趙方慶團隊提出環形RNA轉錄本重建和定量新方法
在以往的研究中，環形RNA的識別方法主要是利用環形RNA特有結構——反向剪接序列特征進行識別。然而，由于二代測序的讀長普遍較短，研究者們雖然可以獲得大量的反向剪接位點，卻無法高通量獲得環形RNA的完整內部結構信息，也無法對不同可變剪接產物進行精確定量。 2018年1月19日，Genome Medicine 在線發表了中國科學院北京生命科學研究院計算基因組學實驗室趙方慶團隊題為Reconstruction of full-length circular RNAs enables isoform-level quantification的最新研究成果。該研究提出全新的環形轉錄本重構與定量的方法 (CIRI-full)，通過環形轉錄本測序中的反向重疊區特征獲得全長序列，既有效解決了環形轉錄本內部結構的重構難題，也為環形轉錄本中不同剪切產物的定量提供了新思路。 為了解決圍繞環狀RNA識別的問題，趙方慶團隊首先提出一個新的環形RN......閱讀全文
北京生科院提出環形RNA全長轉錄本重建和定量新方法
國際學術期刊Genome Medicine 在線發表了中國科學院北京生命科學研究院計算基因組學實驗室趙方慶團隊題為Reconstruction of full-length circular RNAs enables isoform-level quantification 的最新研究成果。該研
趙方慶團隊提出環形RNA轉錄本重建和定量新方法
在以往的研究中，環形RNA的識別方法主要是利用環形RNA特有結構——反向剪接序列特征進行識別。然而，由于二代測序的讀長普遍較短，研究者們雖然可以獲得大量的反向剪接位點，卻無法高通量獲得環形RNA的完整內部結構信息，也無法對不同可變剪接產物進行精確定量。 2018年1月19日，Genome Me
北京生科院提出環形RNA全長轉錄本解析技術
4月12日，中國科學院北京生命科學研究院趙方慶團隊在《自然-實驗手冊》（Nature Protocols）上，發表了題為Full-length circular RNA profiling by nanopore sequencing with CIRI-long的研究論文，建立了環形RNA全長
科研家提出環形RNA全長轉錄本解析技術
近日，中國科學院北京生命科學研究院趙方慶團隊在《自然-實驗手冊》（Nature Protocols）上，發表了題為Full-length circular RNA profiling by nanopore sequencing with CIRI-long的研究論文，建立了環形RNA全長轉錄本解析
RNA－反轉錄
?實驗材料 poly(A)+RNA反轉錄酶鼠源反轉酶 或禽源反轉錄酶試劑、試劑盒 oligo(dT)12-18 lmol LTris-Cl 1mol LTris-Cl lmol LKC1 25 mmol LMgCl2 dNTP 混合物 0.lmol LDTT RNasin實驗步驟 一材料與設備1)p
RNA－反轉錄
? ? ? ? ? ? 實驗材料 poly(A)+RNA 反轉錄酶 鼠源反轉酶 ?或禽源反轉錄酶 試劑、試劑盒 oligo
RNA的轉錄和逆轉錄
轉錄是以DNA為模板合成RNA的過程，經過轉錄DNA分子中的貯存信息傳遞到RNA分子中，再由mRNA做為模板合成蛋白質分子。逆轉錄也是從RNA的一個特定位置開始的，以RNA分子中的一條鏈為模板，在逆轉錄酶的作用下，以四種脫氧核苷酸為原料，合成方向仍是5'→3'，完成cDNA的合成。大
RNA復制、轉錄與逆轉錄
轉錄是以DNA為模板合成RNA的過程，經過轉錄DNA分子中的貯存信息傳遞到RNA分子中，再由mRNA做為模板合成蛋白質分子。逆轉錄也是從RNA的一個特定位置開始的，以RNA分子中的一條鏈為模板，在逆轉錄酶的作用下，以四種脫氧核苷酸為原料，合成方向仍是5'→3'，完成cDNA的合成。大
