研究人員開發環形RNA定量和剪接體轉換識別新方法
2020年1月3日，中國科學院北京生命科學研究院趙方慶團隊在《自然-通訊》（Nature Communications）雜志上發表題為Accurate quantification of circular RNAs identifies extensive circular isoform switching events 的文章。該研究開發了環形RNA定量和差異表達分析的新方法——CIRIquant。與常用的環形RNA分析軟件相比，CIRIquant可以更準確對環形RNA轉錄本進行識別和定量，并為環形RNA的差異表達分析提供了便捷的一站式分析工具。 環形RNA是一類在真核生物中廣泛存在的具有特殊環狀結構的非編碼RNA分子。已有文獻表明，在生物體內，環形RNA有著miRNA海綿、RBP海綿以及翻譯短肽等多項功能，在許多生物學過程中發揮著重要作用。目前研究表明，大部分環形RNA來源于蛋白編碼基因的外顯子區域。在pre-mRN......閱讀全文
研究人員開發環形RNA定量和剪接體轉換識別新方法
2020年1月3日，中國科學院北京生命科學研究院趙方慶團隊在《自然-通訊》（Nature Communications）雜志上發表題為Accurate quantification of circular RNAs identifies extensive circular isoform sw
趙方慶團隊開發環形RNA定量和差異表達分析新方法
2020年1月3日，中國科學院北京生命科學研究院趙方慶團隊在《自然-通訊》（Nature Communications）雜志上發表題為Accurate quantification of circular RNAs identifies extensive circular isoform sw
北京生科院提出環形RNA識別的新方法
環形RNA是一類新報道的結構特殊的非編碼RNA。近兩年的研究發現，環形RNA在動物細胞內廣泛存在，且大多位于基因的外顯子區域。另有研究表明，少數環形RNA分子可以充當microRNA“海綿”，在轉錄后水平對基因表達進行調控。然而，目前絕大多數的環形RNA功能仍不明確，科學家們推測其可能與蛋白質及
北京生科院提出環形RNA全長轉錄本重建和定量新方法
國際學術期刊Genome Medicine 在線發表了中國科學院北京生命科學研究院計算基因組學實驗室趙方慶團隊題為Reconstruction of full-length circular RNAs enables isoform-level quantification 的最新研究成果。該研
趙方慶團隊提出環形RNA轉錄本重建和定量新方法
在以往的研究中，環形RNA的識別方法主要是利用環形RNA特有結構——反向剪接序列特征進行識別。然而，由于二代測序的讀長普遍較短，研究者們雖然可以獲得大量的反向剪接位點，卻無法高通量獲得環形RNA的完整內部結構信息，也無法對不同可變剪接產物進行精確定量。 2018年1月19日，Genome Me
我國學者成功挖掘和識別哺乳動物環形RNA功能
2019年3月19日，國際學術期刊Cell Reports 在線發表了中國科學院北京生命科學研究院計算基因組學實驗室趙方慶團隊題為“Expanded expression landscape and prioritization of circular RNAs in mammals”的最新研究
北京生科院發表環形非編碼RNA識別新技術
2月28日，國際學術期刊Briefings in Bioinformatics 發表了中國科學院北京生命科學研究院趙方慶團隊題為Circular RNA identification based on multiple seed matching 的最新研究成果。因為目前在環形RNA識別方面存
環形RNA與線性RNA定量比較分析新系統CLEAR發布
1月15日，國際學術期刊Genomics,Proteomics & Bioinformatics在線發表了中國科學院－德國馬普計算生物學伙伴研究所楊力研究組關于環形RNA研究的最新進展“CIRCexplorer3: A CLEAR Pipeline for Direct Comparison o
