另一方面還未能解決這種重要性與數據生產者首次發布數據的“權利”之間的關系。 在美國能源部聯合基因組研究所負責人Nikos Kyrpides看來，這種自相矛盾導致了數據生產者和數據使用
25年前，人類基因組計劃啟動了，時至今日，它所提供的經驗仍舊指引著由它開啟的，以團隊協作為基礎的科學研究。 1989年，人類基因組計劃啟動前，紐約冷泉港實驗室舉行的的班伯里會議。弗朗西斯·柯林斯與詹姆斯·沃森位于前排。 25年前，新落成的美國國家人類基因組研究中心（即現在的國立人類基因組研
絨毛狀煙草和林煙草全基因組序列圖譜已經由中國煙草完成。這是全球第一套煙草全基因組序列圖譜，也是繼馬鈴薯和番茄基因組之后全球完成的第三種茄科植物全基因組序列圖譜。該絨毛狀煙草和林煙草全基因組序列圖譜是目前已知植物基因組序列圖譜中基因組最大、組裝精度最高、組裝結果最好的2個圖譜。絨毛
為了推動基因組研究在臨床中的應用，多個國家層面的大規模研究項目已經開啟。2014年英國發起了10萬人基因組計劃，美國和中國也宣布了百萬人基因組數據相關計劃。許多區域性的大數據計劃也在進行中。例如，賓夕法尼亞州的蓋辛格健康系統（GeisingerHealth System）和紐約的再生元制藥公司合
6月19日0—24時，31個省（自治區、直轄市）和新疆生產建設兵團報告新增確診病例27例，其中境外輸入病例4例（廣東3例，上海1例），本土病例23例（北京22例，河北1例）；無新增死亡病例；新增疑似病例4例，均為本土病例（均在北京）。 6月19日0時至24時，北京新增報告本地確診病例22例、
隨著疫情進入攻堅階段，基于實時熒光RT-PCR法的核酸檢測技術在新冠病毒快速鑒定及確診中發揮了重要作用。然而，若要對新冠病毒來源、變異進化及致病機理等進行研究，需獲取完整的病毒基因組信息，這離不開高通量測序和病毒序列組裝。 為全面深入地揭示新冠病毒的相關特性，華大智造可為新型冠狀病毒高通量
北京時間2018年3月31日晚間，北京希望組生物科技有限公司（以下簡稱“希望組”）在南京舉行的第五屆NGS創新開發者大會，與北京基云惠康科技有限公司（以下簡稱“基云惠康”）共同宣布啟動“個人參考基因組服務計劃（Personal Reference Genome Service Project）”
在過去的幾年中，許多生物的基因組完成了測序工作，如何對如此龐大的原始序列信息進行分析和應用，正是現在最為棘手的問題。大量的基因預測軟件和在線工具應運而生。如何廣泛而深入地了解并能有的放矢地利用這些工具，已經成為21世紀分子生物學家的必修課。隨著大規模EST和cDNA序列信息的獲取，那些基于表達序列同
新一代非基于“桑格技術”的基因測序法以空前的快速測序速度問世了，它為人類帶來了重大的科學成果和先進的生物學應用軟件。然而，要研發出新一代基因測序法，必須克服30年來以桑格技術為基礎的慣性思維。 1977年，Fred Sanger 和Alan R. Coulson發表了兩篇關于快速測序技
單細胞基因組學和宏基因組學是開創性的技術，可幫助研究人員評估環境微生物群落的結構和功能。現在應用這些技術的項目越來越多，但是，仍缺乏一種高通量過程來檢查所組裝的基因組序列，從而阻礙了這些技術的廣泛應用。目前，去除已上傳到公共數據庫的微生物基因組中的污染序列，還是一個手動和耗時的過程，為了去除污染
據中國疾病預防控制中心網站消息，6月18日晚，中國疾病預防控制中心通過“新型冠狀病毒國家科技資源服務系統”正式發布2020年6月北京新發地新冠疫情及病毒基因組序列數據。三條數據來自北京市確診病例基因組序列數據(NMDC60013902-01、NMDC60013903-02)以及環境樣本基因組序
1月22日，國家基因組科學數據中心正式發布2019新型冠狀病毒資源庫。該庫整合了世界衛生組織（WHO）、中國疾病預防控制中心（CDC）、美國國家生物技術信息中心（NCBI）、全球流感序列數據庫（GISAID）等機構公開發布的冠狀病毒基因組序列數據、元信息、學術文獻、新聞動態、科普文章。同時，對不
1月22日，國家基因組科學數據中心正式發布2019新型冠狀病毒資源庫。該庫整合了世界衛生組織（WHO）、中國疾病預防控制中心（CDC）、美國國家生物技術信息中心（NCBI）、全球流感序列數據庫（GISAID）等機構公開發布的冠狀病毒基因組序列數據、元信息、學術文獻、新聞動態、科普文章。同時，對不
這張來自德國餐館的照片幫助科學家確定了最終的罪魁禍首。 5月中旬，一場突如其來的疫情襲擊德國。5月22日，德國首次通告世界衛生組織，本國感染腸出血性大腸桿菌的患者人數激增;5月25日，來自德國漢堡-埃普多夫大學醫學中心臨床部的裝有純化病菌DNA的小試管被運抵中國深圳華大基因
常用生物軟件（windows)全面介紹一、基因芯片1、基因芯片綜合分析軟件。 ArrayVision 7.0 一種功能強大的商業版基因芯片分析軟件，不僅可以進行圖像分析，還可以進行數據處理，方便protocol的管理功能強大，商業版正式版：6900美元。 Arraypro 4.0
“我們的3000份綠色超級稻基因組原始測序數據，覆蓋了全球25萬份種質基因全部遺傳變異的95％。這份核心數據，將正式通過阿里云平臺，向全球免費開放。”9月15日，中國農業科學院、阿里云計算有限公司、華智水稻生物技術有限公司、北京聚道科技有限公司在長沙共同啟動“云之稻項目”，中國農科院農作物基因資
1月23日，國際學術期刊《自然-通訊》（Nature Communications）在線發表了中國科學院北京生命科學研究院計算基因組學實驗室趙方慶團隊題為MetaSort untangles metagenome assembly by reducing microbial community
基因測序服務市場增速快，預計2016年超過測序儀器市場。據Markets&Markets預測，2014-2020年上游市場中測序儀的復合增長率是15.4%。中游測序服務市場重資產、技術附加值低，將是產業鏈中增速最快的，據BCC Research預測2011-2016年復合增長率為29%。
2.1.2 短片段作圖軟件Maq和Bowtie（見表16）都屬于上述提及的程序。它們使用的是一種稱作“建立索引（indexing）”的策略。同時，人們也對大量的DNA序列建立了一份索引，借助這份索引就能快速地找到其中的短DNA片段了。Maq軟件是基于一種直接的但是很有效的策略——空位種子片段索引法（
第二軍醫大學細胞生物學教研室；上海200433 何志穎；姚玉成（綜述）；胡以平（審校）關鍵詞：EST技術；“電子”基因克隆；生物信息學；基因摘要： 隨著人類基因組計劃的順利進行，EST技術被廣泛應用于基因識別、繪制基因表達圖譜、尋找新基因等研究領域。利用人類基因組研究不斷產生的數據，從ES