RNA－大量轉錄合成
實驗材料 模板 DNA 或質粒試劑、試劑盒 TE TE 飽和酚 氯仿異內醇 3mol LNaAc 無水乙醇 5X 轉錄緩沖液 lOOmmoL LDTT RNasin rATPrGTPrUTPrCTP SF6T3 或 T7RNA 聚合酶 異戊醇 DNase 7.5mol L 乙酸銨 無水乙醇 乙醇實驗
3.5－RNA－反轉錄
利用 RNA 模板通過反轉錄獲得 DNA,進而復制和感染細胞實驗材料poly(A)+RNA反轉錄酶鼠源反轉酶 或禽源反轉錄酶試劑、試劑盒oligo(dT)12-18lmol LTris-Cl1mol LTris-Cllmol LKC125 mmol LMgCl2dNTP 混合物0.lmol LDTT
RNA－大量轉錄合成
? ? ? ? ? ? 實驗材料 模板 DNA 或質粒 試劑、試劑盒 TE ? TE 飽和酚 ? 氯仿
RNA－標準轉錄反應
實驗材料 模板 DNA 或質粒試劑、試劑盒 TE 異丙醇 3mol LNaAc 無水乙醇 5×轉錄緩沖液 l00 mmol L DTT RNasin rATPrGTPrUTP 各 2.5 mmol L [α42P] rCTP SPGT3 或 T7RNA 聚合酶 TE-飽和的酚氯仿異戊醇 DN
RNA－標準轉錄反應
? ? ? ? ? ? 實驗材料 模板 DNA 或質粒 試劑、試劑盒 TE 異丙醇 3mol LNaAc
中國首發納米孔RNA直接測序揭示其在全長轉錄本中的作用
近日發表在RNA Biology上的研究中，來自中國科學院北京生命科學研究院、動物研究所及中國科學院大學等多家單位的科學家們首次通過5’-Cap捕獲法對蝗蟲的 RNA直接測序，揭示了Piwi 外顯子化模式的廣泛建立以及蝗蟲轉錄組中的轉座子（TEs）對RNA剪接的重要作用。 轉座子（TEs）在后
－長讀取測序揭秘轉錄本結構
短讀取的 RNA-seq 雖然可以精確計數已表達的轉錄本，但無法提供這些轉錄本的結構信息。 現在，斯坦福大學研究人員在《自然-生物技術》(Nature Biotechnology)雜志上報告稱，他們開發出了一種能保留轉錄本結構信息的新方法，他們通過環狀 cDNA 模板和長讀取測序，
3.1.2－RNA－大量轉錄合成
RNA 標準轉錄體系的一般回收率為 lugRNA/ug 質粒 DNA, 使用下面的方法，可以提高回收率至 5?l0ug RNA/ug 質粒 DNA。大量制備 RNA 可以用于體外翻譯。實驗材料模板 DNA 或質粒試劑、試劑盒TETE 飽和酚氯仿異內醇3mol LNaAc無水乙醇5X 轉錄緩沖液lOO
3.1.1－RNA－標準轉錄反應
利用 DNA 聚合酶 I 的大片段（Klenow 酶）的 3＇— 5＇外切酶活性將 3＇黏性末端轉化成平末端。具體方法是在體外轉錄體系尚未加入核苷酸和 RNA 聚合酶時，加入 Klenoow 片段 (終濃度為 5U/ug)，于 22℃ 孵育 15mim, 然后再加入核苷酸混合物和RNA 聚合酶實驗材
信使RNA轉錄的調控
一、遺傳信息的表達有時序調控和適應調控，轉錄水平的調控是關鍵環節，因為這是表達的第一步。轉錄調控主要發生在起始和終止階段。 二、操縱子是細菌基因表達和調控的單位，有正調節和負調節因子。阻遏蛋白的作用屬于負調控。環腺苷酸通過其受體蛋白（CRP）促進轉錄，可促進許多誘導酶的合成。操縱子可構成綜合性
RNA轉錄的技術特點
轉錄時，細胞通過堿基互補的原則來生成一條帶有互補堿基的mRNA，通過它攜帶密碼子到核糖體中可以實現蛋白質的合成。與DNA的復制相比，轉錄有很多相同或相似之處，亦有其自己的特點。轉錄中，一個基因會被讀取并復制為mRNA。就是說，以特定的DNA片段作為模板，以DNA依賴的RNA聚合酶作為催化劑，合成前體
真核生物RNA的轉錄與原核生物RNA的轉錄的區別