研究人員開發出新方法預測神經信號轉換準確率達90％
據每日科學網報道，美國南加州大學研究人員開發出一種可準確預測神經信號的新方法，并藉此開發出一種大腦修復器，幫助人們修復受損的記憶。 當大腦接收感官信息的時候，會以復雜的電信號創建一個記憶，這種電信號能夠穿越大腦記憶中心海馬區的多個區域。在每一個區域信號都會重新編碼，直到到達最終的區域，并以完全
生科院提出環形RNA內部序列結構可視化新方法
1月18日，中國科學院北京生命科學研究院趙方慶團隊于Bioinformatics 雜志上在線刊發了題為Visualization of circular RNAs and their internal splicing events from transcriptomic data 的研究。該研
長讀長－讀序列
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2021/3/454746.shtm ? ?趙方慶（左二）與團隊成員（左一侯玲玲、右二張金陽、右一左振強）查看測序數據情況。課題組供圖 實際上，核糖核酸（RNA）不總是“一條線”，這種遺傳信息載體
環形RNA獲新研究進展
9月18日，國際著名學術期刊《細胞》在線發表了中科院上海生命科學研究院計算生物學伙伴研究所楊力課題組和生物化學與細胞生物學研究所陳玲玲課題組關于環形RNA研究的最新進展。該研究成果首次闡明了互補序列對外顯子來源環形RNA產生的調節機制，并進一步揭示了互補序列競爭性配對介導的可變環化調控，以全新的
DNA和RNA定量利器：Qubit－4
新一代測序（NGS）實驗中，我們需要將精確量的DNA文庫分子上樣到測序儀中。如果測序運行時的文庫分子過多或過少，都會使數據質量受損。這不僅浪費寶貴的樣本和試劑，也浪費我們和儀器的時間。對于芯片分析（Microarray）和實時定量PCR（qPCR）而言，精確測定樣本中的DNA或RNA也是必需的。以往
研究人員揭示鋅指抗病毒蛋白ZAP識別RNA的分子機制
2020年1月7日，Cell Reports 雜志在線發表了中國科學院生物物理研究所高璞課題組與高光俠課題組合作的研究論文“Molecular Mechanism of RNA Recognition by Zinc-finger Antiviral protein”。該研究工作解析了鋅指抗病毒
前剪接體和剪接體的分離及分析實驗
? ? ? ? ? ? 實驗方法原理 剪接體是由 RNA 和蛋白質構成的核糖核蛋白體（RNP)，它在前體 mRNA 的剪接過程中可去除前體 mRNA 的內含子。snRNP 是由 snRNA 及其結合蛋白組成，在前體 mRNA 的剪接過程起著重要作用。
前剪接體和剪接體的分離及分析實驗
剪接體是由 RNA 和蛋白質構成的核糖核蛋白體（RNP)，它在前體 mRNA 的剪接過程中可去除前體 mRNA 的內含子。snRNP 是由 snRNA 及其結合蛋白組成，在前體 mRNA 的剪接過程起著重要作用。本實驗來源「RNA 實驗指導手冊」主編：鄭曉飛。實驗方法原理剪接體是由 RNA 和蛋白質
前剪接體和剪接體的分離及分析實驗
實驗方法原理 剪接體是由 RNA 和蛋白質構成的核糖核蛋白體（RNP)，它在前體 mRNA 的剪接過程中可去除前體 mRNA 的內含子。snRNP 是由 snRNA 及其結合蛋白組成，在前體 mRNA 的剪接過程起著重要作用。實驗材料 PIP 10 載體核苷酸焦磷酸酶RNasinT7 RNA 聚合酶
RNA的定量和完整性分析
RNA的完整性可以通過瓊脂糖變性電泳分析檢測,而含量則通過紫外分光光度計確定。常見的變性電泳有甲醛變性電泳，戊二醛變性電泳等。甲醛變性電泳檢測RNA完整性一、材料、試劑和儀器1 材料: 植物總RNA 5-10μg2 試劑:1）加樣運載緩沖液（Loading buffer），50% 甘油，1mmol/
我國科學家發現環形RNA新功能
基因“暗物質”間接參與免疫調節 人類基因“暗物質”環形RNA (核糖核酸)又被“發掘”一項新功能。中科院生物化學與細胞生物學研究所與中科院—馬普計算生物學研究所科研人員，合作研究發現了環形RNA及其生成調控過程參與抗病毒免疫反應，為環形RNA的功能和抗病毒免疫相關研究提供了新視角。日前，相關成