真核生物RNA的轉錄與原核生物RNA的轉錄過程在總體上基本相同，但是，其過程要復雜得多，主要有以下幾點不同： 1、真核生物RNA的轉錄有的是在細胞核內進行的，而蛋白質的合成則是在細胞質內進行的。且真核生物線粒體和葉綠體的遺傳信息系統被稱為真核細胞的第二遺傳信息系統，或核外基因及其表達體系。這是
RNA的轉錄與逆轉錄相關介紹
轉錄是以DNA為模板合成RNA的過程，經過轉錄DNA分子中的貯存信息傳遞到RNA分子中，再由mRNA做為模板合成蛋白質分子。逆轉錄也是從RNA的一個特定位置開始的，以RNA分子中的一條鏈為模板，在逆轉錄酶的作用下，以四種脫氧核苷酸為原料，合成方向仍是5'→3'，完成cDNA的合成。大
如何在基因中選擇合適的轉錄本？
?一段基因的DNA序列，一般按從5’到3’的方向分別為：5’非編碼區（圖中黑色）、外顯子（Exon，圖中紅色）與內含子（intron，圖中淺藍色）區、3’非編碼區（圖中黑色）等。而在從DNA轉錄到mRNA的過程中，其中的內含子會被剪切掉、而外顯子區再次重新連接起來，最終形成的序列就是mRNA序列了。
RNA逆轉錄(RT)過程
一，準備工作? ? 1， 實驗器具與材料: (1)移液槍:200ul、10ul (2)吸頭:200ul、20ul (3)EP 管 1.5ml、100ul (4)水浴箱 2，實驗器具的處理與準備? ? 逆轉錄(RT)? ? 塑料制品:(包括吸頭、EP 管等)? ? 將塑料制品逐個浸泡于 1‰DEPC
真核生物RNA的轉錄與原核生物RNA的轉錄過程差異
⒈ 真核生物RNA的轉錄有的是在細胞核內進行的，而蛋白質的合成則是在細胞質內進行的。且真核生物線粒體和葉綠體的遺傳信息系統被稱為真核細胞的第二遺傳信息系統，或核外基因及其表達體系。這是因為研究發現，線粒體和葉綠體中除有DNA外，還有RNA（mRNA、tRNA、 RNA）、核糖體、氨基酸活化酶等。說明
信使RNA的反轉錄酶與反轉錄過程
定義：以反義RNA為模版，通過反轉錄酶，進行的RNA轉錄 1．概念反轉錄是以RNA為模板合成DNA的過程，也稱逆轉錄。這是DNA生物合成的一種特殊方式。 2．反轉錄酶與反轉錄過程 反轉錄過程由反轉錄酶催化，該酶也稱依賴RNA的DNA聚合酶（RDDP），即以RNA為模板催化DNA鏈的合成。合
RNA復制的轉錄與逆轉錄的過程介紹
轉錄是以DNA為模板合成RNA的過程,經過轉錄DNA分子中的貯存信息傳遞到RNA分子中,再由mRNA做為模板合成蛋白質分子。逆轉錄也是從RNA的一個特定位置開始的,以RNA分子中的一條鏈為模板,在逆轉錄酶的作用下,以四種脫氧核苷酸為原料,合成方向仍是5'→3',完成cDNA的合成
真核生物RNA的轉錄與原核生物RNA的轉錄過程的區別
⒈ 真核生物RNA的轉錄有的是在細胞核內進行的,而蛋白質的合成則是在細胞質內進行的。且真核生物線粒體和葉綠體的遺傳信息系統被稱為真核細胞的第二遺傳信息系統,或核外基因及其表達體系。這是因為研究發現,線粒體和葉綠體中除有DNA外,還有RNA(mRNA、tRNA、 RNA)、核糖體、氨基酸活化酶等。說明
轉錄組的重編寫：RNA編輯
基因的功能探索是生命科學研究的永恒主題。近幾年以CRISPR-Cas9技術的發展讓直接在高等生物體內進行基因的功能研究成為可能。但除了DNA之外， DNA的轉錄產物--RNA在生命活動中也發揮著極其重要的作用，且與癌癥等多種疾病的發生密切相關。因此，對RNA進行功能研究和錯誤RNA的糾正，成為了
rna濃度太低能反轉錄么
要看你的rna濃度有多低，一般20ng/ul。rna濃度太低可能反轉不出來或者反轉不是目的產物，濃度太低建議不做。
轉錄組的重編寫：RNA編輯
前 言基因的功能探索是生命科學研究的永恒主題。近幾年以CRISPR-Cas9技術的發展讓直接在高等生物體內進行基因的功能研究成為可能。但除了DNA之外， DNA的轉錄產物--RNA在生命活動中也發揮著極其重要的作用，且與癌癥等多種疾病的發生密切相關。因此，對RNA進行功能研究和錯誤RNA的糾