環形RNA可變反向剪接和可變剪接表達圖譜被系統繪制
6月30日，國際學術期刊Genome Research 在線發表了中國科學院上海生命科學研究院計算生物學研究所楊力研究組和生物化學與細胞生物學研究所陳玲玲研究組關于環形RNA研究的最新進展：Diverse alternative back-splicing and alternative spl
特定小RNA半衰期可迅速轉換
神經細胞小RNA半衰期可迅速轉換 小核糖核酸（miRNAs，又稱小RNA）通常被認為具有很長的半衰期。然而，瑞士科學家日前發現，在小鼠的視網膜中，為了響應黑暗與光亮的影響，特定miRNA的水平能夠迅速作出改變——這應該歸因于高速的衰減與轉錄。此外，他們指出，高轉變率可能是許多神經細
研究人員開發出能自動識別轉移癌細胞的深度學習算法
亥姆霍茨慕尼黑中心2019年12月12日消息：該研究中心與慕尼黑大學、慕尼黑工大合作開發了一款不僅能自動識別擴散的癌細胞，而且還能找到分散在小鼠全身單個癌細胞的算法。 癌癥是全球最常見的死亡原因，但90%以上的癌癥病人不是死于癌細胞擴散而非原發性腫瘤。由于生物發光法、MRI成像法等目前的技術分
研究人員開發定量蛋白質組學數據的下游分析工具
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/9/507985.shtm
重磅－|－3篇Nature背靠背發表，科學家發現新型的致癌機制
在所有真核細胞中，基因表達分三步進行，分別由RNA聚合酶(RNA polymerase)、剪接體(Spliceosome)、和核糖體(Ribosome)執行。首先，儲存在遺傳物質DNA序列中的遺傳信息必須通過RNA聚合酶的作用轉變成前體信使RNA (precursor messenger RNA
Genome－Biol：開發出有望識別致癌病原體的新方法
近日，一項刊登在國際雜志Genome Biology上的研究報告中，來自東英吉利亞大學等機構的科學家們通過研究開發了一種新方法來尋找與癌癥相關的細菌和病毒。 圖片來源：CC0 Public Domain 如今研究人員已經發現，某些感染與癌癥發生直接相關，比如胃癌和宮頸癌等；這項研究
加研究人員開發出拉曼光譜無損檢測袋內血液新方法
分析測試百科網訊 加拿大科學家開發出一種新的方法來監測供血的生物化學變化，而不破壞儲血袋。這項技術最終可能會成為輸血質量控制檢驗的一部分。 衛生工作人員不經常在輸血之前檢驗血液，因為打開無菌儲存袋取樣很容易導致污染。 研究表明，血液在儲存過程中會發生變化。通常規定未使用的血液在6周后要丟棄。
新型工具有望加速抗體識別和疫苗開發研究
近日，一項刊登在國際雜志Cell上的研究報告中，來自范德堡大學的科學家們通過研究開發了一種新工具或有望加速抗體疫苗的研究；這種名為“LIBRA-seq”的工具或有望讓抗體發現和疫苗開發研究領域迅速擴大。 圖片來源：Cell, Volume 179, Issue 7, P1636-1646.E1
北京生科院提出環形RNA全長轉錄本解析技術
4月12日，中國科學院北京生命科學研究院趙方慶團隊在《自然-實驗手冊》（Nature Protocols）上，發表了題為Full-length circular RNA profiling by nanopore sequencing with CIRI-long的研究論文，建立了環形RNA全長
科研家提出環形RNA全長轉錄本解析技術
近日，中國科學院北京生命科學研究院趙方慶團隊在《自然-實驗手冊》（Nature Protocols）上，發表了題為Full-length circular RNA profiling by nanopore sequencing with CIRI-long的研究論文，建立了環形RNA全長轉錄本解析
催化活化酵母剪接體的結構揭示了分枝機理
在1977年，Phillip Sharp和Richard Roberts倆個研究組獨立發現了剪切這一過程，緊接著，1979年， Steitz研究組發現五種稱為U1，U2，U4，U5和U6 snRNA的富含尿苷的小核RNA（snRNA）和7種12-35kDa的蛋白質（snRNPs）。之后，